Столыпинская программа встретила серьезную оппозицию справа. Главным объектом критики была важнейшая, если не считать аграрной реформы, составная часть «пакета» — проекты преобразования органов местного самоуправления. Слабея экономически, поместное дворянство особенно дорожило своими политическими привилегиями, в частности своим преобладанием в земских учреждениях. Поступаться ими в пользу «новых» собственников помещики никоим образом не собирались, опасаясь полной гибели дворянского землевладения. «Задуманные правительством реформы, — сетовали дворяне, — так велики, так крупны… что пережить их у нас не хватит ни сил, ни средств». Резкое неприятие со стороны дворянства встретил план реформы местной администрации, согласно которому, помимо прочего, предполагалось сосредоточить административную власть в уезде во имя ее укрепления в руках назначенного правительством чиновника, а не уездного предводителя дворянства, как это было раньше. Исходя из сугубо эгоистических, узкоклассовых интересов и, кроме того, опасаясь, что преобразования либерального толка вызовут анархию и революцию, наиболее консервативные круги в правительственном лагере выступали против проведения в жизнь практически всех начинаний Столыпина, за исключением аграрной реформы. Последнюю, впрочем, они тоже нередко резко критиковали.
Важнейшим оплотом оппозиции столыпинскому курсу справа стала общероссийская дворянская организация — Совет объединенного дворянства. Возникшая в 1906 г. и ревностно защищавшая интересы помещиков, эта организация обладала немалым политическим весом и оказывала сильное влияние на ход государственного управления, поскольку располагала обширными связями в придворно-бюрократическом мире и имела возможность информировать о своих пожеланиях самого императора. Противодействие планам Столыпина оказывал и Государственный совет, где тон задавали представители наиболее консервативных кругов. Проектами вероисповедных реформ было недовольно высшее духовенство.
Раздражение правых вызывала и политика Столыпина в отношении Государственной думы. В консервативных кругах были сильны настроения в пользу ее ликвидации или превращения в законосовещательный орган, лишенный возможности (хоть в какой-то мере) ограничивать власть царя. Этим мыслям сочувствовал и Николай II. Опасавшиеся укоренения в России парламентских традиций консервативные круги были недовольны даже вполне лояльной III Думой и мечтали о более кардинальном, чем третьеиюньский, государственном перевороте. Между тем Столыпин считал необходимым сохранение Думы в качестве законодательного органа.
В 1907–1911 гг. шла острая борьба в верхах вокруг вопроса об ориентации правительственного курса, о судьбе столыпинской программы реформ, борьба, которая велась как открыто (в Думе, Государственном совете и пр.), так и закулисно (в придворных сферах). Своей кульминации эти конфликты достигали в 1909 и 1911 гг., во время так называемых первого и второго «министерских» кризисов, когда Столыпин дважды оказывался на грани отставки. Под давлением своих могущественных оппонентов Столыпин, который не мог опереться на достаточно влиятельные политические силы, вынужден был маневрировать, отказываясь от существенных частей собственной программы. Некоторые законопроекты (по вопросам местного самоуправления, о снятии ряда вероисповедных ограничений и др.), уже одобренные Государственной думой, были в итоге провалены в Государственном совете. Под давлением справа, и в какой-то степени по собственному побуждению, Столыпин свернул первоначальную, весьма широкую, правительственную программу по рабочему вопросу, выдержанную в либерально-реформистском духе. Дело ограничилось изданием нескольких страховых законов, принятых после долгих проволочек уже к 1912 г. Самому Столыпину увидеть их утвержденными не довелось. 1 сентября 1911 г. глава правительства, чьи позиции после второго «министерского» кризиса оказались существенно подорванными, был смертельно ранен в Киеве агентом охранки Д. Г. Богровым при обстоятельствах, не исключающих причастности к этому покушению высших чинов полиции.
Разложение третьеиюньской политической системы (1911–1914).Свертывание правительственной программы преобразований имело своим следствием прогрессировавшее нарастание противоречий внутри третьеиюньской политической системы. В обществе, часть которого в лице октябристов, связывая свои надежды на реформы с П. А. Столыпиным, оказывала последнему всемерную поддержку, начали нарастать оппозиционные настроения (об этом свидетельствовала как деятельность Государственной думы, так и резкая критика правительственного курса буржуазными кругами).