После короткого военного совета в Филях, созванного Кутузовым, было решено отступать за Москву. Русская армия, пройдя через Москву, двинулась по Рязанской дороге на восток. Следуя за ней по пятам, авангард наполеоновской армии 2 сентября вступил в Москву. Наполеон в окружения пышной свиты въехал на Поклонную гору. Здесь он остановился в ожидании депутации от «бояр» с ключами от города, того города, захват которого, по его убеждению, не мог не обозначать конца войны. Во всяком случае, теперь истощенная армия Наполеона получит те «удобные квартиры», которые ей были обещаны в его приказе в день Бородинского боя. Но депутации Наполеон так и не дождался: скоро ему сообщили, что Москва покинута всем ее населением. (См. XIV главу сборника.) Зто были точные сведения: вслед за русской армией из Москвы ушли почти все жители, осталось всего лишь несколько тысяч человек. Изумленный этим сообщением, Наполеон отказывался ему верить. Начало не предвещало ничего хорошего. В первую же ночь пребывания Наполеона в Москве начались грандиозные пожары. (См. XIV главу сборника.) Сразу определившиеся размеры их не могли не внушить самой серьезной тревоги Наполеону. Начавшись в ночь с 2 на 3 сентября, пожары во все возрастающей степени продолжались до 6 сентября. За это время выгорело почти три четверти города. Огнем был охвачен и Кремль, где поселился Наполеону что вынудило его перебраться из Кремля в Петровский дворец. Наполеон не нашел в Москве ни продовольствия, ни фуража, ни покорного населения. Три раза Наполеон предлагал мир, но тщетно. Предложения о мире оставались без ответа.
После взятия Москвы французами народная война против Наполеона приняла особенно широкие размеры. (См. XVII главу сборника.) Командование армией понимало значение народной войны. Еще тогда, когда война шла в пределах Смоленской губернии, Барклай писал смоленскому губернатору: «Именем отечества просить обывателей всех близких к неприятелю мест вооруженной рукой напасть на уединенные части неприятельских войск, где оные увидят». Одним из первых организаторов партизанских отрядов был адъютант Багратиона поэт Денис Давыдов. Незадолго до Бородинского боя он предложил организовать партизанский отряд из казаков. Он указывал на важность партизанской войны: неприятель шел по одному пути, его транспорты покрывали огромное пространство. Создавалась возможность нападений на эти транспорты, чтобы «истреблять источник жизни и силы неприятельской армии». «К тому же обратное появление наших посреди рассеянных от войны поселян ободрит и их, обратит настоящую войну в народную». Кутузов дал Давыдову 50 гусар и 80 казаков. Впоследствии, кроме отряда Давыдова, были организованы отряды Фигнера, Дорохова, Сеславина и др.
Когда Давыдов появился со своим отрядом в тылу французской армии, то русские крестьяне сначала ему не верили, принимая его отряд за французский. Давыдов писал: «Общее и добровольное ополчение поселян преграждало нам путь. В каждом селении ворота были заперты; при них стояли стар и млад с вилами, копьями, топорами и некоторые с огнестрельным оружием». Давыдову приходилось убеждать крестьян, что ^го отряд состоит из русских людей и будет им помогать. Для большей убедительности Давыдов изменил свою наружность: отпустил бороду, надел кафтан, а вместо ордена Анны повесил на грудь образ Николая-чудотворца.
Придавая большое значение развитию партизанской войны, Кутузов написал специальную инструкцию о том, как надо действовать партизанам. «Партизан должен быть решителен, быстр и неутомим», — указывал Кутузов. Сила партизанских отрядов была в том, что они опирались на поддержку крестьян и что их действия сочетались с действиями регулярных войск. Заходя глубоко в тыл противника, они разрушали его связи, уничтожали обозы, в громадной степени содействовали успеху русской армии.
Организовались многочисленные крестьянские отряды. Они нападали на неприятельский обоз, уничтожали фуражиров. Эти партизанские отряды скрывались в лесах, откуда делали вылазки на значительные группы неприятеля. Так, например, бронницкие крестьяне напали на отряд французов в 700 человек. Разгромив его, они 30 человек убили и многих взяли в плен.
Генерал Милорадович рассказывает, как к нему явились крестьяне деревни Каменской, Боровского уезда, и стали просить ружей с патронами для защиты от неприятеля. «Сии крестьяне, — пишет Милорадович, — заслуживают особливого внимания, ибо они под присягой соединились для общего своего защищения с тем, что положено наказание на случай, ежели бы нашелся трус. Сии почтенные крестьяне успели уже истребить много французов».