ПНИ И-45 был создан в 1938-1939 гг. путем слияния НИВКа НК ВМФ и НИИ-4 НКСП. Размешавшийся на территории Новой Голландии институт первоначально состоял из 10 научно-исследовательских отделов. Ко времени поступления в него автора (конец 1948 г.) он включал отдел капитального строительства (ОКС) и 16 (№ 2-17) научно-исследовательских отделов. ОКС возглавлял Г. В. Артюхин, отдел № 2 (броневой и конструктивной защиты) – И. И. Дехтяр. отдел № 3 (ходовых качеств) – И. В. Гирс, отдел № 4 (прочности) – В. Ф. Безукладов, отдел № 5 (паросиловых установок) – Г. В. Асеев, отдел № 6 (судовых систем) – К. А. Селиванов, отдел № 7 (дизельных установок) – А. Д. Крейсберг, отдел №. 8 (судовой электротехники) – В. А. Скулябин, отдел № 9 (судостроительных материалов) – А. II. Симаковский, отдел № 12 (судовой автоматики) – М. С. Шифрин, отдел № 13 (мореходных качеств) – Г. А. Фирсов. отдел № 14 (судовой вибрации) – Н. Г. Беляковский, отдел № 15 (судовых движителей) – В. Н. Перегудов и отдел N? 17 (судовой измерительной аппаратуры) – Е. М. Аристов 1* . Кроме того, в институте имелись: экспериментальное производство и информационно-издательский отдел, руководимый К. А. Камешковым, Ученый совет института возглавлял академик Ю. Л. Шиманский, удостоенный Сталинской премии за теоретические работы в области кораблестроения.
Отдел защиты кораблей был первым научно-исследовательским подразделением. в котором начались практические работы по размагничиванию кораблей, и летом 1941 г. его сотрудники И. И. Дсхтяр и Фомин были прикомандированы к штабу КБФ для принятия мер по противоминной защите кораблей и судов, участвующих в Таллинском переходе. Затем работы по размагничиванию кораблей продолжались в НТК ВМС, еще позже в ЦКБ-55 и лишь в начале 1950-х голов возобновились в институте. По состоянию на конец 1948 г. отдел зашиты включал три сектора: броневой (начальник Н. И. Гагарин) и противоминной (конструктивной) защиты (начальник Н. М. Белов) и приборного обеспечения.
Новый отдел № 18. названный "проектным", возглавил доктор технических наук, лауреат Сталинской премии Л. И. Маслов, бывший главный конструктор крейсеров пр. 26. 26бис и 68. В 1949 г. отдел состоял из девяти человек, включая автора. Отдел интенсивно развивался, через четыре года был преобразован в Проектно-исследовательское бюро (ПРИБ), а затем в отделение института, функционирующее но настоящее время. Начальниками 18 отдела – ПРИБа – первого отделения последовательно были: Л. И. Маслов, Н. П. Дубинин, Л. Л. Гордон, А. Д. Скурихин, В. В. Дмитриев, А. М. Васильев и В. Н. Поляков. В начале задачей отдела было только составление заключений по всем проектам кораблей, судов и плавсредств, разработанных в ПКБ. ОКБ и СКВ MCП, при этом специализированные отделы представляли свои замечания в отдел № 18, и котором проводилось сопоставление проектируемого корабля с его последними отечественными предшественниками и новейшими зарубежными аналогами. Затем в отделе начали выполняться НИР по разработке предложений, улучшающих отдельные характеристики корабля, и т. д. вплоть до разработки отделением в 1970-1980-е годы предложений по перспективным кораблестроительным программам. При jtom в отделе с самого начала его образования имела место специализация сотрудников по массам кораблей. Автор специализировался на малых боевых кораблях (от сторожевиков до торпедных катеров). поскольку уже имел определенный опыт в этой области.
В начале послевоенного периода ПМК были "самыми строящимися" кораблями в СССР и в начале 1950-х годов в МСП был проведен специальный НТС. посвященный ходу их строительства. В отделе № 18 к тому времени было выполнено две НИР по тематике ПМК. результаты которых были доложены на НТС: анализ весовых нагрузок ПМК, на основании которого были разработаны рекомендации по уменьшению их водоизмещения, и выбор материала корпуса этих кораблей в ближайшем будущем – стеклопластик и маломагнитная сталь.
Директор института В. И. Першин уделял должное внимание развитию Г1МК и. в частности, проявлял интерес к созданию прорывателей минных заграждений (пр. 322). По его инициативе в отделе броневой и конструктивной зашиты было выполнено две НИР по этой тематике. Работы по новым ПМК велись в институте в тесном контакте как с НИМТИ. так и с НИИ-400.
Ходовые, мореходные и маневренные качества новых ПМК отрабатывались в бассейнах института под руководством И. В. Гирса и Г. А. Фирсова, а прочностные и вибрационные – на стендах под руководством Г. С. Чувиковского и Н. Г. Беляковского. Решением вопросов взрывостойкости и конструктивной защиты последовательно руководили: Н. М. Белов, В. В. Беспалов. А. А. Александров и Н. С. Каратеев. Особенно большой объем работ в институте был выполнен в части защиты ПМК по физическим полям. Работы в области магнитной защиты ПМК велись последовательно под руководством И. М. Фомина, С. И. Самойлова. Л. А. Рудни, Е. П. Лапицкого и Р. А. Павловского, В. П. Копченова; активное участие в этих работах принимали А. А. Легчилин. И. И. Гусев. С. Т. Гузеев, Э. П. Рамлау, Э. С. Качанов. Ю. И. Назаров, М. Г. Струнский, И. П. Краснов и др. Работами в области акустической защиты ПМК последовательно руководили М. Я. Минин, М. Б. Якубовский и Г. А. Хорошев; активное участие в работах принимали М. М. Мачавариани, А. С. Никифоров, Д. Д. Плахов. В. А. Постников. В. А. Колышницын. Л. Я. Гутин и др. Вопросами зашиты по гидродинамическому каналу взрывателей занимался Г. Н. Иванов.
О внимании, уделяемом в ЦНИИ-45 вопросам изучения физических нолей корабля, можно судить по тому, что в нем еще в 1960-х годах была учреждена должность заместителя директора по этому вопросу, на которую был назначен Г. А. Хорошев.
Особое место в деятельности ЦНИИ-45 занимали работы по внедрению стеклопластика в кораблестроение. Фактически руководителем этого направления работ в масштабе отрасли был начальник отдела института Б. П. Соколов. Активное участие в этих работах принимали М. К. Смирнова, В. А. Антипов, Н. Н. Фелонюк и др.
Директорами ЦНИИ-45 – ЦНИИ им. акад. А. Н. Крылова после В. И. Першина последовательно были Н. Н. Бабаев. А. И. Вознесенский. Г. А. Матвеев. В. В. Дмитриев. В настоящее время институт возглавляет академик РАН В. М. Пашин.
Несмотря на большой объем оперативно-тактических и тактико-технических обоснований, а также НИОКР, выполненных в обеспечение создания новых ПМК, непосредственными создателями их принято считать главных конструкторов проектов и главных наблюдающих ВМФ за проектированием. Их фамилии указаны при описании каждого ПМК. При этом, по мнению автора, следует отмстить Д. И. Рудакова, сумевшего разработать новую конструкцию деревянных корпусов для кораблей водоизмещением до 500 т. Принципиально новой в мировом масштабе была конструкция стеклопластиковых корпусов, авторство в создании которых следует разделить между ЦНИИ-138 (руководители работ Б. К. Сытов и Н. Н. Лукьянов), ЦНИИ-45, ЦКБ-363 и 1 ЦНИИ МО (главный наблюдающий по вопросам прочности В. В. Бессонов). Из числа наблюдающих ВМФ. по мнению автора, следует прежде всего отмстить В. К. Авдеева, В. Т. Кузьмина, И. М. Шелевахо, принимавших активное участие в создании лучших ПМК первого и второго поколения.