Второе «наступление» на Оперод развернула в августе 1918 г. ВЧК, арестовав сотрудников Военно-цензурного отделения С.Д. Михно, Д.С. Михно, В.С. Михно и А.С. Сумароцкого. 30 августа по приказанию С.И. Аралова зав. Оперативным отделением Е.В. Гиршфельд запросил заведующего Отделения военного контроля М.Г. Тракмана о причинах ареста сотрудников отделения[181]. Кроме того, в октябре 1918 г. Оперод получил из ВЧК сведения о своем арестованном сотруднике Горине: он находился в отделе ВЧК по борьбе с контрреволюцией. С.И. Аралов, к его чести, направил заведующему отдела ВЧК по борьбе с контрреволюцией Н.А. Скрыпнику записку с аттестацией Горина, «независимо от предъявленного ему обвинения, как исключительно честного и преданного делу Революции Товарища»[182].
Несмотря ни на мобилизации служащих центральных военных органов, ни на их аресты ВЧК, Оперод находился летом 1918 г. в зените своей славы, развернув под руководством опытного и амбициозного Теодори строительство советских вооруженных сил. Теодори и Аралов впоследствии вспоминали ужасные условия, в которых приходилось работать. Теодори в этот период «провел исключительно опасную, самую ужасную, тяжелую, полную личных оскорблений, издевательств и нападок жизнь в период постоянных приездов “самозваных”, “кустарных” и настоящих главкомов, комов и других с Дону, Кавказа и Украины»: осторожные большевики С.И. Аралов и С.В. Чикколини «при появлении этих буйных лиц предусмотрительно уходили в секретную комнату»[183]. Рассказ Теодори (за изъятием признания собственной «осторожности») полностью подтверждается в мемуарах С.И. Аралова: «Ежедневно шли сотни телеграмм, приезжали увешанные гранатами, маузерами, пулеметными лентами матросы, солдаты, начальники существующих и несуществующих отрядов, главковерхи, командированные от различных районов. Всех надо было выслушать, просьбы одних удовлетворить, просьбы других отвергнуть, доказать, что у них и отряда-то нет, или есть всего 50 человек, а командир его требует 1000 винтовок. Приходили анархисты, эсеры, ругались и доказывали, что только они и умеют воевать, что они в два счета разбили бы врага, если бы им не мешали это делать. Голова пухла от всех этих разговоров, требований, угроз»[184]. Видный большевик и председатель созданного осенью 1918 г. Реввоентрибунала Республики К.Х. Данишевский назвал лето 1918 г. периодом «захвата разными подозрительными отрядиками оружия в целях товарообмена»: Теодори в этот период отобрал документы у «многих лиц, иногда даже с “подлинными” мандатами, направляя их в ВЧК с опасностью для своей жизни» — все это, несмотря на страшные во время послереволюционного хаоса угрозы расстрелами и жалобами партийным бонзам[185].
Летом 1918 г. под решительным нажимом Теодори реорганизовали Оперод и др. отделы Наркомвоена, на данном этапе его заметил член коллегии Наркомвоена, «правая рука» наркомвоена Троцкого хитрый Эфраим Склянский, не принимавший без визы генштабиста «ни одного штата, ни одной ассигновки».
В итоге «число лиц, болтавшихся в Опероде», уменьшилось к моменту переформирования в Полевой штаб Реввоенсовета Республики (т. е. к октябрю — ноябрю 1918 г.) с 9—10 тысяч до «295 человек — вполне надежных, энергичных, честных и работоспособных…». Теодори впоследствии заявил: из людей, препятствовавших нормальной работе отдела, вопреки его ходатайствам, оставили только машинистку В.П. Троицкую, принятую на службу левым эсером Н.В. Мустафиным до прибытия генштабиста в Оперод (об этом эпизоде см. Раздел Д глава 2).