Еще в середине декабря 1917 г. на рейде Владивостока к «Бруклину» присоединились японские крейсеры «Асахи» и «Ивами» и английский — «Суффолк», имевшие на борту значительные десантные силы.
Сразу после одобрения декларации Бальфура Вашингтоном японские и английские войска высаживаются во Владивостоке с кораблей. Это произошло 5 апреля 1918 года. Адмирал Като, командовавший японскими войсками, обратился к жителям Владивостока от имени микадо с воззванием, в котором указывал, что Япония отныне берет на себя обязанность сохранения порядка в Сибири и Приморье. Только после начала интервенции Антанты начинают боевые действия антисоветские силы казачьих атаманов Семёнова, Гамова и Калмыкова, целиком находившиеся на материальном обеспечении Японии и Америки. Адмирал Колчак в военном отношении активизировался только после 18 ноября 1918 года, когда сверг власть Омского правительства бывших депутатов Учредительного собрания (т. н. Комуч).
Япония сразу заняла деструктивную позицию в вопросе консолидации Белого движения в Сибири, объявив Колчака «японофобом» и дав инструкции о неподчинении ему главам контролируемых Японией казачьих формирований. МИД Японии в конце 1918 года заявил послам и военным атташе стран Антанты в Токио, что «время единой и неделимой России прошло». В феврале 1919 года японцы одобрили съезд феодальной верхушки монголов, бурят и тибетцев с целью создания «Независимой Монголо-Бурятской республики» во главе с атаманом Семёновым, которому на съезде был присвоен титул князя Ванского. От имени этой республики Семёнов-Ванский обратился к Вудро Вильсону за поддержкой Америки новому «государству».
Разыгранный Японией конфликт между атаманом Семёновым и адмиралом Колчаком дорого обошелся Белому движению. Семёнов не дал ни одного солдата на колчаковский Восточный фронт, когда он начал рушиться в конце лета 1919 года под ударами красных войск Тухачевского.
Верховным главнокомандующим союзными войсками Антанты на российском Дальнем Востоке в июле 1918 года был назначен японский генерал Отани, когда выяснилось, что Чехословацкий корпус и казачьи части не могут самостоятельно противостоять красным войскам. Подсчитано, что с начала августа 1918 года по конец октября 1922 года Япония ввела на территорию российского Дальнего Востока 11 пехотных дивизий, из 21 имевшихся у нее, общей численностью свыше 175 тыс. человек, включая военных моряков и морских пехотинцев. Кроме них, Отани подчинялось 9 тысяч американских, 1500 английских, 1500 итальянских, 1100 французских и 60 тысяч чехословацких солдат и офицеров, а также отдельные румынские, польские и «белые» китайские части. На военно-морской базе России на острове Русский в гавани Владивостока развивался красно-белый «солнечный» флаг Японской империи. Зона оккупации странами Антанты простиралась от Владивостока, Камчатки до Улан-Удэ (тогда — Верхне-удинск), т. е. от берегов Тихого океана до озера Байкал.
Разгром Белого движения на Дальнем Востоке поставил перед союзными державами Антанты вопрос о перспективах интервенции и оккупации этой окраинной части России.
В ноте правительства САСШ от 9 января 1920 года послу Японии в Вашингтоне Шидехара в частности указывалось, что Америка «не собирается создавать каких-либо препятствий, которые японское правительство может найти необходимым для достижения целей, являвшихся основой взаимодействия американского и японского правительств в Сибири». Вскоре премьер-министр Японии Хара публично заявил, что «его страна намерена оказывать сопротивление большевистскому движению и никогда не примирится с таким политическим режимом в Восточной Сибири, который бы противоречил ее интересам». 30 января 1920 года во Владивостоке состоялось секретное совещание представителей миссий Антанты и командования оккупационных войск на Российском Дальнем Востоке. На совещании было решено передать «представительство и охрану интересов союзников на русском Дальнем Востоке Японии». Данное предложение было принято японским военным командованием с благодарностью. В январе — начале апреля т. г. все войска интервентов, кроме японских и чехословацких (французских) покинули Владивосток. Последний транспорт с чехословаками ушел из Владивостокского порта 2 сентября 1920 г.
В апреле т.г. после эвакуации главных сил с Дальнего Востока японское военное командование объявило о своем нейтралитете в отношениях между красными силами и Дальне-Восточной Республики, «столица» которой находилась в Верхнеудинске. В действительности Япония поддерживала военные формирования атамана Семёнова в его действиях против РККА. Отметим, что 4 января 1920 года адмирал Колчак передал генерал-майору (атаману) Г. М. Семёнову «всю полноту военной и государственной власти на территории Российской восточной окраины». Японские войска постоянно участвовали в акциях против партизанских районов в Приамурье и Приморье, где несли особо большие потери. Наконец, в сентябре 1920 года японские войска оккупируют Камчатку, занимая Петропавловск и другие опорные пункты, чего не смогли сделать летом 1905 года.
Весной 1920 года в Приамурье произошло очередное столкновение партизан и японских оккупантов, которое стало вехой в японской внешнеполитической истории.
Этот инцидент, Николаевский инцидент, произошел 12–14 марта 1920 года. Еще в начале февраля отряды красных партизан блокировали японский гарнизон в Николаевске-на-Амуре. Японцы объявили 28 февраля свой нейтралитет в обмен на разблокирование гарнизона, что и было выполнено партизанами. Однако в ночь на 12 марта начальник японского гарнизона майор Исикава нарушает договор и атакует подчиненными ему подразделениями штаб и казармы партизан. В результате последовавших трехдневных боев японский гарнизон был разгромлен.
Николаевский «инцидент» был использован Японией для установления прямого режима оккупации. В ночь на 5 апреля 1920 года японские войска разгромили русские органы местной власти и военные гарнизоны во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Хабаровске, Раздольном, Спасске и ряде других пунктов.
Факты разрушения русских таможенных постов японцами на государственной границе России и Манчжурии свидетельствуют об истинной подоплеке событий 5 апреля: попытки присоединения Японией Русского Дальнего Востока к сфере своего влияния на Азиатском континенте. Соответственно, во всех городах и населенных пунктах на правительственных и муниципальных зданиях вывешивался флаг Японии. В ходе этих событий японские войска захватили северную часть Сахалина.
С конца 1920 года по март 1921 года при посредничестве Франции велись переговоры с Японией о доставке во Владивосток эвакуированной из Крыма армии Врангеля. Токио дал свое согласие и обязался обеспечить ее материально — обмундированием, питанием и вооружением. При этом Японское правительство поставило условием, чтобы по свержению Советской власти вся Сибирь с Дальним Востоком, а также все иностранные концессии на Востоке России и контроль над КВЖД перешли во владение Японии. Франция обязалась выполнить это требование.
В мае 1921 года Япония перевооружает вооруженные части Семенова и лучшие части Колчака, ранее служившие под командованием генерала В.О. Каппеля, погибшего от обморожения в декабре 1919 близ Иркутска, и бросает их на уничтожение Дальне-Восточной Республики, последнего своего конкурента к власти на всем Востоке России.
Народно-Революционная Армия ДВР, контролируемая Москвой, не только разгромила семеновские и каппелевские части, но к сентябрю 1922 года изгнала японские войска из Приморья, которые сконцентрировались во Владивостоке.
В течение всего периода интервенции и оккупации Востока России ведущие державы Антанты предпринимали попытки выработать на международном уровне общие позиции по вопросам отношений с Москвой.