Бороться пришлось с иудео-христианами, которые соблюдали иудейский закон, поклонялись Храму, а Христа чтили как простого смертного человека, сына Иосифа и Марии, на которого при крещении снизошёл Святой Дух. Согласно евангелиям иудео-христиан, о своей миссии Христос узнаёт от Святого Духа лишь при крещении, а не знает о ней с самого рождения, как считается в канонической версии. Их Христос — мудрец и пророк, но не Богочеловек.
Они не верили в непорочное зачатие от Святого Духа, так как сам Святой Дух («Руах») на арамейском — женского рода. А арамейский язык — это не только разговорный язык Палестины того времени, но и язык самого Христа и язык первых христиан, которые со временем перешли на греческий.
Руах — Святой Дух — не мужское, а женское начало, от которого женщина не может зачать по определению. А вот в греческом, на котором написаны евангелия, Святой Дух — уже не женского, а среднего рода. (А в русском — и вовсе мужского.) То, что для обитателей Палестины, говоривших на арамейском, являлось явной несуразицей, для язычников, говоривших на греческом, который являлся в то время языком межнационального общения, казалось вполне логичным.
Среди иудео-христиан выделялись секты назареев и эбионитов. Первоначально назареями назывались самые первые члены секты, которых крестил в реке Иордан сам Иоанн Креститель. Название «назарей» (или «назорей») произошло от города Назарет, где, по преданию, родился сам евангельский Иисус или булгаковский Иешуа Га-Ноцри — «ха-ноцри», то есть «житель города Нацрат»). Назареи сочетали веру в непорочное зачатие Иисуса, его распятие, воскресение и вознесение с необходимостью соблюдения Закона Моисеева. Впоследствии ортодоксальные иудеи стали называть христианство «назарейской ересью».
Верования членов секты по названию «эбиониты» («нищенствующие») очень напоминает веру ессеев, которые также порой именовали себя «нищие». Они соблюдали закон Моисеев, совершали обрезание, праздновали шаббат (субботу), но в отличие от ессеев верили, что Мессия уже пришёл в мир. Резко делившие мир на добро и зло подобно почитателям Заратуштры и членам кумранской общины, они считали Иисуса пророком добра, а апостола Павла, выступавшего против иудейской религиозной традиции, они считали пророком дьявола. Они категорически настаивали на отречении от мира и на отказе от богатства. Они, вслед за Иоанном Богословом, получившим Откровение, готовились встретить второе пришествие Христа и установление Царства Божия на земле.
«Но, — как пишет Ирина Сергеевна Свенцицкая в книге «Раннее христианство», — подобные настроения и верования не могли быть господствующими среди широких масс населения римской державы сколь-нибудь длительное время. Фанатическое ожидание скорого конца света, по мере того как этот конец отодвигался в неопределённое будущее, ослабевало; да и само представление о чудесном изобилии в царстве божием было слишком сказочным и наивным. Не принимая окружающего их общества, они в то же время не могли ни изменить его, ни представить себе конкретно какое-либо другое. В этих условиях в христианском учении всё большее место занимают поиски духовного очищения, вера в награду на небесах».
Так постепенно, шаг за шагом изначальная вера в Царствие Божие на земле стала трансформироваться в веру в Царствие Небесное, которое человек обретает не при жизни, а после смерти, не на земле, а на небесах, не в связи с грядущим вторым приходом Спасителя, а в связи с уже состоявшимся приходом в мир Богочеловека, взявшего на себя все грехи мира и распятого на кресте.
То есть изначально сама вера является понятием подвижным, пластичным. Она следует за общественным сознанием до тех пор, пока не костенеет в догме и ритуале. А вместе с ней костенеют и все искажения смысла первоначальной проповеди. Зато общественное сознание не стоит на месте, и со временем между догматическим каноном и подвижным общественным сознанием неизбежно назревает конфликт. Конфликт между наукой и религией, разумом и верой, свободомыслием и косностью мышления.
Помимо иудеев и иудео-христиан, новой вере, закостеневшей впоследствии в каноне и догме, пришлось бороться с гностиками, предпочитающими слепой вере христиан и иудейскому закону нечто иное, а именно Знание (по-гречески — «Гносис»). Гностики превыше слепой веры христиан-ортодоксов, которых они называли «ромеи» (римляне), ставили Знание, причём Знание тайное, аристократическое, эзотерическое. Это Знание недоступно людям плотским, телесным («соматикам»), оно же недоступно людям душевным («психикам»), которые способны только на веру. Высшее знание даётся только людям с ярко выраженным духовным началом, «пневмой» («пневматикам»).