Никейский собор положил начало канонизации Иисуса и христианства в его нынешней форме. Однако нельзя сказать, что канонизация шла гладко. Еретиков в стане христиан хватало. Сначала это был бывший митрополит Александрии Арий. Подобно Филону Александрийскому, создавшему учение о Логосе, Посреднике меж Богом и людьми, мятежник учил свою паству, что Иисус ниже в божественной иерархии, чем Бог-Отец. Его последователи верили, что Бог-Сын не предсуществовал вечно, от сотворения мира, а является Божьим творением, как и любой другой человек. Но он выше любого человека, ибо Он — Посредник между Богом и людьми.
И многие ему верили на слово. А германское племя готов полностью перешло на сторону арианства, отойдя от официального канона. В борьбе с ересью церковь не остановилась перед сожжением его книг на одной из площадей Александрии. Тот же, кто утаил дома его «богохульные» книги, подлежал немедленной смерти.
Саму ересь, пытавшуюся привнести рациональное зерно в таинства веры, предали анафеме на первом же вселенском соборе, проповедовавших арианство священников низложили и отправили в заточение и ссылку, но целая плеяда верующих учёных периода Возрождения и Просвещения (XVI–XVIII вв.) испытывала к этой диалектической и рациональной ереси скрытые симпатии. В том числе Ньютон.
Затем смуту внёс константинопольский патриарх Несторий, который осмелился в V веке утверждать, что дева Мария родила не Бога, а человека. Божество вселилось в него только после снисхождения Святого Духа в тридцатилетнем возрасте, когда он омывался в реке Иордан. Специально созванный вселенский собор в 431 году осудил несторианство, а сам патриарх был низложен и сослан.
Дева Мария родила от непорочного зачатия Бога-Сына, который пришёл искупить некие «грехи» человечества, в первую очередь, «первородный грех». Этот догмат также был утверждён на двух вселенских соборах, как догмат о Богородице. Отсюда такой широко распространённый культ Богородицы, девы Марии, прежде всего в католических странах. Отсюда борьба с ересью под названием «несторианство».
Были и иные ереси, иные еретики, которые не считались с официальным каноном.
Так, в конце второго века от Рождества Христова родился в славном городе Александрии Ориген, сын Леонида. Когда отца юноши римские власти повели на смерть за христианскую веру, то сын хотел разделить с отцом его участь. Юноша избежал смерти только благодаря любящей матери.
Спустя много лет язычники-римляне схватили самого старца Оригена и подвергли мучительным пыткам за его веру. Вскоре после этого он умер. А спустя 3 столетия уже христианская церковь предала великомученика Оригена анафеме. Спрашивается: почему?
Вера Оригена была необычной. Автор термина «Богочеловек» считал, вслед за своим учителем, неоплатоником Аммонием Саккасом, что мир движется циклически. Он рождается и умирает, с тем, чтобы народиться вновь. Явная крамола для христианской церкви, которая проповедовала векторное развитие мира — от сотворения до светопреставления. Причём Ориген учил о «предсуществовании» душ, которые находились в созерцании Творца. Все души были созданы равными, но затем, в силу свободы воли и, соответственно, свободного волеизъявления, кто-то из них сделал выбор в сторону Бога, став ангелами, а кто-то — в сторону дьявола, превратившись в демонов. Остальные — ни то ни сё, ни рыба ни мясо.
Да и сам Творец у Оригена оказался каким-то странным. Он творит весь мир не добровольно, исключительно в силу своей Любви, а в силу того, что он Творец. То есть это не его право, а его обязанность. Для христианской церкви это показалось неслыханной крамолой.
Помимо еретиков Ария и Нестория, Оригена и Маркиона, Монтана и Мани́ нарождающийся канон всеми доступными средствами боролся с ересями докетизма (иллюзорности человеческого воплощения Христа) и монофизитства (веры в его единосущную, а не двойственную природу), с верой в тысячелетнее царство Бога на Земле (хилиазм) и многими другими ересями и еретиками.