Но это второе путешествие он смог совершить лишь много лет спустя и при обстоятельствах не совсем обычных. В конце же 90-х годов организовать путешествие в “Гвиану” ему больше не удалось. Английское правительство готовилось тогда к нападению на Испанию и не могло выделить для экспедиции в “Гвиану” ни кораблей, ни солдат. Швеция, к которой обратился Рэли, вначале сочувственно встретила его проект организации совместной экспедиции, однако и этот план не осуществился.
В 1603 году королева Елизавета умерла. На престол вступил Яков I. Это обстоятельство для Рэли оказалось катастрофическим. Воцарение Якова I вызвало резкое противодействие в определенных кругах английского дворянства {Елизавета умерла, не оставив наследников. Главным претендентом на престол оказался шотландский король Яков, сын Марии Стюарт, казненной Елизаветой в 1587 г. Шотландская династия Стюартов, к которой принадлежал Яков I, и английские Тюдоры, последним представителем которых оказалась Елизавета, были связаны родственными узами.}. Противники новой династии Стюартов, сменившей династию Тюдоров, сразу же вступили на путь заговоров. К числу активных заговорщиков принадлежал также Рэли, который еще в последние годы правления Елизаветы участвовал в подавлении мятежа сторонников Якова I.
Кроме того, Яков I стремился к миру с Испанией (мир этот был заключен в 1604 г.), тогда как Рэли был рьяным сторонником антииспанского курса. Не удивительно, что Яков I сразу же лишил Рэли всех его званий и привилегий, удалил от двора, а затем, через два с небольшим месяца после своего восшествия на престол, приказал арестовать. Рэли был признан виновным в государственной измене и приговорен к смертной казни. Казнь, правда, не состоялась, но не было и официального помилования. Рэли просто заключили в Тауэр, где он пробыл вплоть до 19 марта 1616 года — то есть почти тринадцать лет.
Годы эти не прошли для него бесплодно. Он создал в тюрьме химическую лабораторию, в которой ему удалось опреснить морскую воду, а также изготовить какое-то сильнодействующее сердечное средство. Рэли написал в эти годы трактат о кораблестроении и морской тактике (один из первых на английском языке, издан в 1650 г.). Он написал первый том “Всемирной истории” (до 130 г. до н. э.), вышедший в 1614 году, а также еще несколько работ по политическим и военным вопросам, опубликованных уже после его смерти. Не прекращал он и литературной деятельности: Рэли был одним из виднейших поэтов елизаветинского времени, и стихи его до сих пор не утратили своей популярности у английских читателей.
Хотя характеристика всей чрезвычайно многосторонней деятельности Рэли выходит за рамки настоящей статьи, нельзя все же не отметить, что он был одним из выдающихся деятелей культуры и науки своего времени. Время это было золотым веком английской литературы, веком Шекспира, Бэкона, Марло, и, быть может, четвертое по значению место следует отвести Уолтеру Рэли. Не случайно некоторые литературоведы и в Англии, и за ее пределами, отрицавшие существование Шекспира как драматурга, считали, что авторство многих шекспировских пьес принадлежит кружку литераторов-вольнодумцев, во главе которого стоял Рэли. Кроме того, Рэли внес немалый вклад и в историю английской философской мысли. В его философских трактатах звучат материалистические и даже атеистические ноты. Обвинения в атеизме постоянно тяготели над Рэли и немало осложнили его жизнь. Он оказывал поддержку многим прогрессивным мыслителям своего времени, с ним были связаны многие передовые люди той эпохи, которых преследовали государство и церковь. При всем этом Рэли, типичный деятель эпохи Возрождения, обладал всеми положительными и отрицательными качествами, свойственными людям того времени. Наряду с неуемной страстью к познанию мира в нем уживалось и не менее бурное стремление к наживе; он был крайне неразборчив в средствах, часто жесток и вероломен.
Разумеется, все тринадцать лет сидения в Тауэре Рэли не прекращал попыток вырваться на свободу. Он не раз пытался соблазнить гвианским золотом вечно нуждавшегося в деньгах Якова I. В 1611 году было даже заключено соглашение, по которому за золотом на Ориноко должен был отправиться сподвижник Рэли капитан Кеймис, Рэли же в случае удачного окончания предприятия освобождался из тюрьмы. Но соглашение так и осталось на бумаге.