Между тем в России все жарче разгоралось пламя гражданской войны. К концу лета три четверти территории Советской республики оказались в руках контрреволюции. Особенно тяжелое положение сложилось на востоке. Из членов ЦК РКП(б), избранных на VII партийном съезде, на ответственную военную работу, помимо Троцкого, были уже переведены М. М. Лашевич, И. Т. Смилга и Сталин. Возвратившийся из-за границы Сокольников в начале сентября назначается членом Реввоенсовета 2-й армии Восточного фронта. Ее основная задача — ликвидировать эсеро-белогвардейский мятеж, охвативший районы Ижевска и Воткинска, не допустить соединение мятежников с войсками белочехов и «учредиловцев».
Старый большевик С. И. Гусев, сообщая в ЦК РКП(б), что в связи с недостатком комсостава политкомам нередко приходится брать командование на себя, в качестве примера называл Сокольникова. При ближайшем участии Григория Яковлевича из полупартизанских частей и отрядов Вятской группы войск, которая, по свидетельству командарма В. И. Шорина, находилась в крайне дезорганизованном состоянии и была близка к полному развалу, формируется Особая Вятская дивизия. Наступая на Воткинск с севера, она, преодолев ожесточенное сопротивление белых, в ночь на 13 ноября освободила город. «За голову комиссара второй армии тов. Сокольникова ижевские белогвардейцы обещают 40 000 р., — писала газета «Правда». — Это мало, в сравнении с тем злом, которое принес тов. Сокольников белогвардейцам Ижевска и Воткинска».
В связи с постановлением состоявшегося 26 ноября Пленума ЦК РКП(б) об укреплении Южного фронта, признанного теперь для Республики главным, Григорий Яковлевич утвержден членом Реввоенсовета фронта и одновременно Реввоенсовета 9-й армии. Вместе с последней он участвовал в боях с белоказаками генерала Краснова, освобождении Донской области и северных районов Донбасса. Интересно, что Сталин и Дзержинский, командированные в январе 1919 года в Вятку для расследования причин отступления 3-й армии, в посланном Ленину «Кратком предварительном отчете» в качестве одной из срочных мер предлагали замену прежнего члена РВС армии «Сокольниковым или кем-либо другим типа Сокольникова».
В марте на VIII съезде РКП(б) по поручению ЦК Григорий Яковлевич выступил с докладом о военном положении и военной политике партии. Он призывал решительно покончить с партизанщиной, создать централизованную регулярную армию с железной дисциплиной, непримиримо боролся против ошибочных взглядов «военной оппозиции» (А. С. Бубнов, К. Е. Ворошилов, В. М. Смирнов, Е. Ярославский и другие), которая, по существу, требовала ввести коллективное управление войсками и возражала против назначения военных специалистов на командные посты.
С апреля и вплоть до середины августа фамилия члена РВС Сокольникова стоит почти под всеми приказами командующего Южным фронтом, сначала В. М. Гиттиса, а затем сменившего его В. Н. Егорьева…К лету наступление на юге захлебнулось. Под натиском превосходящих сил Деникина, обескровленные жестокими непрерывными боями на фронте, ослабленные бушевавшим в тылу антисоветским казачьим мятежом, красные войска отступали. Во время рейда конного корпуса генерала Мамонтова по тылам фронта Сокольников был направлен в Реввоенсовет 8-й армии. Хотя в ходе августовского контрнаступления армия вышла на подступы к Харькову, уже вскоре она оказалась в крайне тяжелом положении. Окруженная с трех сторон, а иногда и полностью отрезанная, армия отходила от Волчанска к Воронежу, изредка и с трудом сносясь с соседями и фронтовым командованием по радио и с помощью аэропланов. «Налеты мамонтовских частей на тылы армии действовали дезорганизующе и деморализующе, — вспоминал Сокольников. — К этому периоду относится захват в плен мамонтовским разъездом члена Реввоенсовета 8-й армии Владимира Барышникова. Штаб армии кочевал с места на место, всегда рискуя быть захваченным врасплох; часть работников штаба дезертировала, а некоторые перебежали к белым. В этих условиях был назначен командующим армией…»
Назначение командармом человека, не имевшего за плечами даже курса военного училища, не могло не вызвать раздражения у некоторых фронтовых работников. Тем не менее 26 октября Реввоенсовет Республики постановил ввести, во изменение существовавшего порядка, единоличное управление 8-й армией командармом. Кандидатуру Григория Яковлевича утвердили и РВСР, и Политбюро ЦК РКП(б). «В критический момент битв за Воронеж он был поставлен во главе 8-й армии единачальником, без Реввоенсовета, — отмечал ветеран гражданской войны, бывший комиссар 12-й дивизии, а затем оперотдела штаба армии И. А. Чуев. — Этот первый опыт в истории Красной Армии оказался удачным. Г. Я. Сокольников в короткий срок навел порядок в 8-й армии, повысил боеготовность ее войск и обеспечил успешное проведение крупнейших наступательных операций вплоть до разгрома деникинщины».
Отличившись в боях за Воронеж, 8-я армия в начавшемся во второй половине ноября наступлении войск Южного фронта, действуя на донбасском направлении, освободила города Бобров, Бирюч, Богучар, Павловск и множество других. «Восьмой армией, одной из лучших, — заявил в декабре на VII Всероссийском Съезде Советов председатель Реввоенсовета Республики Троцкий, — командует тов. Сокольников, которого мы знали в свое время как члена ЦК партии, как прекрасного журналиста и оратора, но вполне штатского. Теперь он командует армией, и… по отзывам главнокомандующего, хорошо командует». Говоря о коммунистах, посланных на фронт для политической работы в войсках и, несмотря на отсутствие военного образования, благодаря личным качествам занявших крайне ответственные командные посты, Троцкий, который, кстати сказать, мало о ком отзывался лестно, в качестве примера назвал командующего Туркестанским фронтом М. В. Фрунзе и командарма-8 Сокольникова.
В ходе Донбасской операции 24 декабря 1919 года в результате упорных боев 8-й армией был освобожден Луганск, а 8 января 1920 года совместно с Первой Конной — Ростов. К этому времени относится резкое охлаждение отношений между Реввоенсоветом Конармии и Сокольниковым. По свидетельству Г. К. Орджоникидзе, Григорий Яковлевич считал, что «конармия разложилась и что со стороны ее можно ожидать очень много неприятностей». «В этом духе, — писал Орджоникидзе уже после гражданской войны, — была информирована Москва. В этом же духе сообщала Владимиру Ильичу Фотиева, ездившая в Ростов. Надо сказать, что Конармия по занятии Ростова изрядно пограбила его… Отношение комфронта тов. Шорина было также резко отрицательное». Сталин, утверждая, что Сокольников «создал вокруг Конармии атмосферу вражды и злобы», настаивал в феврале на его немедленной отставке и оказывал в этом направлении усиленное давление на Ленина, нового комфронтом М. Н. Тухачевского и нового члена Реввоенсовета фронта Орджоникидзе. Однако его старания не увенчались успехом. Под командованием Сокольникова 8-я армия завершила свой славный боевой путь освобождением Новороссийска.
В приказе Реввоенсовета Республики № 150 от 12 апреля 1920 года говорилось, что командарм-8 Сокольников награждается орденом Красного Знамени «за блестящее руководство в бытность членом РВС 2 армии, в октябре и ноябре 1918 года, наступлением особого отряда на Боткинский и Ижевский заводы с севера, завершившимся полным разгромом превосходных сил противника; за неутомимую боевую работу и выдающееся мужество, проявленные им в качестве члена РВС Южного фронта, в трудные дни отхода армий от Черного моря на север летом 1919 года и за выдающееся единоличное командование войсками 8-й армии, приняв которую в октябре 1919 года, в момент окружения ее конницей Мамонтова, он воодушевил войска, стойко выдержал натиск врага и, перейдя в решительное наступление, одержал ряд побед под Бобровом, Павловском, Старобельском, Луганском и в районе ст. Лихой и, наконец, отбросил врага за Дон, а равно за выдающиеся заслуги в деле строительства Красной Армии и создания ее мощи».
В связи с полным разгромом Деникина и расформированием 8-й армии Сокольников выехал в Москву. Снова работа членом редколлегии «Правды», в МК, чтение лекций по политэкономии в высшей партийной школе, бесчисленные выступления на митингах и собраниях, участие во II конгрессе Коминтерна. И все же душой он рвался на врангелевский фронт. Даже Сталин просил прислать его к нему, на Юго-Западный. Однако ЦК направляет Сокольникова в Туркестан.