Не взирая на все это, Карфагенский собор (397 г.) предал анафеме всех, кто был против крещения младенцев.
В пятом веке ревнителями подлинного христианства являются Несториане. Основоположником этого движения был Несторий, патриарх Константинопольский. С угрозой для собственной жизни, Несторий бичевал все тогдашние пороки и отступления Церкви. Он заблуждался, однако, уча, что в Христе не только два естества — божеское и человеческое, но и два лица, считая Христа не Богочеловеком, а Богоносцем. Но во всем остальном Несторий строго придерживался Св. Писания. Он отказался называть деву Марию «Богородицей» на том основании, что Бог безначален и родить Его, Бога, никто не мог. Несторий называл деву Марию «Христородицей». За такую смелость Несторий был осужден Ефесским собором (431 г.) и заточен в монастырь, а многочисленные его последователи, рассеянные в Персии, Средней Азии, Индии и Северной Африке, подверглись тяжким преследованиям.
Одновременно с Несторианами на сцену выступают, так называемые, «одноприродники», Монофизиты. Последователи этого учения, прилагая все старания к восстановлению утраченной церковью ясности вероучения и святости жизни, впали в другую крайность: в Иисусе Христе они признавали не два естества, — божеское и человеческое, а только одно, — божеское. Это учение — антипод учению современных модернистов, признающих во Христе Иисусе одно только естество, — человеческое.
В шестом веке появились Монофелиты. Последователи этого учения стремились, хотя бы отчасти, освободиться от «узаконенных» Церковью нарушений Св. Писания. Среди выдвинутых ими истин Евангелия был спорный вопрос о наличии одной воли или двух в Иисусе Христе: воли Божеской и человеческой. Монофелиты склонялись к утверждению, что во Христе — только одна воля, Божеская, и за это были осуждены и преданы анафеме на шестом вселенском соборе (680 г.) в Константинополе. Люди, искавшие духовного оздоровления Церкви, встретились с беспощадной расправой.
В седьмом веке в Малой Азии зародилось здоровое Евангельское движение Павликиан. Последователи этого движения восстали против деления Церкви на духовенство и мирян, отвергали не предусмотренные Писанием обряды Церкви, не признавали икон, не поклонялись деве Марии, Апостолам и святым и проповедывали спасение по благодати, чрез веру. Церковные здания Павликиане называли не «храмами», а молитвенными домами. Они отказывались называться другим именем, кроме, — «христиане». Горнак называет Павликиан «протестантами до протестантской эпохи», индивидуалистами, не признававшими католической иерархии. Несмотря на то, что эти исповедники «древнего учения» подвергались бесчеловечным гонениям, искоренить их оказалось делом совершенно немыслимым, невозможным. Павликиане пережили эпоху иконоборчества — жуткую эпоху, когда императрицей Феодорой был издан особый эдикт, направленный против Павликиан, и в результате которого (846 г.) было умерщвлено сто тысяч Павликиан. Спасаясь от пыток и преследования, Павликиане проникали на Балканы, во Францию, Италию, Голландию, стали основоположниками других христианских течений в разных местах Европы, и до сего дня сохранились в Армении. В девятом веке два образованных грека Кирилл и Мефодий, читая Св. Писание, были настолько захвачены его содержанием, что сделали перевод Писания на славянский язык и начали проповедывать христианство язычникам-славянам: хозарам, моравам, болгарам и др. На Кирилла и Мефодия посыпались обвинения. Церковные власти утверждали, что народ должен читать Писание только на одном из трех языков: еврейском, греческом и латинском, ибо на кресте Голгофском имелись надписи на этих именно языках. Языки «варваров» рассматривались, как решительно непригодные для усвоения Слова Божия. В представлении римских пап, совершение богослужения на таких «вульгарных» языках почиталось чуть ли не кощунственным. В то время «богослужебными» языками были: в Западной церкви — латинский, а в Восточной — греческий, хотя время разделения этих двух церквей тогда еще не наступило. Папа Николай I-й вызвал братьев в Рим под предлогом их рукоположения и старался воспрепятствовать введению славянского языка в богослужения моравской церкви. Когда братья, Кирилл и Мефодий, находились уже на пути в Рим, папа Николай I-й, будучи сам отлучен от Церкви Константинопольским собором, внезапно умер. Вступивший на папский престол Адриан II-й пытался воздействовать на братьев, но это ни к чему не привело. Папа Иоанн VIII-й два раза подряд запретил братьям совершать богослужения на церковно-славянском языке. Мефодий счел необходимым вторично съездить в Рим для личного разъяснения папе незаконности и опасности его требований. Иоанн внял доводам Мефодия и отменил свое двоекратное запрещение. Однако, после смерти Мефодия, папа Стефан VI-й проклял Мефодия за церковнославянский язык, как еретика, ему непослушного. Солуньским братьям пришлось вести с папами непрерывную борьбу.