В четырнадцатом веке против злоупотреблений католической церкви восстал Ян Гус, пражский проповедник и духовник чешской королевы. Гус требовал свободной проповеди Евангелия, отвергал исповедь пред священником, а также чистилище и главенство папы и горячо стремился к восстановлению христианства в его первобытной чистоте. Гус был вызван на папский собор в Констанце (1414 г.) и, несмотря на то, что отправился на собор под прикрытием короля Венцеслава и охранительной грамоты императора Сигизмунда, Гус был объявлен на соборе «еретиком» и сожжен в Констанце. «Я стремился отвратить людей от греха. В этой истине, которую я проповедывал согласно с Евангелием Иисуса Христа и толкованием Апостолов, я сегодня радостно хочу умереть», — ответил Гус тем, кто за несколько минут до казни явились к нему с последними своими увещаниями. Смерть высокого христианского мученика возмутила свободолюбивых чехов и послужила сигналом к Гуситской войне. Предводителями были — Николай из Гусинца и Ян Жижка. Эта кровопролитная борьба продолжалась с перерывами вплоть до так называемого Куттенбергского религиозного мира в 1485 году.
В пятнадцатом веке, когда на папском престоле восседал Борджия под именем папы Александра VI-го, католическая церковь достигла последних ступеней своего нравственного падения. Произвол и насилие духовенства и возмутительный разврат самого папы Александра VI-го (1492–1503) не поддаются описанию. В папском дворце было помещение для публичного дома. В диких оргиях и ничем не прикрытом разврате папы, принимали участие его дочь Лукреция и сын — кардинал. Высшее духовенство пополняло свои ряды представителями светской аристократии, низший клир отличался крайним невежеством, а проделки монахов вошли в пословицу: «эти лицемеры делают как раз обратное тому, что проповедуют»…
Эта общая разнузданность вызвала против себя волну народного негодования. Общий протест нашел своего выразителя в лице проповедника из Флоренции Джироламо Савонаролы. Он отличался своею душевной прямотой, был неустрашим и не мог мириться с явным язычеством в христианской церкви. В своих проповедях Савонарола изобличал духовенство и самого папу. 25-го июля 1495 года папа приказал «дерзкому пророку» приехать в Рим и дать отчет в своих словах и действиях, но «дерзкий пророк» не пожелал явиться. Возмущенный «наместник Христа на земле» издал (8-го Сентября того же года) указ, запрещающий Савонароле проповедывать в соборе св. Марка, во Флоренции, но и тут встретился с непослушанием «подвластного». 12-го мая 1497 года папа объявил Савонаролу еретиком, отлучил от церкви и предал анафеме. Не взирая на все меры, принятые папой, Савонарола продолжал проповедывать, совершать богослужения и евхаристию. Весной 1498 года папа прислал во Флоренцию своих комиссаров, дабы «покончить с отступником, хотя бы он оказался вторым Иоанном Крестителем». Савонаролу арестовали, подвергли адским пыткам и мучениям, после чего Савонарола был повешен и труп его сожжен. Такая же участь постигла и двух его сообщников: Пестию и Доминика. Так тяжело был наказан церковью тот, кто дерзнул проповедывать истину, беспощадно обличая безнравственность народа, духовенства и властей.
Сохранились точные записи допроса и текст смертного приговора, вынесенного «папскими легатами» еретику Савонароле. Этот текст допроса и текст приговора настолько компрометируют католическую церковь, что последняя объявила эти исторические документы «подложными».
В шестнадцатом столетии на арену борьбы за чистоту церкви выступают Цвингли, Кальвин и Лютер.
Ульрих Цвингли (1484–1531), священник из Цюриха, восстал против Римской церкви и громил злоупотребления духовенства. В 1522 году, с согласия Цюрихского городского совета, Цвингли стал приводить в исполнение радикальную реформу церкви и сделался реформатором Швейцарии. Гуманист по образованию и убеждениям, широкий по уму и высокий по своим душевным качествам, Цвингли является одним из самых выдающихся духовных деятелей реформационного периода. Цвингли был убит католиками в сражении с войсками католических кантонов, при Каппеле.
Иоганн Кальвин (1509–1564), родом из Франции, положил вместе Цвингли основание реформаторской церкви. Пробыв некоторое время в Страсбурге, Кальвин был приглашен в Женеву, где действовал с большой властью, водворив в Женеве теократические порядки. Сделанные им многие нововведения в церкви были осуждены на соборе в Лозанне. Приверженцы кальвинизма во Франции были названы Гугенотами. Они подвергались сильным преследованиям. Во время бракосочетания Генриха Беарнского с Маргаритой Валуа, по инициативе Екатерины Медичи, матери Карла IX-го, католики решили истребить гугенотов, проживающих в Париже. Избиение это произошло в ночь св. Варфоломея с 23-го на 24-е августа 1573 года и получило в истории название «Варфоломеевской ночи». В ту ночь во Франции было уничтожено около 30 000 гугенотов, Из них 2 000 жертв в Париже. Гугеноты и по сей день имеют свои церкви на юге Франции, пользуясь по кодексу Наполеона гражданскими и политическими правами наравне с католиками.