После смерти Вильгельма, скончавшегося 9 марта 1888 года, пребывание Бисмарка на посту канцлера бесспорно близилось к концу. Это косвенно выразилось и в произнесенной Бисмарком речи памяти императора, исполненной глубокого волнения и свидетельствовавшей о ни с чем не сравнимой тесной привязанности, соединявшей их в течение столь длительного времени, несмотря на все конфликты. Короткий период правления смертельно больного Фридриха III не оставил никаких возможностей для любого рода перемен. 15 июня 1888 года на престол взошел 29-летний Вильгельм II, и вначале все, казалось, указывало на то, что пребывание Бисмарка на посту канцлера продлится еще долго. Во всяком случае, будучи принцем, Вильгельм был очень привязан к Бисмарку и глубоко уважал его. Однако корни этих чувств следовало искать скорее в психологическом «противостоянии» родителям (Бисмарк отзывался о них весьма критически), и прежде всего матери, дочери королевы Виктории, чья ненависть к Бисмарку у Вильгельма трансформировалась в восхищение им. Старание Бисмарка подготовить Вильгельма к его будущим задачам на посту правителя и в первую очередь ознакомить его с деятельностью внешнеполитического ведомства имело так же мало успеха, как и попытки предостеречь от наносящего ущерб династии участия принца в антисемитской агитации придворного проповедника Штекера и от слишком тесных личных отношений с преемником Мольтке на посту главы генерального штаба, графом Вальдерзе, чью идею превентивной войны с Россией Бисмарк считал крайне губительной. Канцлер предавался иллюзии, что сможет и дальше сотрудничать с Вильгельмом II на основе якобы существовавшего между ними доверия, несмотря на различия в мнениях, которые проявились еще до вступления Вильгельма на престол. А новый император, независимо от влияния толпившихся вокруг него противников Бисмарка, был твердо убежден в том, что ему следует как можно скорее расстаться с канцлером деда.
Расхождение во взгляде на русский вопрос наложило свой отпечаток на те немногие месяцы, что они провели у руля государства вместе, но были и внутриполитические проблемы, точнее, вопросы социальной политики, которые приведи к разрыву. Жестокое столкновение между императором и канцлером произошло 24 января 1890 года на заседании Коронного совета. При этом речь шла, во-первых, о предстоящем возобновлении закона о социалистах, которое могло иметь место в рамках парламента лишь в том случае, если будет предусмотрено смягчение формулировок, выдвигавшееся национал-либералами в качестве условия своего согласия. Поскольку император и канцлер не смогли прийти к соглашению по этому вопросу, закон о социалистах 25 января 1890 года не был возобновлен рейхстагем. Для Бисмарка — после двенадцати лет борьбы с международной социал-демократией, представляющей, по его мнению, подрывную силу, — это было тяжелым поражением. Во-вторых, во время столкновения 24 января речь шла о программе Вильгельма II в области социальной политики. Программа должна была стать продолжением социального законодательства Бисмарка периода восьмидесятых, поскольку содержала закон об охране труда. Бисмарк колебался, но все же был склонен пойти на уступки. Проекты указов, составленные, наконец, Бисмарком, 4 февраля 1890 года были обнародованы императором без предусматривавшейся конституцией визы канцлера. Это стало публичной демонстрацией конфликта.
Катастрофический для «картеля» результат выборов в рейхстаг 20 февраля 1890 года и проявившееся еще в ходе предвыборной борьбы явное дистанцирование от Бисмарка партий, бывших до этого правительственными, в первую очередь консерваторов Германии, продемонстрировали политическую изоляцию старого канцлера. В течение последовавшей за этим заключительной фазы конфликт между императором и канцлером, вызревший на разногласиях по менее существенным вопросам, все больше и больше концентрировался на вопросе о власти. 5 марта в речи по проблемам социальной политики Вильгельм заявил, намекая на Бисмарка: «Тех, кто будет препятствовать мне в этой работе, я уничтожу». «Последняя» попытка канцлера обеспечить себе новую поддержку в рейхстаге путем переговоров со своим давним противником в вопросах внутренней политики, лидером партии Католического центра Виндтхорстом, предпринятая 12 марта, потерпела неудачу. Консерваторы отказали Бисмарку в поддержке из-за «слабости» его мирной политики. Визит Вильгельма к Бисмарку 15 марта начался со спора относительно права канцлера принимать депутатов рейхстага без согласия императора и закончился предложением короля министру подать прошение об отставке. В этом документе, который был наконец составлен 18 марта (публиковать его Вильгельм запретил) на передний план выдвинулась внешнеполитическая проблематика, неотложная, как он считал, для империи необходимость поддерживать тесные связи с Россией, которые именно сейчас, в связи с предстоящим возобновлением договора перестрахования, вступили в новую стадию. Прошение Бисмарка заканчивалось словами: «Я уже давно представил бы просьбу об отставке с моих постов на рассмотрение Вашего Величества, если бы у меня не создалось впечатления, что Вашему Величеству было бы желательно использовать опыт и способности верного слуги Ваших предков. После того как я уверился в том, что Ваше Величество в таковых не нуждается, я позволю себе удалиться от общественной жизни, не опасаясь, что общественное мнение сочтет мое решение преждевременным». В действительности же общественное мнение и политические партии Германии, которые — вследствие отстраненности рейхстага от проблем международной политики, за которую отвечал Бисмарк, — не осознав внешнеполитического масштаба решения монарха, восприняли отставку канцлера с облегчением.