Центральной темой его православного взгляда является защита истинного Православия. На самом очевидном уровне ("юрисдикционном") это означало защиту истинно-православной (катакомбной) Церкви в России, к которой он некогда принадлежал и одним из главных апологетов которой стал в свободном мире. Среди русских "юрисдикций" зарубежья он находил, что только Русская Православная Заграничная Церковь имеет дух катакомбной Церкви в России. Другие же, будучи модернизированными ответвлениями ее, духовно ближе к Московской Патриархии, "духовное" главенство которой они в разное время признали. Его защита катакомбной Церкви всегда была на очень высоком уровне, всегда подкреплена Богословскими и духовными обоснованиями, и даже в разгар полемики и после собственного горького опыта в Советском Союзе он никогда не доходил до ненужных крайностей в обличении отступничества от Православия Московским Патриархатом. Даже в своей известной полемической статье " Благодатна ли Московская Патриархия?" ("Православная Русь", 1948 г., №№ 17, 18, 19) после перечисления причин, почему можно усомниться в благодатности таинств Московского Патриархата, он тщательно избегает любого неосторожного утверждения, мудро заметив, что отход одной из Церквей от Бога и превращение ее в "синагогу сатаны" - это процесс. Но советская Церковь вступила на путь, ведущий к этой "синагоге" - в этом не может быть никакого сомнения. Отказываясь от суждения по этому вопросу, он его оставляет на решение будущего Поместного Собора всей Русской Церкви. Вся эта статья весьма глубока с философской и Богословской сторон и выдвигает ту же самую идею, что и "катакомбные документы" 1971 года - что советская власть не является истинной властью, требующей послушания по святому апостолу Павлу (Рим. 13, 1), а беззаконной антихристианской властью. С большой проницательностью он говорит о "мистической силе" коммунизма, который рассматривает как новое явление в человеческой истории, прямую подготовку к правлению антихриста. В других статьях он подвергает сам коммунизм беспощадной научной и философской критике, показывая, что в то время, как он был бессилен доказать истинность атеизма и материализма, он успешно доказал (своими бесконечными убийствами, пытками, преступлениями и разрушениями) существование объективного зла и его основателя - дьявола (см. "О характере научно-атеистической пропаганды в Советской России", "Православный путь", 1956 г.; "Христианство и большевизм" - Владимирский Православный Русский календарь, 1955 г.). Его "Краткий обзор истории Русской Церкви от революции до наших дней" (Джорданвилль, 1952 г.) - это действительно в своем роде единственная книга, в которой исследуется история "юрисдикций" Русского Православия XX века с точки зрения верности Христу и церковной традиции. Для Андреева понятие истинного Православия полностью насыщено опытом новых катакомб нашего века; все, что он писал, ощущается как нечто настоятельное, серьезное и глубоко обязательное, что часто не понятно тем, кто не жил в условиях гонений, предательств и тайных (иногда и буквально подпольных) церковных служб. Его учение составляет катакомбные Богословие и философию для современных православных христиан, далекую от пустых академических упражнений большинства "православных Богословов" XX века.
Все сочинения Андреева отражают его философское основание, но, возможно, лучше виден склад его философского ума в его статьях о пользе и ограничениях науки. Сами опытные ученые редко способны видеть дальше своей узкой специализации, в более широком и глубоком философском контексте. А те, кто пытаются оценить науку с точки зрения Богословия или академической философии, часто делают слишком общие и неточные выводы. Однако Андреев, будучи и ученым, и философом, а также и Богословом, находился в уникальном и выгодном положении, чтобы рассмотреть все три области знания в правильной перспективе. Его статья "Христианская Истина и научное знание" ("Православный путь", 1961 г.) блестяще определяет сферы и методы этих двух видов познания и указывает, как можно избежать любых противоречий между истинной наукой и истинным Христианством: "Только при поверхностном знании встают мнимые противоречия между верой и знанием, между религией и наукой. При углубленном же знании эти мнимые противоречия исчезают без следа...Широкое, глубокое научное и философское образование не только не препятствует вере в Бога, но облегчает ее, ибо весь арсенал подлинных достижений научно-философской мысли является естественным апологетическим материалом религиозной веры. Кроме того, часто честное знание имеет методологические возможности вскрыть извращения веры и обличить суеверия как религиозные, так и научно-философские" (стр. 72).