Научные и философские познания самого Андреева были особенно ценны в защите Православного Христианства от его современных гонителей. В своем учебнике "Православно-Христианская апологетика" (единственная из его книг, переведенная на английский язык, Джорданвилль, 1957 г.) он делает попытку построения "целостного церковно-православного христианского мировоззрения" (стр. 5). В этой книге он полностью использует научные данные, но не переоценивает их, понимая, что "при использовании научных данных следует быть особенно осторожным и не увлекаться, по примеру католичества, "строгой научностью" доказательств, памятуя, что все науки дают только временное гипотетическое знание, тогда как предметом апологетики является вечная и неизменная истина" (стр. 7). Он также избегает соблазна чрезмерной критики антихристианских взглядов, "которому иногда подвергаются неопытные апологеты Христианства", понимая, что апологетика "не должна размениваться на мелочную критику частных обывательских заблуждений", но должна раскрывать "лучезарно-светлый образ Христианской Истины", представленный самым доступным образом, который "убеждает гораздо в большей степени, чем самые точные логические доказательства" (стр. 6). Согласно этим принципам, книга выдержана в спокойном, умеренном тоне, широка в охвате (максимально используя неправославные источники, когда они уместны) и вполне точна в своих заключениях, даже в сферах, которые некоторые православные апологеты, менее научно подготовленные, предпочли бы оставить неясными. Так, например, он не избегает вопроса об "эволюции" там, где касается происхождения человека. Он приходит к заключениям, основанным на научных и святоотеческих данных, отличающимся от его собственной юношеской веры в эволюционизм Бергсона: "Родоначальники человеческого рода из животных существуют только в сочинениях дарвинистов, а нигде в природе не существуют и не существовали... Отрицать факт, что человечество существует только около восьми тысяч лет - вряд ли возможно" (стр. 66-67). Его критика научной "единообразности" и его идея об "эволюции законов природы" дают пищу для более тщательного святоотеческого исследования некоторых важных вопросов, поднятых теорией эволюции.
Интересно, что "Православно-Христианская апологетика" проникла за "железный занавес" и активно использовалась московским священником отцом Димитрием Дудко в его беседах с паствой в 1974 году (опубликована на английском языке под названием "Наша надежда", Крествуд, Нью-Йорк, 1977 г.), доказав таким образом свою апологетическую ценность в Советской России. Своим вниманием к вопросам нравственности, подчеркиванием важности страданий и умением быстро схватить суть какого-либо интеллектуального вопроса отец Димитрий был схож с Андреевым, но ему не достает точности в церковных вопросах, которую Андреев обрел своим катакомбным опытом. Несмотря на то, что отец Димитрий приводит больше цитат из Андреева (стр. 68-72, 95-99), чем из любого другого источника в своей книге, и что он дает его имя, название и дату публикации "Православно-Христианской апологетики", все же переводчик (который в сносках дает информацию по всем другим упоминаемым авторам) ни слова не сообщает о том, кто такой И.М. Андреев. Печально, но показательно для нашего времени, что один из глубочайших российских мыслителей столетия - есть имя "неизвестное" ученому миру именно из-за того, что он отказался от мудрости мира сего и выбрал путь "консервативного" истинного Православия.
Из Богословских трудов Андреева следует особенно упомянуть его "Православно-Христианское нравственное Богословие" (Джорданвилль, 1966 г.), где он излагает общие основы христианской жизни в соответствии со святоотеческим учением, со строгой приверженностью христианской иерархии ценностей, согласно которой нравственное поведение полностью зависит от религиозных принципов и никогда не может отделяться от них ради образования "автономной морали". Он также посвятил несколько статей Пресвятой Богородице, сопоставляя почитание Ее у православных с протестантскими и римо-католическими взглядами и описывая свой любимый "лазоревый праздник" - Благовещение.
Возможно, что самые проникновенные труды Андреева посвящены русской литературе. Его "Очерки по истории русской литературы XIX века" (Джорданвилль, 1968 г.) - сборник эссе, действительно уникальных в литературной критике. Они написаны с Богословской глубиной, цельным философским мировоззрением и с психологической проницательностью, которых нельзя найти у других мыслителей. Шедевром в этом сборнике является статья о Владимире Соловьеве, в которой чутко анализируется "духовный опыт" этого религиозного философа и показывается он на основании святоотеческих писаний как классический пример духовного обольщения - прелести. Имея личную симпатию к Соловьеву (особенно в последние его годы, когда он стал ближе к Православию), Андреев в этой статье ясно противопоставляет "обновленное" христианство Соловьева и его последователей "консервативному" Православию святых Отцов. Обновленцы нападали на Русскую Церковь (особенно в два последние столетия) как на находящуюся в состоянии "паралича" (или, по словам совсем недавних обновленцев, "в западном пленении"), не замечая множества святых подвижников и исповедников, выращенных этой Церковью как раз в этот период. "Не надо никаких "возрождений" Христианства, никакого "нового религиозного самосознания", ибо Православное Христианство никогда не умирало и умереть не может и никакого "нового" религиозного самосознания, ведущего к спасению - нет!" (стр. 279).