Он закончил курс академии в 1904 году так успешно, что ему предложили на выбор или карьеру ученого, или работу преподавателя. Он выбрал последнее. Работая преподавателем Священного Писания в Черниговской семинарии, он сумел так вдохновить своих учеников, что некоторые из них посвятили свою жизнь изучению Священного Писания и позднее стали профессорами по этому предмету. Семинарское начальство тоже ценило труды молодого наставника, и в 1906 году его выдвинули на должность инспектора Вологодской семинарии. Работая в этой должности, он проявил и административные способности. За короткое время сумел навести такой исключительный порядок, что, несмотря на его молодой возраст, в следующем учебном году ему доверили ответственную должность ректора Литовской Православной семинарии и настоятеля Свято-Троицкого монастыря в Вильне. Ему также дали ответственные поручения в правлении епархии. Его переезд в 1912 году в Минск, куда болеющий архиепископ Минский Михаил пригласил его на должность викарного епископа, все в Вильно восприняли с сожалением. По пути в Минск он участвовал в канонизации святого Иоасафа Белгородского.
В том же 1912 году епископ Иоанн был переведен в Одессу викарием архиепископа Херсонесского Димитрия, очень тогда уже престарелого. В новом, 1913 году, ему дали ответственное поручение привести в надлежащее состояние вновь открытую Приазовскую епархию. Его взаимоотношении с местным населением там были настолько хорошими, что эта епархия стала единственной в России, в которой жалованье ему и священникам платили жители. За четыре года своей работы во главе этой епархии (до 1917 года), включающей так называемый угольный район, энергичный пастырь посетил все ее уголки. Были случаи, когда епископа призывали рассудить конфликты между рабочими и управляющими. Рабочие считали его защитником своих интересов, а управляющие подчинялись его решениям, не споря. Когда в связи с войной волны беженцев из Галиции и Чехословакии хлынули на "тихий Дон", в лице епископа Иоанна они нашли человека, который очень заботился об их нуждах. При его участии были организованы многие школы и сиротские приюты для беженцев. Сотни благодарных галичан и чехов, включая интеллигенцию, стали православными.
Революция застала епископа Иоанна на этом посту. Он был опасен для вождей революции, и кампания против него началась немедленно. Открыто и тайно агенты следовали за ним повсюду. Между тем в массах людей, всецело преданных своему епископу, сформировалось отношение, которое было неприемлемо для местных революционных властей. Добровольцы из рабочих и солдат организовали круглосуточную охрану епископа. По пути на службы и обратно он шел в сопровождении множества людей, готовых защищать его от врагов. Местные власти решили найти выход из этой ситуации, организовав перевод любимого народом архипастыря в Тверскую епархию. Но после последней службы в кафедральном соборе люди силой вернули своего епископа в его резиденцию и окружили его охраной, чтобы помешать его депортировать. В таких условиях властям пришлось униженно просить епископа на какое-то время уехать из города в Москву. Однако вместе с ним в Москву поехала делегация, включающая священников, мирян, солдат и казаков, с намерением протестовать там против действий местных властей. В Москве делегация получила благоприятный ответ и от мирских, и от духовых властей. Но большевицкий переворот и гражданская война сделали возвращение епископа Иоанна в Приазовье невозможным, и его назначили на место архиепископа Пензенского.
В Пензе, куда он прибыл весной 1918 года, верующие сразу же организовали охрану архипастыря и от мирских властей, и от церковных модернистов. Сформировали охрану и добровольцев. Местная ЧК немедленно провела обыск и допрос архиепископа, но оснований для ареста не нашли. Тогда агенты ЧК решили отметить празднование Пасхи в 1918 году убийством архиепископа Иоанна.
Вечером на Пасху в резиденции Владыки в Преображенском монастыре появились вооруженные до зубов два агента ЧК, бывшие офицер Рудаков и рабочий Дубовкин, и стали требовать, чтобы их пропустили к архиепископу. Охрана подняла тревогу, чтобы предупредить людей, и Дубовкин бежал, но Рудаков сломал дверь кельи и несколько раз выстрелил, к счастью, мимо. Архиепископу удалось разоружить его. Собравшиеся к этому времени люди чуть не убили преступника на месте, и от верной смерти его спасло только энергичное заступничество Владыки. И тут случилось чудо. Рудаков, который только что совершил покушение на жизнь архиерея, бросился к нему на шею с пасхальным приветствием: "Христос Воскресе!" Естественно, власти отрицали свое участие в этом деле, несмотря на то, что у Рудакова был письменный приказ убить. Несчастный был арестован и вскоре умер в тюрьме. Пасхальная неделя в Пензе и во всей обширной епархии превратилась в неслыханную демонстрацию любви и преданности верующих своему пастырю. Власти, оценив ситуацию, на время затаились, воздерживаясь от каких-либо явных шагов. Верующие, включая даже либеральные круги местной интеллигенции, еще теснее сплотилось вокруг архипастыря. Видный местный юрист, В.А. Бессонов, консультант архиепископа, возглавил верующих, стал иподиаконом владыки. Церковная жизнь во всей епархии оживилась и окрепла.