Когда в мая 1918 года чехословацкий полк, направляясь с Дона в Сибирь, проезжал через Пензу, большевики внезапно без всякой причины открыли артиллерийский огонь по Преображенскому монастырю. Место, где жил архиепископ, оказалось в центре огня. Позднее власти объяснили этот инцидент недоразумением, но местные жители расценили это как покушение на жизнь своего пастыря, и протестовали. 7 сентября 1918 года местная ЧК снова провела длительный обыск в келье и кабинете архиепископа. Хотя ничего подозрительного найдено не было, агенты ЧК увезли Владыку в тюрьму для очной ставки с одним из заключенных. Из-за этого архиепископ опоздал на всенощную службу Рождества Богородицы. Когда верующие узнали, что Владыку забрали туда, "откуда не возвращаются", и в тот день, когда проводились казни, пришедшие на службу решили, что архиепископа расстреляли вместе с другими осужденными. Когда Владыка поздно ночью вернулся в собор, то увидел, что вместо всенощной служат панихиду по нему.
Для следующей провокации власти использовали местного представителя "Живой Церкви" В. Путяту-Груэнштейна, который 14 сентября появился у Петро-Павловской церкви со своими людьми, когда архиепископ Иоанн проводил службу. Пришедшие попытались войти в церковь, но люди им не дали. Из-за беспорядков вокруг церкви ЧК арестовала архиепископа как оного из подозреваемых. Его продержали в тюрьме целый месяц, несмотря на его явную невиновность. Изо дня в день чекистов осаждали делегации верующих, требующих освобождения архиепископа. За него молились во всей епархии. Все это вынудило ЧК прекратить дело против Владыки. 14 октября в полночь заключенных начали одного за другим вызывать для оглашения и подписания приговора. Была суббота, день, в который обычно совершались казни. Вызванные выходили и не возвращались. Их сразу отдавали в руки палачей. В длинном списке приговоренных архиепископ Иоанн был самым последним. Это была изощренная пытка: он должен был пережить то, что переживают приговоренные к смерти. Примерно в час ночи ему, наконец, сообщили, что он свободен.
28 июля 1919 года архиепископа вызвали военные, его проверили и, объявив о пригодности к военной службе, дали назначение в тыловой полк. Отсрочку от службы удалось получить только благодаря заступничеству верующих. Когда в конце 1919 года белые стали с юга приближаться к Пензе, власти спешно арестовали самых видных представителей Церкви. 11 ноября агенты ЧК провели еще один обыск в келье архиепископа, на этот раз особенно тщательный. Хотя ничего не нашли, Владыку снова арестовали. ЧК объявила, что была раскрыта контрреволюционная организация, члены которой были немедленно казнены. Среди них был Бессонов, помощник Владыки. В ответ на категорический протест архиепископа его послали в Москву, где должны были проверить его дело. Оно разбиралось самим председателем отдела секретных операций ЧК печально знаменитым Лацисом (земляком архиепископа, погибшим впоследствии в так хорошо знакомых ему подвалах). На этот раз Владыка провел в тюрьме три месяца. Никаких обвинительных материалов на него собрать или сфабриковать не удалось, и 11 марта 1920 года его освободили.
23 февраля 1920 года архиепископ Иоанн был избрал Собором Латвийской Православной Церкви архиепископом Рижским и всей Латвии. Латвия, бывшая до революции частью Российской Империи, жестоко пострадала от последствий Первой Мировой войны и разорения в России. Уже в 1919 году (14 января) архиепископ Платон Ревельский погиб мученической смертью от рук большевиков в соседней Эстонии. Хотя угроза коммунизма примерно на два десятка лет отступила от стран Прибалтики, на Православную веру правительство во вновь получившей независимость Латвии смотрело как на нечто, отжившее свое время и уже ненужное. Соборная церковь в Риге, которая при немецкой оккупации была превращена в лютеранскую кирху и которая потом была дважды повреждена в военных действиях, была возвращена православным, но, поскольку это было напоминанием о русском правлении, стояла опечатанная. Резиденция епископа и Свято-Алексеевский монастырь были отданы католикам, а другое церковное имущество конфисковано правительством для мирских нужд. Православные христиане не только в Риге, но во всех городах и местечках Латвии оказались в ужасных условиях - без пастыря, совершенно бесправные, гонимые. Предпринимались систематические попытки искоренить Православную веру. В этих условиях православные латыши не могли сделать ничего лучше, чем выбрать своим архипастырем архиепископа Иоанна, который был не только самым видным деятелем Православной Церкви латышского происхождения в то время, но и человеком большого мужества и решительных действий.