Ситуация в Латвийской Православной Церкви в первые годы после Первой Мировой войны и гражданской войны в России была, конечно, трудной, но несравнимо труднее было положение православных верующих в России. Архиепископ Иоанн успешно боролся против своих местных врагов - латвийских коммунистов, но не забывал и про своих главных врагов, врагов всего русского народа - большевиков.
И поэтому против архиепископа Иоанна была начата целая кампания лжи и клеветы. Кампания систематическая, хорошо спланированная; когда разоблачали одну ложь, немедленно изобреталась другая. Были даже привлечены истеричные женщины, которые свидетельствовали в суде о своих тайных "свиданиях" с архиепископом, но их ложь всегда разоблачалась. Увы! Мы, православные христиане в Латвии, должны стыдиться того, что недостаточно защищали нашего Владыку. Немного было тех, кто боролся с кампанией лжи и клеветы. И, с другой стороны, практически не было русских семей в Латвии, которым Владыка не приходил бы на помощь тем или иным способом. Он помогал также и многим не православным людям. Воистину, он был отцом своей паствы.
В последние годы архиепископ Иоанн много страдал от так называемого "русского христианского движения". Он сам очень любил детей и молодежь, был рад видеть представителей молодежи, и нередко его навещали группы молодых людей и даже целые классы (в Риге в то время было больше десятка русских начальных школ и несколько гимназий). Сперва Владыка с большой симпатией относился ко вновь сформированному движению, но со временем, когда прояснилась суть этой организации, он перестал иметь с ней дело. Его репутации среди "либеральных" религиозных групп не помогли его дружеские отношения с Синодом русских епископов за границей, входить в состав которого он не мог по политическим причинам. В 1931 году, в десятую годовщину трудов архиепископа Иоанна в Риге, митрополит Антоний, первоиерарх Русской Зарубежной Церкви, назвал его "мужественным защитником Православия".
Политические враги архиепископа Иоанна не постеснялись даже послать хулиганов напасть на него однажды, когда он возвращался вечером в свою летнюю загородную резиденцию. Как обычно, он шел домой несколько километров от конечной остановки трамвая. Предполагалось, что наемники его безжалостно изобьют, но вместо того, недооценив физическую силу своей жертвы, они сами получили от него трепку. Схватив обоих, архиепископ стукнул их лбами друг о дружку так, что у тех искры из глаз посыпались. А потом повел их к себе домой, сердечно поговорил с ними, и это так на них повлияло, что они во всем покаялись и стали его друзьями.
В жизни архиепископа Иоанна были некоторые обстоятельства, которые до поры до времени казались загадочными. Клеветники долго его упрекали за то, что он жил один, без келейника. "Он боится свидетелей", - говорили они, повторяя клевету, которую про архиепископа распространяли. Но когда его прямо спросили об этом, Владыка ответил, что ему лучше жить одному: к нему приходят разные люди, и он никого не хочет подвергать опасности. Значение этих слов стало ясно только после его мученической смерти.
И действительно, люди к нему приходили самые разные - и известные зарубежные прелаты, и простые бедные люди, и какие-то оборванные подозрительные личности. У него до конца были какие-то тайные связи с Россией, и он получал оттуда информацию по собственным каналам. Как бы жестко не пытался коммунистический режим отгородить Россию от всего мира, все равно люди ездили туда и обратно, и архиепископ Иоанн был как какой-то пропускной пункт. Но он умел хранить молчание, и едва ли кто-нибудь подробно знал об этой стороне его жизни.
Другой стороной его жизни была вдохновенная, беспрестанная и совершенно открытая борьба против атеистического режима в России. Неважно, где он говорил (как член сейма, перед русскими организациями или, чаще всего, с церковного амвона), повсюду его мощный и смелый голос звучал бесстрашно, убедительно и громко, как набат. Он был вдохновенным проповедником; когда говорил о большевиках, то говорил просто, коротко, не тратя много слов. Многие упрекали его и за это, как вообще за политическую деятельность. В самом деле, это стандартное советское обвинение новомучеников в том, что исповедование истины - это "политическая активность". Я думаю, что он предпочел бы уединенную жизнь в какой-нибудь тихой монастырской келье за духовными трудами, но времена были такие. Все, кто когда-нибудь видели архиепископа в саду его летнего домика, рядом с ульями или мастерящим скамейку, знали, что он любил такие занятия. Пример смелого выражения архиепископом Иоанном истины хорошо виден в его проповеди в Рижском соборе в Великую Пятницу 10 апреля 1931 года. Он не мог отделять Голгофу Спасителя нашего Христа от голгофы современной Православной Церкви. Стоя перед плащаницей Христа, паства иерарха не "бежит от реальности", а внимает, как понимать ужасную реальность этих дней и как побеждать (Отрывки. Полный русский текст в "Православной Руси", 1953 г., № 5).