На своем посту Владыка продержался недолго. Он был арестован уже в мае 1929 года и, следовательно, просидел в тюрьме до своего мученического венца целых два года.
Вел себя тайный епископ так осторожно и, арестованный по доносу, отвечал на допросах так мудро, что следственные власти ГПУ не могли ему инкриминировать ничего, кроме самого факта тайного монашества при одновременной работе главным врачом Таганской тюрьмы и ограничились наказанием: "3 года Соловецкого лагеря" (по статье 58, пункт 10, то есть за контрреволюционную пропаганду).
В конце октября 1929 года, в 4-е отделение СЛОН (Соловецкий лагерь особого назначения, на острове Соловки на Белом море), с одним из этапов новых заключенных, прибыл новый врач.
Комендант лагеря привел его в 10-ю роту, где помещались работники санитарной части, ввел в камеру врачей и представил: "Вот вам новый врач, профессор, доктор медицины, Михаил Александрович Жижиленко". Мы, заключенные врачи санитарной части лагеря, подошли к новому товарищу по заключению и представились. Новоприбывший коллега был высокого роста, богатырского телосложения, с густой седой бородой, седыми усами и бровями, сурово нависшими над добрыми голубыми глазами".
Еще за неделю до прибытия доктора Жижиленко нам сообщили наши друзья из канцелярии санитарной части, что новоприбывший врач человек не простой, а заключенный с особым "секретным" на него пакетом, находящийся на особом положении, под особым надзором и, что, может быть, он даже не будет допущен к работе врача, а будет переведен в особую, 14-ю роту т. н. "запретников", которым запрещается работать по своей специальности, и которые весь срок заключения должны провести на так называемых "общих" тяжелых физических работах. Причиной такого "особого" положения доктора Жижиленко было следующее обстоятельство: он, будучи главным врачом Таганской тюрьмы, в Москве, одновременно был тайным епископом, нося монашеское имя епископа Серпуховского.
После обмена мнений по общим вопросам, мы, все трое врачей, сказали новоприбывшему, что нам известно его прошлое, причина его ареста и заключения в Соловки, и подошли к нему под благословение. Лицо врача-епископа стало сосредоточенным, седые брови еще более насупились, и он медленно и торжественно благословил нас. Голубые же глаза его стали еще добрее, ласковее и засветились радостным светом.
Целая неделя прошла для всех нас в томительном ожидании, пока, наконец, положение нового врача не выяснилось. В роту "запретников" его не перевели. Начальник всего санитарного отдела Соловецких лагерей доктор В.И. Яхонтов (бывший заключенный, после отбытия срока оставшийся служить врачом ГПУ), хотел доктора Жижиленко, как опытного врача, назначить начальником санитарной части 4-го отделения (то есть на весь остров Соловки), но этому воспротивился начальник ИСО (Информационного следственного отдела), самого страшного отдела в лагерях, от которого целиком зависела судьба и жизнь всех заключенных. Должность главного врача центрального лазарета также была доктору Жижиленко запрещена. И вот опытный старый врач был назначен заведующим одним из тифозных бараков и подчинен более младшим врачам, имевшим административную власть. Однако вскоре обнаружились исключительные дарования и опыт доктора Жижиленко как лечащего врача, и его стали вызывать на консультации во всех сложных случаях. Даже большие начальники лагеря, крупные коммунисты-чекисты, стали обращаться к нему за медицинской помощью для себя и своих семей. Почти все врачи, как молодые, так и старые, стали учиться у нового коллеги, пользуясь его советами и изучая его истории болезней.
С конца 1929 года в Соловках началась эпидемия сыпного тифа, быстро принявшая грандиозные размеры: из 18000 заключенных острова, к концу января 1930 года, было до 5000 больных. Смертность была чрезвычайно высокая, до 20-30 %. И только в отделении, которым заведовал доктор Жижиленко, смертность не превышала 8-10 %.
Каждого вновь поступающего больного врач-епископ исследовал очень подробно, и первая запись в истории болезни всегда бывала огромной. Кроме основного диагноза главного заболевания, доктор Жижиленко всегда писал диагнозы всех сопутствующих заболеваний и давал подробное заключение о состоянии всех органов. Его диагнозы всегда были точны и безошибочны, что подтверждалось на вскрытии трупов умерших: никогда никаких расхождений его клинических диагнозов с диагнозами патологоанатомическими не наблюдалось.