После смерти митрополитов Петра и Кирилла (оба умерли в ссылках, первый - в 1937, а второй - еще в 1929 году), духовным и административным главой катакомбной Церкви, уже создавшей к этому времени подобие некоторой организованности, стаа митрополит Иосиф (хотя и находившийся в ссылке).
В конце 1937 года, именно за возглавление и за руководство тайной катакомбной Церковью, митрополит Иосиф был расстрелян.
После его смерти катакомбная Церковь стала еще более строго хранить свои тайны, особенно имена и местопребывание своих духовных вождей.
"Не бо врагом Твоим тайну повеем", - вот с каким эпиграфом стали получать изредка краткие сведения о жизни этой тайной Церкви" (И.М. Андреев, Краткий обзор истории Русской Церкви от революции до наших дней, Джорданвилль, 1951, с. 70-72).
Существует масса материалов, документирующих этот ранний период истории катакомбной Церкви в виде посланий епископов и других отделившихся от митрополита Сергия и также в воспоминаниях и других описаниях отдельных членов катакомбной Церкви, бежавших из Советского Союза во время Второй Мировой войны. Многие из этих документов вошли в трехтомник "Новые Мученики Российские", составленный протопресвитером Михаилом Польским (Джорданвилль, 1949 и 1957 гг., третий том до сих пор не издан).
Самые важные из этих и большое число из других источников представлены во II и III частях этой книги.
Накануне Второй Мировой войны гонения на верующих в Советском Союзе достигли жесточайшей крайности и даже "сергианская" церковная организация дошла почти до полного уничтожения, а катакомбная Церковь совершенно исчезла из вида. Только немногие из самых видных сотрудников с советами уцелели, избежав заключения и изгнания, по поводу чего тридцать лет спустя Борис Талантов сказал, что "митрополит Сергий своим приспособленчеством и ложью никого и ничего не спас, кроме собственной персоны".
Когда Сталин, чтобы воспользоваться патриотическими и религиозными чувствами русского народа в войне против немцев, открыл какое-то количество закрытых церквей и допустил выборы Патриарха в 1943 году, начался новый период в отношениях государства и Церкви, тогда Московская Патриархия стала фактически "государственной Церковью" советского правительства, распространяя коммунистическую пропаганду по всему миру под именем религии и категорически отрицая наличие любого вида притеснений за веру в Советском Союзе. Само существование Катакомбной Православной Церкви, противостоящей этой политике, могло бы иметь поражающий эффект этой политики, в особенности, если бы это стало широко известно заграницей. Все группы катакомбных православных безжалостно истреблялись советскими властями при первом же их выявлении, а члены их приговаривались к долгим срокам заключения. Почти вся скудная информация, имеющаяся об этом периоде в истории катакомбной Церкви в России, исходит из советской прессы, но почти ничего не известно до сих пор об организации и управлении катакомбной Церкви за эти годы.
В 1959 году, при Хрущеве, в СССР предпринято было новое свирепое гонение на веру, обозначившее начало нового периода церковной истории в России, периода, в который сергианская церковная организация сама используется для ликвидации Православия в России, в то же время продолжая за рубежом свою коммунистическую пропаганду и совершенно уже неправдоподобные утверждения об отсутствии гонений на религию в СССР. Большинство сохранившихся до этого времени сергианских церквей, монастырей и семинарий закрываются в эти годы, а особенно жестоко преследуются "незарегистрированные" церковные органы, такие как православная катакомбная Церковь, известная советским властям как "иосифляне", "тихоновцы" и "Истинно-Православная Церковь". Гонение было особенно жестоким в 1959-1964 годах; после падения Хрущева оно ослабело, но, тем не менее, продолжилось, особенно против "незарегистрированных" организаций.
В этот период церковной жизни в России повеяло новым духом решимости и мужества, укрепляемым большими возможностями для общения между СССР и свободным миром. Он принес то, что, начиная с нескольких отдельных протестов в начале шестидесятых годов, стало целой волной возмущения и протеста со стороны верующих в России, направленных против религиозных гонений советского правительства и трусливых оправданий защитников советской власти в официальной церковной организации. "Открытое письмо Патриарху Алексию" московских священников в 1965 году, статьи о "сергианстве" Бориса Талантова в 1968 году, праведное возмущение церковной политикой Московской Патриархии со стороны православных христиан столь различных, как архиепископ Гермоген и Александр Солженицын, а в самое последнее время отчаянные вопли совести отца Дмитрия Дудко и новая церковная история Льва Регельсона (первого давшего сочувствующее описание "иосифлян" из рядов Московской Патриархии) - привели к подлинному "кризису сергианства" в России. Кажется, главная причина, предотвращающая новое дробление в Московской Патриархии на уровне движения "иосифлян" в 1927 году, является, по-видимому, страх перед призраком "раскола" и "сектантства", соединенный с распространенным неведением о действительном состоянии и мировоззрении современной катакомбной Церкви.