В 1885 г. Крыжановский, окончив юридический факультет Санкт-Петербургского университета со степенью кандидата, начал службу по ведомству Министерства юстиции. Назначался кандидатом на судебные должности при Петербургском окружном суде и служил на различных должностях следователем в Санкт-Петербурге. С 1891 г. по 1896 г. последовательно занимал должности (в среднем по два года) товарища прокурора Великолукского, Рижского и Петербургского окружных судов. В 1896 г. Крыжановский перешел на службу в Министерство внутренних дел, возглавив земское отделение хозяйственного департамента министерства – в этом качестве курировал деятельность органов местного самоуправления, занимался вопросами развития местного хозяйства. С 1899 г. чиновник для особых поручений при министре внутренних дел с правами вице-директора хозяйственного департамента, а в 1901 г. получил пост вице-директора департамента. В 1903 г. Крыжановский назначен помощником начальника Главного управления по делам местного хозяйства Министерства внутренних дел – новой структуры, проект которой был им разработан по поручению В. К. Плеве (в этой должности, с перерывом на один месяц в 1905 г., он оставался до апреля 1906 г.). Крыжановский предлагал также создать при Главном управлении совет по делам местного хозяйства с участием представителей земств и городского самоуправления, но тогда этот проект не был осуществлен.
В ноябре 1904 г. по поручению князя П. Д. Святополк-Мирского, сменившего на посту главы Министерства внутренних дел погибшего В. К. Плеве, Крыжановский готовил проект Всеподданнейшего доклада министра с программой либеральных реформ – в духе объявленного Святополк-Мирским нового курса на «доверие» между властью и общественностью. Министр предложил Крыжановскому, который уже зарекомендовал себя не только высококвалифицированным юристом и администратором, но и сторонником умеренного обновления государственного строя, выразить в докладе «приемлемый для правительства максимум пожеланий, высказывавшихся в обществе в смысле освобождения личности от государственной опеки и расширения участия населения в делах управления». Как вспоминал Сергей Ефимович, Святополк-Мирский говорил «о необходимости пойти навстречу пожеланиям умеренной части оппозиции и сделать уступки, которые совместимы с сохранением существующего государственного строя и способны были бы оторвать либеральные элементы общества от революционных. На первом плане он ставил меры к укреплению законности, как отвечавшие с внешней стороны требованиям об установлении правового строя…» При этом, как инструктировал министр, программу преобразований следовало облечь в такую языковую форму, которая не раздражала бы Николая II: «…он неоднократно упоминал о необходимости избегать всего, что могло бы подать повод к неправильному истолкованию его намерений, и избегать слов, которых не любил государь. К числу последних он относил и ходячий термин «интеллигенция», который, по его словам, государь не любил еще по преемству от императора Александра III и который поэтому следовало заменять каким-либо другим выражением. Приказано было также не касаться без крайности сословного строя, и в особенности дворянства и земских начальников». «Поручение было трудное, но интересное, – вспоминал не без гордости Крыжановский. – Я был молод и наивен, а потому принялся за дело с особым увлечением. Весь вечер пробродил я по набережной Невы, размышляя, с какого конца приступить к делу, чувствуя себя едва ли не новым Сперанским». (Крыжановский С. Е. Воспоминания: из бумаг С. Е. Крыжановского, последнего государственного секретаря Российской империи. Берлин, [1938]. С. 16–19). Подготовленный Крыжановским доклад стал основой Указа Николая II от 12 декабря 1904 г. «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка». Святополк-Мирским было одобрено предложение Крыжановского о включении в состав Государственного совета выборных представителей губернских земских собраний и городских дум, что предполагало введение элементов законосовещательного представительства. Однако этот принципиально значимый пункт был вычеркнут царем при подписании указа.
С марта 1905 г. Крыжановский – один из главных разработчиков законопроектов, предусматривавших создание законосовещательного представительства. Учреждение Государственной думы и Положение о выборах были утверждены царем 6 августа 1905 г., получив неофициальное наименование «Булыгинская дума» (в честь министра внутренних дел А. Г. Булыгина, назначенного вместо Святополк-Мирского). После издания Манифеста 17 октября 1905 г., с учетом содержащихся в нем обещаний, Крыжановский подготовил измененный вариант избирательного закона, предусматривающий, в частности, расширение избирательных прав и создание рабочей курии (дополнительно к трем ранее намеченным: для частных землевладельцев, городских собственников и крестьян). Крыжановский разработал также утвержденные 20 февраля 1906 г. новые законы об учреждении Государственной думы и Государственного совета, который преобразовывался в верхнюю палату (состоящую наполовину из выборных представителей различных элитных групп).