Пастараўся Ягайла ўмацаваць і свае пазіцыі ў Польшчы. Ён утварыў пагадненне са сваім нядаўнім сапернікам у барацьбе за карону — Зямовітам Мазавецкім, за якога ў 1388 годзе выдаў сваю малодшую сястру Аляксандру. Зямовіт таксама атрымаў Белзскае княства на Валыні, якім некалі валодаў Юрый Нарымонтавіч. Замірыўся кароль і з адным з буйнейшых правадыроў прагерманскай партыі — князем Уладзіславам Апольскім. З яго дачкой ажаніўся малодшы брат Ягайлы Віганд, які атрымаў таксама гарады Улацлавек, Быдгашч і Добжын з куяўскіх уладанняў свайго цесця. Праўда, Віганд Альгердавіч хутка памёр у 1392 годзе, не дажыўшы і да 30 гадоў (з ім даследчыкі часта блытаюць Вітаўта, які ў каталіцтве таксама меў першае хрысціянскае імя Віганд).
Выконваючы ўзятыя абавязкі, кароль распачаў хрышчэнне Літвы ў каталіцтва. Асноўнымі праваднікамі гэтай "праграмы" сталі Скіргайла і Вітаўт, які зноў перахрысціўся ў рымскую веру пад імем Аляксандр, якое меў і ў праваслаўі. За справу ўзяліся даволі крута. У прывілеі Ягайлы ад 22 лютага 1387 года, выдадзеным на лацінскай мове, абвяшчалася: "Мы запэўніваем, даўшы свяшчэнныя клятвы, што ўсе народы, якія насяляюць Літоўскае княства, абодвух полаў, любога саслоўя ці годнасці, будуць прыведзены да каталіцкай веры і паслушэнства святой рымскай царкве. Яны будуць прыцягнуты туды, прызваны і сагнаны, у якой бы веры ні знаходзіліся". Адначасова ўсім католікам даваліся правы ў адносінах да зямельнай маёмасці, якія ўжо мела польская шляхта: магчымасць свабодна перадаваць у спадчыну, дараваць і прадаваць свае маёнткі, воласці, сёлы і хаты, а таксама самастойна выдаваць замуж дачок-наследніц (але толькі за католікаў).
Канешне, намер "сагнаць" у каталіцтва ўсё праваслаўнае насельніцтва дзяржавы з'яўляўся хімерай. Няма ніякіх звестак, каб ён сапраўды ў той час выконваўся больш-менш настойліва. Гэты пункт быў уключаны ў прывілей, каб улагодзіць рымскага папу. Але ў адносінах да неахрышчанага раней літоўскага насельніцтва акаталічванне актыўна праводзілася ў жыццё. Згаслі свяшчэнныя агні ў старажытных капішчах, замест іх будаваліся першыя касцёлы. Апрача існаваўшых з часоў Гедыміна каталіцкіх храмаў у Вільне, на тэрыторыі Віленскага княства Ягайла заснаваў новыя: у Вількаміры, Кернаве, Немянчыне, Быстрыцы, Медніках і Крэве, тады ж з'явіўся касцёл і ў Мерачы, на тэрыторыі Троцкага княства. Яшчэ два касцёлы ўзніклі ў велікакняжацкіх дварах у рускіх землях: у Гайне (на паўночна-заходнім ускрайку Лагойскага княства) і ў падараваных каралеве Ядвізе Абольцах. Іх заснаванне можна растлумачыць тым, што ў гэтыя воласці перасялілі шмат літоўцаў з іншых велікакняжацкіх уладанняў. Зараз усе яны станавіліся католікамі, і для іх патрабаваліся храмы.
Трэба дадаць, што хрышчэнне літоўцаў з'яўлялася ў значнай ступені вонкавым. Нядаўнія паганцы не маглі імгненна ператварыцца ў сапраўдных хрысціян — гэты працэс расцягнуўся не на адно стагоддзе.
Каталіцкая царква ў Літве адразу зрабілася буйным землеўладальнікам. Да віленскага капітула (рады святароў кафедральнага касцёла Святога Станіслава) былі прыпісаны некалькі валасцей: Таўрагіне, Маляты і Лабанары на поўначы ўласна літоўскай тэрыторыі, а таксама некалькі асобных сёлаў у розных месцах. Пазней, у 1391 годзе, віленскі капітул атрымаў даволі буйную воласць з замкам Стрэшын на Дняпры, крыху вышэй вусця Бярэзіны.
У Вільне заснавалі біскупскую кафедру. Першым біскупам стаў у 1388 годзе былы біскуп-суфраген (намеснік біскупа) горада Гнезна Андрэй Васіла — польскі шляхціц з роду Ястрэбцаў.
Гэтыя крутыя перамены не маглі спадабацца ўсім: нечыя справы ішлі ўгору, а нечыя і рэзка пагаршаліся. Натуральным выглядала незадавальненне найбольш кансерватыўнай часткі літоўскага баярства і жрацоў, якія не жадалі развітвацца з верай продкаў. Незадаволенымі былі і вялізныя масы праваслаўных, якім афіцыйна абвясцілі намер (хай сабе і фіктыўны) перахрысціць іх у католікаў. Нават асноўная маса літоўскай знаці, якую хрышчэнне прываблівала набыццём прывілеяў па польскім узоры, адначасова не магла цалкам згадзіцца з тым, што паводле ўмоў уніі на першыя ролі ў Літве адразу пачалі высоўвацца новыя польскія прыбліжаныя Ягайлы, як адбылося, напрыклад, з Віленскім староствам.
Выразнікам думак гэтай апошняй праслойкі выступіў Вітаўт. Яго подпіс стаіць пад дакументам аб Крэўскай уніі, ён актыўна ўдзельнічаў у хрышчэнні Літвы, але тым не менш правадыром незадаволеных стаў менавіта ён. Для таго меліся і асабістыя прычыны: успаміны пра зло, якое прычыніў яго сям'і Ягайла, і магутнае славалюбства, імкненне да першых роляў. Пасля прымірэння з Ягайлам ён валодаў толькі часткай бацькоўскіх земляў: Гораднам, Ваўкавыскам, Камянцом і гарадамі Падляшша. У 1388 годзе атрымаў ад караля таксама і Луцк, які такім чынам з намесніцтва зноў ператварыўся ў княства. Усё гэта рабіла Вітаўта адным з наймагутнейшых удзельных князёў, але ў Троках з тытулам вялікага князя сядзеў Скіргайла, а ў Вільне — намеснік Ягайлы Яцка Алясніцкі.