Последнюю часть биографии Аполлония Тианского составляют гонения против него и его смерть. Несмотря на благотворную деятельность мудреца, у него было много врагов — отчасти между жрецами, отчасти между философами. В Афинах жрец не хотел посвящать его в мистерии; египетские жрецы встретили его недружелюбно, а философ Евфрат был его заклятым врагом. Но особенным преследованиям подвергался Аполлоний со стороны современных ему тиранов — Нерона и потом Домициана. Во времена Нерона он добровольно отправился в Рим, хотя там преследовали философов. Опасность была так велика, что из 34 учеников Аполлония только 8 решились отправиться с ним и умереть за философию. В Риме философ действительно подвергся гонению. Отозвавшись неуважительно о Нероне, Аполлоний был приведен на суд в преторию, но префект, пораженный чудесным знамением, а еще более мужеством философа, отпустил его на волю, не причинивши никакого вреда. Это было, однако, только начало преследований. Настоящие страдания Аполлоний претерпел позже, при Домициане. Он странствовал в это время по греческим областям и оттуда возбуждал сенаторов против тирана. Узнав о казни Домицианом трех весталок, Аполлоний воскликнул: «Можешь ли даже ты, о солнце, быть очищенным от столь несправедливых убийств, какими осквернена сегодня земля?» Евфрат донес на своего противника, и философа вызвали на суд императора. Аполлоний не пожелал не только скрываться или спасаться бегством, но даже ждать ареста и добровольно отправился в Италию в сопровождении своего ученика Дамиса. Предварительно он остановился в Поццуоли у своего друга, философа Димитрия, который попытался уговорить его не ехать в Рим. Эти беседы Аполлония с друзьями перед страданием чрезвычайно характерны. Убеждая мудреца не подвергать себя неминуемой смерти, Димитрий говорил ему: «Стрекозы могут петь свободно, а нам не позволяют открыть рта, потому что любить мудрость — преступление... Судьи скажут себе: этот человек виновен в том, что он мудр и справедлив, что он изучил дела божеские и человеческие... Тебя будут обвинять в заговоре в пользу Нервы и его друзей, в том, что ты принес в жертву ребенка, чтобы прочитать будущее в его внутренностях, будут упрекать тебя за твой костюм и за твою пищу, скажут, что есть люди, которые поклоняются тебе как богу... Зачем же подвергать себя смерти за мнимые преступления и по фальшивым обвинениям?» Дамис также не понимает намерений своего учителя. «Должно умереть за философию, как умирают за алтари богов и за стены родного города, — говорит он, — но зачем умирать, чтобы уничтожить философию?» Но Аполлоний убедительно доказывает своим друзьям необходимость предстоящего подвига, потому что этого требуют совесть и любовь к тем добродетельным людям, которых тиран преследует. «Свойство мудреца, — говорит он, — умирать за свою совесть; пусть уничтожают то, к чему он привязан; напрасно будут грозить ему мечом и огнем, — ничто не восторжествует над его твердостью, ничто не вырвет у него ни малейшей лжи. Что касается меня, я не подвергаюсь никакой опасности: тирану не дано меня убить даже в том случае, если б я пожелал умереть от его рук. Но я не могу изменить своим друзьям... и должен бороться за них. Я пил из чаши Тантала, а всякий, кто прикасается к ней губами, должен разделять опасности друзей». Речь Аполлония убедила его слушателей, и Дамис желает во что бы то ни стало следовать за своим учителем, хотя тот и предлагал ему остаться у Димитрия.