Префект претория Элиан, тайный друг Аполлония, всячески старается облегчить его положение. Он сообщает философу, в чем его обвиняют, советует ему говорить с императором помягче, хотя Домициан очень желает его погубить. Тем не менее он должен отправить мудреца в тюрьму и только приказывает тюремщикам поместить его с арестантами, которые свободны от цепей. В тюрьме Аполлоний утешает заключенных, так как они, по его словам, «особенно нуждаются в слове ободрения». На пути из тюрьмы в суд все встречают его с благоговейным почтением, так как все знают, что он жертвует собою для других. Перед императором он держит себя очень свободно и смело хвалит Нерву и его друзей за их добродетели. Но Домициан не позволил ему говорить и оправдываться и подверг его целому ряду насилий: мудреца заковали в цепи, остригли ему волосы и бороду и в то же время насмехались над ним, советуя ему избавиться от оскорблений каким-нибудь чудом. «Я останусь и перенесу все, что тебе угодно, чтобы оправдать невинных», — сказал Аполлоний. «А кто оправдает тебя самого?» — спросил его мучитель. «Время, божественное вдохновение и любовь к мудрости, которая меня одушевляет», — ответил мудрец. Затем Аполлония вернули в тюрьму, и здесь он дал своему ученику Дамису новое доказательство своей божественности: он свободно вынул ногу из цепей и снова вложил ее туда; тогда ученик окончательно уверовал в сверхъестественную природу своего учителя. Дамиса освободили на волю, и Аполлоний приказал ему вернуться к Димитрию. «Ты скоро увидишь меня живым или в ином виде, — сказал он на прощанье, — всегда живым по-моему, а по-твоему возвращенным к жизни». Затем Домициан подверг философа вторичному допросу и, не найдя за ним вины, осудил его тем не менее на заключение в тюрьму. «Пошли взять меня», — сказал мудрец и исчез из трибунала, обнаружив таким образом свою природу и доказав этим, что подвергался мучениям добровольно, а не по внешней необходимости. Аполлоний исчез из Рима около полудня и к вечеру был в Поццуоли, хотя расстояние между обоими городами требовало трехдневного пути. Между тем Димитрий и Дамис потеряли надежду увидать когда-нибудь смелого философа. В глубокой грусти сидели они в святилище нимф, размышляя об участи Аполлония. «Увидим ли мы когда-нибудь нашего добродетельного друга?» — сказал Дамис, и в это время явился Аполлоний. «Ты живое существо или тень Аполлония?» — спросил Димитрий. Тогда мудрец протянул руку и сказал: «Пожми ее; если я исчезну, то скажите, что я тень из царства Прозерпины; если же до меня можно дотрагиваться, то убеди Дамиса, что я жив и еще не покинул тела». «Во всех твоих действиях и словах присутствует божество», — заявляет Димитрий.
На следующий день Аполлоний отправился в Грецию, где он спросил оракула, какая наилучшая и наиболее чистая философия, и бог назвал учение Пифагора. Между тем проповедь продолжалась по-прежнему. Вся Греция сходилась слушать мудреца, которого считали умершим, и его ученики получили название аполлониан. Два года провел здесь Аполлоний, стараясь не сталкиваться с властями: «Я не желаю, — говорил он, — чтобы волки бросались на мое стадо». Затем мудрец переправился в Эфес, где и умер, «если только он мертв», — замечает Филострат. Обстоятельства, при которых Аполлоний оставил землю, в точности неизвестны и автору его биографии. У Филострата приведены две различные версии: по одной он умер в Эфесе и, послав перед смертью Дамиса в Рим с письмом к Нерве, дал ему такое последнее наставление: «Когда ты пойдешь философствовать, отрекись от себя и непрерывно на мне сосредоточивай свою мысль». Другая версия еще характернее. Жрецы арестовали Аполлония в храме на острове Родос и заковали его в цепи. Но мудрец вдруг исчез; двери храма открылись сами собою и послышались голоса молодых девушек, которые пели: «Оставь землю, иди на небо». Позже Аполлоний явился одному неверующему юноше и убедил его в бессмертии души.
Таково произведение Филострата. Чтобы выяснить его историческое значение, необходимо предварительно решить два существенных вопроса: какие цели оно преследовало, и в каком отношении стоит оно к Новому Завету? В исторической литературе существует целая масса разнообразных взглядов на главную задачу автора. Никто не сомневается, что «