Принимая, однако, во внимание, что крепость Порт-Артур, «осаждённая с моря и с суши превосходящими силами противника, выдержала под руководством генерал-лейтенанта Стесселя небывалую по упорству в летописях военной истории оборону и удивила весь мир доблестью своих защитников; что несколько штурмов были отбиты с громадными для противника потерями; что в течение всей осады генерал Стессель поддерживал геройский дух защитников крепости, а также имея в виду его прежнюю боевую службу и участие в трёх кампаниях» [15. Т. XVIII. С. 642], верховный военно-уголовный суд всеподданнейше ходатайствовал перед царём о смягчении Стесселю определённого ему наказания заточением в крепости на 10 лет, с исключением его из службы и с лишением чинов.
Генерал-лейтенантов Смирнова и Рейса суд оправдал.
4 марта 1908 г. приговор суда был конфирмован Николаем II, причём определённое судом наказание Стесселю было всемилостивейше смягчено в пределах ходатайства суда, а всеподданнейшее прошение Стесселя о дальнейшем смягчении его участи удовлетворено не было.
5 марта 1908 г. вместе с опубликованием в приказе по Военному ведомству Высочайшей конфирмации суда был опубликован и Высочайший приказ армии и флоту с высокомилостивой оценкой службы порт-артурского гарнизона. «Верховный суд, — говорилось в этом приказе, — карая виновника сдачи, вместе с тем в полном величии правды восстановил незабвенные подвиги храброго гарнизона» [15. Т. XVIII. С. 642].
7 марта Стессель был заключён в Петропавловскую крепость, из которой «по Монашескому милосердию» был освобождён через год. 2 апреля 1908 г. Высочайшим приказом по Военному ведомству были уволены со службы по домашним обстоятельствам, с пенсией, но без права ношения мундира, генералы Смирнов, Фок и Рейс.
Аналогично прошло дело участников Цусимского боя. Военно-морским судом адмирал Рожественский был оправдан, поскольку в морском сражении получил тяжёлое ранение, и в 1906 г. был уволен в отставку с правом ношения адмиральского мундира и пенсией. Тот же суд 11 декабря 1906 г. признал виновными в преступной сдаче кораблей неприятелю и приговорил к смертной казни через расстреляние командира отряда контр-адмирала Н.И. Небогатова и трёх командиров кораблей бывших капитанов 1 ранга В.В. Смирнова с «Императора Николая I», С.П. Смирнова с «Адмирала Сенявина» и Н.Г. Лишина с «Генерал-адмирала Апраксина». Командир броненосца «Орёл» капитан 2 ранга Шведе был оправдан. Всем приговорённым к смерти царь заменил расстрел десятью годами заключения в крепости. Понятно, что просидели в тюрьме они по несколько месяцев и тоже вышли на свободу.
Оба процесса представляют собой шоу, проведённые на высоком профессиональном уровне. Процессы были открытыми, опрашивались сотни свидетелей, стенограммы судебных заседаний публиковались в прессе. Процессы были умышленно затянуты, и к моменту вынесения приговоров острота политического момента давно прошла. Фактически между царём и обвиняемыми была заключена сделка: в обмен на лёгкое наказание (до года тюрьмы) те помалкивали о деяниях великих князей Алексея Александровича и Сергея Михайловича, о Балетте и Кшесинской и других, включая, разумеется, и самого царя.
Главным нетитулованным виновником поражения в войне (после Николая II, великих князей Алексея Александровича и Сергея Михайловича) был Куропаткин. Он не только являлся главнокомандующим Маньчжурской армией в 1904–1905 гг., но и военным министром в течение всего предвоенного периода 1898–1904 гг. Но ему по Высочайшей воле удалось уйти от суда. Мало того, Николай II назначил его в Государственный совет. В совете Куропаткин появлялся крайне редко, а большую часть времени проводил в своём имении в Холмском уезде Псковской губернии. Там Куропаткин написал четырёхтомный труд «Отчёт генерал-адъютанта Куропаткина», где на двух тысячах страниц было доказано, что Куропаткин — непревзойдённый полководец, всё предвидевший заранее и т.д., а вот японцы воевали плохо и совсем не по правилам.