Важным событием стало строительство моста через Обь. Рядом с мостом возник посёлок, превратившийся потом в город Новосибирск. Средне-Сибирская железная дорога начиналась от восточного устоя моста и завершалась в Иркутске. Она была удалена от транспортных коммуникаций, при строительстве её не хватало рабочих, и поэтому часто применяли труд каторжников. Из Центральной России приходилось доставлять не только рабочих, но и оборудование и материалы.
Барьерными объектами были и другие крупные реки, через которые пришлось сооружать большие мосты, в том числе длиной 515 м через Томь и 950 м через Енисей.
Летом 1896 г. приступили к работе на участке от Иркутска до Байкала. В постоянную эксплуатацию эта часть Транссиба была принята в 1901 г. Из-за сложности рельефа, дальности подвоза и других причин перерасход средств при сооружении этого участка достиг 16 млн руб., и 1 км дороги обошёлся в 90 тыс. руб. По озеру от пристани Лиственничная была налажена паромная переправа до пристани Мысовая. Дальше дорога шла на Верхнеудинск.
Подвижной состав перевозился мощными паромами-ледоколами «Байкал» и «Ангара», которые регулярно курсировали на 73-километровой переправе. Такой смешанный способ транспортировки оказался впоследствии недостаточно эффективным, что особенно проявилось в период передислокации войск и военной техники на Дальний Восток. Это заставило ускорить рассмотрение вопроса об окончательных изысканиях и строительстве Кругобайкальской железной дороги.
Ещё в 1891 г. рассматривались два варианта обхода озера Байкал — северный и южный. Северный был более простым. Экспедиция О.П. Вяземского установила, что южный вариант, несмотря на его сложность, всё же предпочтительнее, так как местность здесь лучше обжита. Поэтому остановились на нём. Трасса проходила по скалистому берегу, огибая Байкал.
На Кругобайкальской железной дороге длиной в 260 км построили 39 тоннелей общей протяжённостью 7,3 км, 14 км подпорных стен, 47 предохранительных галерей, виадуки, волнорезы, многочисленные мосты и трубы. Эта дорога уникальна по концентрации разнообразных искусственных сооружений. Она представляет собой как бы наглядную энциклопедию инженерно-строительного искусства. Объём земляных работ при сооружении дороги составил свыше 70 тыс. м³ на 1 км. Не случайно эту линию сооружали шесть лет. Самоотверженный труд строителей позволил в 1905 г. (на год раньше срока) начать регулярное движение поездов. В то же время паромная переправа просуществовала ещё почти 20 лет. Для этого соорудили новую пристань Баранчук близ станции Байкал.
После Забайкальской дороги (Мысовая — Сретенск) вначале предполагалось строить Амурскую. В соответствии с этим в 1893–1894 гг. произвели изыскания от Сретенска до станицы Покровская на Амуре и далее до Хабаровска. Однако сложность условий, суровость климата, а главное, занятие Россией Порт-Артура заставили принять другое решение — вести железную дорогу к Порт-Артуру и Дальнему.
Утверждение России в Порт-Артуре шло параллельно с рядом дипломатических и коммерческих мероприятий русского правительства. В конце 1895 г. по инициативе министра финансов С.Ю. Витте был основан Русско-Китайский банк. Он был учреждён группой французских банков и Петербургским международным банком под покровительством русского правительства, которое обеспечивало своими представителями руководящее положение в правлении. Устав банка предусматривал самые разнообразные операции на Дальнем Востоке. Помимо обычных банковских функций, имелось в виду финансирование китайских властей, хранение налоговых поступлений, получение железнодорожных и иных концессий на всей территории Китая. Банк имел специальный фонд для подкупа китайских сановников.
В середине 90-х гг. между империалистическими державами началась жестокая борьба за право постройки железных дорог в Китае. Наиболее активно действовали финансовые группировки Англии, Франции и США. Каждую финансовую группу поддерживало своё правительство. Тут опять следует учитывать китайскую специфику. Концессии на строительство железной дороги в Китае предусматривали не только ассигнование средств, создание технического проекта железной дороги и получение дивиденда. В случае постройки дороги управляющий и технический персонал будет состоять в основном из граждан страны, которой передадут концессию, а для охраны железной дороги введут или иностранные войска, или китайскую охрану, вооружённую и контролируемую руководством железнодорожной компании.