В Маньчжурии на КВЖД выросли новые города: Дальний, Маньчжурия и Харбин. Последний стал сердцем КВЖД. Её 107 станций вскоре превратились в цветущие посёлки. К 1903 г. Обществом КВЖД в них было выстроено 294 061 м² жилых помещений, а к 1910 г. — 606.587 м², т.е. 467,9 м² на 1 км главного пути. В 1903 г. общее число служащих дороги достигало 39.112 человек, из них русских было 18.123, а китайцев — 20.948, австрийцев, итальянцев, швейцарцев и турок было вместе 17 человек, ещё 17 японцев и 9 корейцев.
Стоимость КВЖД, включая содержание порта и города Дальний, составляла к 1903 г. 318.640.236 руб. золотом. К 1906 г. она возросла до 375 млн руб. В последующие годы эта сумма приблизилась к 500 млн. Так сколько же стоила вся КВЖД? На этот вопрос дать точный ответ невозможно.
Для сокращения сроков постройки дороги администрация КВЖД решила создать крупный опорный пункт непосредственно на самой территории Маньчжурии, который бы отвечал одному, но главному требованию: сюда с наименьшими затратами должен быть обеспечен подвоз огромного количества строительных материалов, необходимых для сооружения этого гигантского транспортного предприятия. Этим пунктом было выбрано место пересечения железнодорожной магистралью реки Сунгари. И назван он был просто — Сунгари, или железнодорожный посёлок Сунгари. Так был основан город Харбин.
Происхождение названия Харбин точно не установлено. Есть версия, что оно произошло от названия китайской деревни Хаобин, или Хабинь, которое можно перевести как Хороший берег или Весёлая могила (?). Деревня эта будто бы располагалась недалеко от будущего Харбина. Однако никаких документальных подтверждений этой версии и самого факта существования оной китайской деревушки нет. Г.В. Мелихов (46. С. 67] считает, что слово «Харбин» имеет маньчжурские корни, скорее всего от слова «харба», обозначающего брод, переправу. Русские, видимо, добавили суффикс — ин. По такому принципу словообразования составились названия многих старинных русских городов, например Калязин на Волге. Первоначальное значение корня этого названия — грязный, грязниться. То же в полной мере относится и к названию Харбин. В пользу этого толкования можно привести тот дополнительный аргумент, что в разговорной речи харбинцев длительное время сохранялось ударение на первом слоге — Харбин.
Отношение русских к основанию Харбина хорошо выразил малоизвестный поэт А.И. Митропольский (псевдоним — Арсений Несмелов):
6 мая 1898 г. из Хабаровска вверх по Уссури в Харбин отправился первый пароход — «Благовещенск», арендованный у частного Амурского общества. На борту его находились руководители Строительного управления во главе с С.В. Игнациусом в сопровождении рабочих, служащих и казаков Охранной стражи. Плавание проходило трудно. Главным препятствием были многочисленные сунгарийские перекаты и мели. Вода в реке была низкая. Это вызвало недоумение у строителей, привыкших видеть реки Европейской России после таяния снегов наиболее полноводными. Но в Маньчжурии, где зимой снега почти не бывает, его таяние не вызывает повышения уровня воды в реках. Однако в период интенсивных и частых муссонных дождей — в июле и августе — вода в реках достигает своей наивысшей отметки.
Из-за многочисленных задержек на мелях, когда приходилось сгружать с парохода наиболее тяжёлые грузы, например рельсы, и оставлять их на островках, это путешествие по Сунгари длилось более 20 дней.
28 мая 1898 г. пароход «Благовещенск» прибыл в Харбин. Этот день многие авторы считают днём освоения города. Но следует заметить, что рейс «Благовещенска» получил такую известность из-за присутствия на его борту начальства. Фактически первым пароходом, отправившимся в Харбин, стал «Святой Иннокентий», привёзший туда из Хабаровска рядовой персонал КВЖД.
Посёлок Сунгари как по волшебству стал превращаться в город. 28 мая 1898 г. во временном бараке открылась первая железнодорожная больница. Первыми европейскими врачами в Харбине стали главный врач КВЖД М.И. Полетика и хирург Свентицкий, которые практиковали в этой больнице в Старом Харбине. Вскоре в Новом Харбине открылась капитальная, превосходно оборудованная Центральная больница КВЖД. В одной из фанз бывшего завода «Сян-фан» открылась небольшая столовая для строителей, которой заведовал грузин Агрести — первый частный предприниматель в Харбине. Открылась первая, тоже частная, гостиница «Номера для проезжих Гамартели». Хоть была она маленькая и грязноватая, но номера там не пустовали. А к июлю в одном из бараков начало свои операции отделение Русско-Китайского банка во главе с С.Б. Габриелем. Открыла торговлю популярная на Дальнем Востоке фирма И.Я. Чурина. Ю.П. Нациевский первым открыл в Харбине кафе-кондитерскую. А 12 августа распахнул свои двери первый парфюмерный и галантерейный французский магазин и парикмахерская Руссиаль (позднее — Бланша).