12 марта 1898 г. в Жёлтое море вошли прибывшие с Балтики броненосные крейсера «Рюрик» и «Дмитрий Донской». Но ещё 11 марта китайские сановники в Пекине на переговорах с Павловым согласились передать России Порт-Артур и Талиенван с прилегающими территориями в аренду сроком на 25 дет. Статья 6-я соглашения определяла, что Порт-Артур для военных и коммерческих судов других государств будет считаться закрытым портом, но зато Талиенван, кроме одной из его внутренних бухт, будет считаться открытым для иностранной торговли и доступ в него будет предоставлен коммерческим судам всех наций.
Параллельно с переговорами в Пекине русское командование вело переговоры в самом Порт-Артуре с местным начальством — генералами Сун-Цином и Ма-Юйкунем. Под их началом только в Порт-Артуре состояли 7500 человек пехоты и конницы при 20 полевых орудиях. В конце концов генерал Сун-Цин получил 100 тыс. руб., а генерал Ма-Юйкунь — 50 тыс. руб. Досталось и мелким чиновникам.
28 февраля Павлов сообщил Колесову, прикомандированному в качестве переводчика к русской эскадре: «…в моё распоряжение уже предоставлены денежные средства на выдачу пособия китайским властям Порт-Артура и Даляньваня, дабы привлечь их на нашу сторону… Полагаю, чиновникам категории Гу, Ли, Хо практичнее всего определить теперь ежемесячно от 100 до 200 лан со дня прихода наших судов в Порт-Артур и обещать единовременно более крупную сумму в несколько тысяч лан» [20. С. 36].
Трудно сейчас сказать, что произвело большее впечатление на китайских военных — приказ из Пекина, «живые» деньги или 12-дюймовые пушки броненосцев «Сисой Великий» и «Наварин». Но меньше чем за сутки (с 15 на 16 марта) все китайские солдаты покинули Порт-Артур. Взятка китайским генералам окупалась хотя бы тем, что в Порт-Артуре ими были брошены в исправном состоянии десятки мощных крепостных орудий, многие из которых позже участвовали в обороне крепости в 1904 г.
Утром 16 марта 1898 г. в Порт-Артур из Владивостока прибыл пароход Добровольного флота «Саратов». С него был высажен десант в составе 200 забайкальских казаков, дивизиона полевой артиллерии и команды крепостной артиллерии.
В 8 часов утра 16 марта, пока шла высадка десанта, на мачте Золотой горы (вершины, господствующей над Порт-Артуром) великий князь Кирилл Владимирович поднял Андреевский флаг рядом с китайским жёлтым флагом. Раздался салют эскадры — Порт-Артур официально стал русской военно-морской базой.
В тот же день, 16 марта, состоялась высадка в Талиенване. Сюда ещё накануне был отправлен из Порт-Артура контр-адмирал Реунов с крейсером «Дмитрий Донской», канонерской лодкой «Кореец» и клипером «Всадник». Всего в Талиенване были высажены на берег 180 человек при 3 орудиях. Порядок не был нарушен ни в Порт-Артуре, ни в Талиенване. Значительная часть населения покинула эти города. Китайцы хорошо помнили резню, учинённую японцами при занятии Порт-Артура, и предпочли не испытывать судьбу. Русское командование было этому только радо и разместило войска в брошенных китайцами административных зданиях, кумирнях и частных домах.
В 30 милях от Порт-Артура находится группа островов, которые китайцы называли Мяо-дао. Острова имели стратегическое значение, и контр-адмирал Дубасов решил занять их. 16 ноября 1898 г. крейсер «Дмитрий Донской» высадил на островах небольшой десант, и населению были розданы прокламации о присоединении островов к арендуемой Россией территории. Однако министр иностранных дел граф Муравьёв испугался и уговорил Николая II отдать приказ об уходе русских сил с островов Мяо-дао. Взамен русские дипломаты заключили с китайцами отдельное соглашение по этим островам, согласно которому Китай обещал не передавать их другим странам и не позволять иностранным кораблям базироваться на них.