По данным Котошихина, в царствование Алексея Михайловича по случаю смуты из-за подделки монет в один день было казнено 150 человек, а всего «за эти годы» — 7 тысяч человек. Значительную часть казненных составили участники крестьянских восстаний и, в частности, восстания под руководством Степана Разина, который в июне 1671 г. был четвертован в Москве вместе с братом. В Уложении 1649 г. способы смертной казни были регламентированы. Казни подразделялись на простые и квалифицированные. Целью простой казни было лишение жизни преступника, а квалифицированной — дополнительное причинение ему мучений и страданий. К простым казням относились повешение, обезглавливание и утопление, к квалифицированным — сожжение, заливание расплавленного металла в горло, четвертование, колесование, сажание на кол, закапывание живьем в землю и другие.
Наиболее распространенным видом квалифицированной казни в России в Средние века было сожжение заживо. Преступников сжигали на обыкновенном костре или в деревянном срубе, иногда предварительно заключив в железную клетку. Еще в начале XIII века киевские князья и высокопоставленные священнослужители казнили за хулу православной веры путем сожжения. Считалось, что огонь сжигает исходящее от провинившихся «зло». Главной целью казни были не только страдания казнимых, но и уничтожение «нечистой силы».
Как говорит летопись, в 1227 г. в Новгороде «изъжогша волхвов четыре». В 1230 г. в Новгороде же, во время голода, бояре присуждали к сожжению граждан, доведенных крайностью до людоедства. В 1411 г., после начала эпидемии чумы, в Пскове по обвинению в «напущений» болезни были сожжены 12 женщин. На другой год массовое сожжение людей произошло в Новгороде. В 1442 г. в Новгороде многие сожжены были по подозрению в совершении поджогов. В 1444 г. по обвинению в чародействе в Можайске вместе с женой был сожжен боярин Андрей Дмитриевич. В 1493 г. в Москве по подозрению в намерении отравить Иоанна III сожжены в железных клетках князь Лукомский и толмач Матиас. В 1684-м вышел указ, который предписывал «хватать» тех, «кто не ходит в церкви, не бывает у святого причастия и не пускает к себе в дом священников — и подвергать таких людей пытке; кто окажется при этом нераскаявшимся грешником — сжигать».
Во второй половине XVII века сожжение особенно часто применялось в виде наказания за упорство в «старой вере». В 1666—1667 гг. состоялся большой Московский собор, на котором староверов, а также всех не покоряющихся церкви предали анафеме и объявили достойными «телесной» казни: «Аще ли же кто не послушает повелеваемых от нас и не покорится святой восточной церкви и сему освященному собору, или начнет прекословить и противиться нам, и мы такового противника данной нам властью... проклятию и анафеме предаем ... мы таковых накажем духовно: аще же и духовное наказание наше начнут презирать, и мы таковым приложим и телесные озлобления». После этого собора «отступников от Веры Христовой» сжигать стали чаще.
Для получения представления о личности казнимых и характере обвинений приведем несколько примеров из работы Е.О. Шацкого «Русская православная церковь и сожжения»: в 1666 г. в вязниковских лесах был схвачен и после допроса сожжен старообрядческий проповедник Вавила. В 1671 г. старообрядец Иван Красулин был сожжен в Печенгском монастыре. Зимой 1671—1672 гг. в Москве сожжен видный старообрядец Авраамий, несколько раньше него в Москве взошел на костер старообрядец Исайя. В 1672 г. в Астрахани воевода Одоевский сжег К. Семенова, у которого была найдена тетрадка с заговорами. Женка Федосья, обвиненная в порче, попала на костер в 1674 г. в северном городе Тотьме. Перед казнью она заявила, что никого не портила и наговорила на себя, не стерпев пыток. В 1676 г. в селе Сокольском царским указом было повелено сжечь Панко и Аноску Ломоносовых, колдовавших с помощью кореньев: «Сокольскому пушкарю Панке Ломоносову и жене его Аноске дать им отца духовного и сказать им их вину в торговый день при многих людях, и велеть казнить смертью, сжечь в срубе с кореньем и с травы».