9 июня 1939 г. Берия направил Сталину и Молотову протокол допроса Бовкуна-Луганца от 5 июня с признательными ШШаниями. ВерййШСад; что только после очной ставки с арестованными бывшим наркомом внутренних дел Ежовым и его заместителем Фриновским от Бовкуна-Луганца было получено признание в том, что он был в 1934 г. «вовлечен в антисоветскую заговорщическую организацию» в НКВД своим тогдашним начальником Фриновским. 14 июня Берия направил Сталину протокол допроса Бовкуна-Луганца от 11 июня, в котором он назвал в числе «заговорщиков» бывшего советника полпредства СССР в Китае, одновременно являвшегося резидентом НКВД в Чунцине, полковника Михаила Ивановича Ганина и секретаря полпредства, одновременно резидента НКВД в Ханькоу, — полковника Николая Александровича Тарабарина. Оба они еще не были арестованы, причем Тарабарин в это время находился в Китае. Арест бывшего полпреда решили не афишировать и план «операции» переработали по новому сценарию. Жену Бовкуна-Луганца арестовали, и ей предстояло разделить страшную участь мужа.
О дальнейшем развитии событий рассказал на допросе в прокуратуре 1 сентября 1953 г. один из палачей, Шалва Церетели (59). «Я был вызван в кабинет Кобулова Богдана, где увидел Влодзимирского и еще одного сотрудника. Кобулов объявил нам, что есть двое арестованных, которых нужно уничтожить необычным путем. Мотивировал он это какими-то оперативными соображениями. Тогда же он объявил, что нам троим поручается выполнение этого задания и что мы должны это сделать прямо в вагоне, в котором будут ехать эти люди из Москвы в Тбилиси» (60). По плану, изложенному Кобуловым, все следовало обставить так, «чтобы народ знал, что эти люди погибли в автомобильной катастрофе при следовании на курорт Цхалтубо и что соответствующие указания наркому внутренних дел Грузии Рапаве уже даны. От Кобулова сразу же все мы пошли в кабинет Берии. Берия не сказал нам ничего нового, повторив то, что говорил Кобулов. Не помню, или у Кобулова, или у Берии я попросил разрешения ликвидировать их с применением огнестрельного оружия, но нам этого не разрешили, сказав, что нужно ликвидировать тихо, без шума. Старшим группы был Влодзимирский. Помню, что вагон был необычным, в нем был даже салон, всего в вагоне было пять человек — нас трое и мужчина с женщиной».«.. .Мы ликвидировали этих лиц. Влодзимирский молотком убил женщину, а я молотком ударил мужчину, которого затем придушил наш сотрудник. Этот сотрудник сложил тела в мешки и перенес их в автомашину» (61). Третьим сотрудником был начальник внутренней тюрьмы НКВД Миронов (62).
Тела убитых выгрузили из вагона на небольшой станции, передав сотрудникам НКВД, присланным Рапавой. Об инсценировке катастрофы Рапава позднее рассказал: «На дороге между Цхалтубо и Кутаиси мною была пущена под откос пустая легковая машина, затем были вызваны работники милиции, которые соответствующим образом оформили катастрофу (в машине было умышленно испорчено рулевое управление), а в отношении погибших было сказано, что они отправлены в Тбилиси для оказания скорой медицинской помощи». Как пояснил Церетели: «Тела убитых были где-то похоронены, но затем поступило указание из Москвы похоронить их с почестями. Тогда тела были выкопаны, положены в хорошие гробы и вновь похоронены, но уже гласно».
Торжественное прощание с Бовкуном-Луганцом и его женой прошло 15 июля 1939 г. при большом стечении народа в Доме Красной Армии в Тбилиси. Похороны с государственными почестями состоялись на Ново-Верийском кладбище. В числе высших руководителей Грузии, прибывших проводить «безвременно погибших» в последний путь, наряду с первым секретарем ЦК КП(б) Грузии К.Н. Чарквиани был соучастник убийства Рапава. Правда, на траурном митинге он не выступал. Через сутки после автокатастрофы, 10 июля 1939 г., газета «Заря Востока» опубликовала сообщение о трагической смерти в автокатастрофе отъезжающих после отдыха из Цхалтубо в Тбилиси посла с супругой. Из этого сообщения следовало, что машина, задействованная в имитации аварии, была не «пустой», т.е. была с водителем. «В ночь на 8 июля с. г. легковая машина ГАЗ-А, в которой следовали полпред СССР в Китае тов. И.Т. Бовкун-JIyra-нец и его жена Н.В. Бовкун-Луганец, потерпела аварию на 7-м километре от Кутаиси по Цхалтубской дороге. Машина шла по прямой дороге с небольшим подъемом. Свернув внезапно резко вправо, в сторону оврага глубиной 12 метров, машина пошла под откос и, ударившись о земляной бугор, перевернулась на левый бок. Авария произошла в результате того, что у продольной рулевой тяги, в месте крепления ее у рулевой сошки, отвернулась не зашплинтованная пробка. Рулевая тяга сошла с места крепления, и машина потеряла управление. При аварии погибли т.т. И.Т. и. Н.В. Бовкун-Луганец и водитель автомашины т. Б.А. Чуприн. Техническая комиссия: К. Кадагишвили, Мамаладзе, ст. госавтоинспектор Г. Гвания» (63).