Процессия, участники которой пели траурные церковные гимны, медленно направлялась к площади, где должно было состояться аутодафе. Монахи и «родственники», сопровождавшие заключенных, громко призывали их покаяться и примириться с церковью. Горожане наблюдали за процессией из окон домов или с мостовой. Следуя указаниям церковников, многие из них осыпали заключенных бранью, однако бросать в еретиков какие-либо предметы запрещалось, так как могли пострадать священники, «родственники» и персонал инквизиции. На место свершения аутодафе собирались светские и духовные власти и гости, занимавшие места на отведенных им трибунах, а также горожане, заполнявшие площадь. С прибытием процессии заключенных усаживали на скамьях позора, установленных на помосте, несколько ниже почетных трибун. Вслед за тем начиналась траурная месса, за ней следовала грозная проповедь инквизитора, которая кончалась оглашением приговоров. Приговоры зачитывались по-латыни, и заключенные с трудом улавливали их смысл; были они длинными, начинались цитатами из Библии и из произведений Отцов церкви, читались медленно. Если осужденных было много, то на оглашение приговоров иногда уходило несколько часов. Аутодафе венчалось экзекуциями: одних осужденных облекали в сан-бенито (желтый саван с красным крестом — одежда, в которой сжигали еретиков) и шутовские колпаки, других стегали плетьми, третьих стражники и монахи волокли на «жаровню».
«Жаровня» располагалась на соседней площади, куда вслед за смертниками переходили церковные и светские руководители и рядовые горожане. На «жаровне» осужденных привязывали к столбу и обкладывали эшафот дровами и хворостом. Сопровождавшие смертников монахи и «родственники» пытались и в эту последнюю минуту вырвать у своих жертв отречение. О желании раскаяться осужденный мог дать знать только знаком, так как, опасаясь, что он будет агитировать перед народом в пользу ереси, его часто вели на казнь с кляпом во рту. Если осужденный раскаивался, то его предварительно душили, после чего сжигали мертвое тело; если же упорствовал, то его сжигали заживо. Когда зажигался костер, особо уважаемым прихожанам предоставлялось почетное право подбрасывать в огонь хворост, чем они приумножали перед церковью свои добродетели.
Хотя палачи пытались поддерживать костер так, чтобы тело осужденного сгорело полностью, но это не всегда удавалось. В большинстве случаев обуглившиеся останки разрывались палачами на мелкие части, кости дробились, и это ужасное месиво повторно предавалось огню. Затем пепел тщательно собирался и выбрасывался в реку. Так инквизиторы пытались лишить еретиков возможности сохранить останки своих мучеников и поклоняться им. Если осужденный на сожжение умирал до казни, то сжигали его труп. Сожжению после эксгумации подвергались и останки тех, кто был осужден посмертно.
В испанской и португальской инквизиции было принято сжигать на костре куклы, изображавшие осужденных (казнь in efigie). Такой символической казни подвергались осужденные на пожизненное заключение, а также бежавшие из тюрем или от преследований жертвы инквизиции. Костер использовался инквизицией и для уничтожения сочинений вероотступников, иноверцев и неугодных церкви писателей.
В разработанном в начале XIV века главным инквизитором Арагонского королевства Николае Эймериком руководстве для инквизиторов («ОнесЮгшт тяшвкогит») приводятся любопытные разъяснения о возможных «судебных ошибках» и ответственности за них инквизиции. Эймерик утверждает: «Если невиновный несправедливо осужден, он не должен жаловаться на решение церкви, которая выносила свой приговор, опираясь на достаточные доказательства, и которая не может заглядывать в сердца, и если лжесвидетели способствовали его осуждению, то он обязан принять приговор со смирением и возрадоваться тому, что ему выпала возможность умереть за правду». Возникает вопрос, продолжает рассуждать на ту же тему Николае Эймерик, вправе ли оговоренный лжесвидетелем верующий, пытаясь спастись от смертного приговора, признаться в несовершенном преступлении, т.е. в ереси, и покрыть себя в результате такого признания позором. Во-первых, объясняет инквизитор, репутация человека — внешнее благо, и каждый свободен пожертвовать ею с тем, чтобы избежать пыток, приносящих страдания, или спасти свою жизнь, являющуюся самым драгоценным из всех благ; во-вторых, потерей репутации не наносится никому вреда. Если же, заключает инквизитор, такой осужденный откажется «пожертвовать своей репутацией» и признать себя виновным, то исповедник обязан призвать его встретить пытки и смерть со смирением, за что ему будет уготовлена на том свете «бессмертная корона мученика» (14: 336—352). Таким образом, из рассуждений одного из руководителей инквизиции следует, что «священный» трибунал действовал с попущения Божьего и за его поступки конечную ответственность несет сам Господь Бог. Эти рассуждения свидетельствуют о преступной морали инквизиторов и их покровителей, включая монархов и глав церкви, возглавлявших инквизицию. Именно им — наместникам Бога на земле служила и подчинялась эта кровавая машина, созданная церковью и существовавшая с ее благословения. Деятельность «святой» инквизиции наложила зловещий отпечаток на теорию и практику дальнейшего судопроизводства, из которого под ее влиянием исчезли зачатки объективности и беспристрастности.