Вторая редакция, или Полная Хронографическая Палея, по заключению В. М. Истрина, отличается от первой сокращением толковательной части, расширением охвата событий вплоть до христианской истории и значительным пополнением состава за счёт включения в текст новых апокрифических повествований и хронографических сведений. По сути дела, вторая редакция представляет собой трансформацию толкового повествования в историческое, в результате которой Толковая Палея приобретает сходство с Хронографом. Наименьшим изменениям, по сравнению с первой (древнейшей) редакцией, подвергся шестодневный раздел памятника, повествующий о творении мира. В библейской части апокрифические фрагменты первой редакции восстанавливаются до полного вида, в них вносятся отсутствовавшие прежде блоки неканонических повествований. За счёт хронографических пополнений значительно увеличивается объем текста и одновременно раздвигаются временные рамки событий, ограниченные в начальном изводе ветхозаветной эпохой царей. Таким образом, по основным признакам вторая редакция, согласно В. М. Истрину, соответствует младшей Хронографической редакции Н. С. Тихонравова (сюда относились Синод. № 210, Рум. № 453, Погод. № 1435, Унд. № 719 и ряд других).
Третья редакция квалифицируется как Краткая редакция Хронографической Палеи. Её происхождение увязывается с сокращением Полной Палеи, в результате которого памятник окончательно приобрёл характер чисто исторического сочинения, близкого Хронографу (наиболее характерные списки — Погод. № 1434, Синод. № 318, Сол. № 866). Эта близость лучше всего проявляется в Хронографической части памятника, где имеет место наибольшее число совпадений с Полной Палеей. Пути образования третьей редакции, впрочем, не вполне ясны. Главный оппонент В. М. Истрина — А. А. Шахматов — обращал внимание на то, что третья редакция местами значительно полнее второй, а это свидетельствует не в пользу последовательного развития текста от первого к третьему виду Палеи и даёт основание предполагать существование некоего общего источника (или источников), к которым могут независимо друг от друга восходить палейные редакции.
Из сопоставления взглядов Н. С. Тихонравова и В. М. Истрина следует, что оба исследователя развивали схожие гипотезы литературной истории Палеи, при том что основные структурные элементы предложенных реконструкций совпадают. Принципиальное отличие между ними сводится к появлению в Истринской схеме принципиально нового компонента — Краткой Хронографической Палеи. Нивелирование отличий между древнейшей и средней разновидностями Толковой Палеи не выглядит у В. М. Истрина убедительно и не отменяет выводов Н. С. Тихонравова, тем более, что выделенные признаки средних списков принимаются В. М. Истриным и лишь трактуются как ответвления. Данная проблема вообще не является существенной и может быть отнесена к разряду вкусовых предпочтений. Совершенно очевидно, что в данном случае речь идёт о промежуточном типе (удачный термин А. А. Шахматова) между Толковой и Полной Хронографической Палеями, факт существования которого признавался обоими филологами.
Совершенно отличную от предыдущих гипотезу взаимоотношения редакций, а следовательно, и принципиально иную литературную историю памятника, обосновал А. А. Шахматов. В своей концепции он исходил из убеждения в болгарском происхождении Палеи и относил её к числу книг, попавших на Русь вскоре после принятия христианства. Исследователь считал, что ни один из сохранившихся изводов Палеи не представляет первоначального вида памятника. По его мнению, уже в Болгарии сложились две редакции Палеи, одна из которых принадлежит перу Мефодия и отражает прения, которые вёл его брат Кирилл с иудеями и сарацинами[1164]. Вторая редакция, которая названа А. А. Шахматовым «болгарской хронографической Палеей», отличалась, по его мнению, от первой вставками из Библии и апокрифическими дополнениями. Исследователь допускал возможность, что вторая редакция могла появиться и как переработка первой, а также и вполне независимо от неё[1165]. Далее история Палеи реконструируется следующим образом: уже в Болгарии из толковой и хронографической редакций были сделаны краткие извлечения, скомпонованные в виде речи Кирилла Философа, которая, как изложение кратких истин христианской веры, была включена в рассказ о крещении князя Бориса. Затем эти компилятивные выдержки в XI в. были в готовом виде включены в древнерусскую летопись, в составе которой они соответствуют «Речи философа». Кроме того, при составлении начального свода в XI в. использовались сведения болгарской Хронографической Палеи.