Круг непосредственных источников Палеи в основе своей исследователями определён. В компиляцию вошли библейские, святоотеческие, хронографические, житийные, неканонические, а также естественно-научные тексты. К числу бесспорных источников Палеи А. В. Михайлов относил книги Св. Писания, «Слово об Иосифе» Ефрема Сирина, «Сказание о двенадцати камнях» Епифания Кипрского, «Топографию» Козьмы Индикоплова, «Заветы двенадцати патриархов» (в краткой редакции), какой-то хронографический текст, содержащий чтения «Пасхальной хроники»[1243]. В. М. Истрин показал, что в рассказе о столпотворении Составитель, кроме «Топографии» Козьмы Индикоплова, пользовался хронографическими, с элементами апокрифической окраски, текстами[1244]. Кроме того, он доказал, что в распоряжении автора Палеи находился полный вариант «Откровения Авраама» и разнообразные словарные материалы типа обнаруженной Н. К. Никольским «Речи тонкословия греческого».
И. В. Борцова к числу возможных русских источников Палеи отнесла бытовавший как самостоятельное произведение географический перечень восточноевропейских народов и рек[1245]. Назовём также факт использования Составителем Палеи «Шестоднева»[1246]. От себя добавим, что в толкованиях нашли отражение авторские переработки мотивов «Сказания Афродитиана», а сведения о природе, возможно, восходят к неизвестной пока естественно-научной компиляции, поскольку аналогичные сведения воспроизводятся в сборниках смешанного состава, и далеко не всегда натурфилософские фрагменты в них обнаруживают текстологическую зависимость от Палеи. Предположительно к каким-то проложным чтениям могут восходить «Чудо Георгия» и житийные характеристики Герасима, Спиридона, Варвары, Трифона, Кирика. Можно ожидать, что дополнительные изыскания прояснят происхождение отдельных сюжетов и мелких фрагментов текста, особенно апокрифических его частей (перспективны в этом направлении история Моисея, Иакова и др.). Не исключено, что в распоряжении Составителя могла находиться особая апокрифическая подборка, но тогда встаёт вопрос не столько об источниках, сколько о характере палейных редакций и истории их взаимоотношений.
Источники Полной Хронографической Палеи ещё более обширны, за счёт включения в неё материалов «Хроники» Георгия Амартола, «Хроники» Иоанна Малалы, «Хронографа по великому изложению» и «Александрии» второй редакции. Значительным дополнением является включение апокрифов — «Откровения Авраама», «Судов Соломона», «Сказания о Китоврасе», «Мучения Даниила» и некоторых других неканонических текстов[1247]. Остаётся только выяснить, существовали ли эти апокрифы в качестве самостоятельных произведений, или всё-таки восходят к единой подборке. Данная тема имеет отношение к невыясненной пока истории текста памятника.
Несмотря на дробность состава, Палея воспринимается как произведение цельное, гармоничное и подчинённое единому замыслу, который реализуется в последовательном проведении антииудейской полемики (ослабленной в Хронографической Палее) и одновременно в изложении доктринально правильного понимания бытия, с учётом протолкованных ветхозаветных постулатов. Этим важнейшим религиозно-мировоззренческим задачам и подчинён отбор источников, который был осуществлён умелой рукой, не допустившей в столь сложное произведение хаотичность, несогласованность и недомолвки. Толковая Палея — это не просто компиляция, а «настоящее сочинение, где чужое искусно переплетается со своим, где виден определённый план и ясная мысль, которая проходит от начала до конца»[1248]. Составитель достиг такого результата благодаря тому, что чётко держался избранных им концептуальных принципов, реализуя которые через редакторские приёмы он мастерски осуществил сведение мозаичных частей текста. Но этот аспект имеет прямое отношение к религиозно-мировоззренческим основаниям Толковой Палеи, анализировать которые исследователи начинают вплотную только в последнее время. Кроме того, и всё многоплановое содержание Палеи, увязанное в рамках обширного труда едиными идейными скрепами, требует разносторонних исследований.