Восточный берег более ровный. Здесь можно отметить Сухую курью и самый большой залив озера — Окропилову курью. Между ними в озеро впадает небольшая речка Окуневка — по местному «Желтая речка».
Особенность всех речек (ручьев), впадающих в озеро, в том, что они «работают» только в весеннее время и в период дождей, когда каждый ручей превращается в мощный и шумный поток. И только один ручей Теренкульский течет круглогодично, переливая в Кисегач воду из рядом лежащего озера Малый Теренкуль.
Редкое из горных озер Урала обходится без островов. На Кисегаче их 11: пять больших и шесть маленьких, густо заросших деревьями и кустарником. Самый крупный — Большой — в северной части озера. Его длина — почти полкилометра, ширина — более 260 метров. Рядом с ним маленький остров — Осиновый. Южнее этой группы — вторая группа островов: Седловатый и Высокий. Еще одна многочисленная группа расположилась в самой южной части озера. «Возглавляет» ее остров Липовый — второй по размерам после Большого. Западнее от него — Копешка, севернее — два небольших острова с общим названием «Утиные». В западной части озера — высокий, конусообразный Донец (Донской, Козий), в восточной — Сосновенький (Самоварчик). Последний из островов находится при входе в Окропилову курью — Березовый.
Все крупные острова — Большой, Липовый, Высокий, Донец — являются как бы продолжением Уральского хребта. Западная часть их высокая, каменистая, круто понижающаяся на восток. Особенно красивы нагромождения многотонных каменных глыб на Высоком, а на вершине Липового ветер и ливни соорудили причудливый каменный козырек.
Каждый из островов по видам произрастающих на нем деревьев и кустарников можно без преувеличения назвать уральским дендрарием. К примеру, на острове Донец соседствуют сосна, береза, черная ольха, лиственница, липа, рябина. Из кустарников здесь растут ива, кизильник, шиповник, спирея, малина, брусника, черная смородина. Правда, на Осиновом нет ни одной осины, нет ее и на других островах.
Тектоническое происхождение озера отражается в рельефе его дна, изобилующем многочисленными подводными скалами — так называемыми гольцами.
Толща воды над гольцами не превышает одного-двух метров, и в тихую ясную погоду, прекрасно просматриваясь, они создают причудливую картину глубин озера. Во многом ее дополняют многочисленные водоросли, пышно растущие на поверхности гольцов. При понижении горизонта воды озера, особенно в последние годы, часть гольцов поднялась над поверхностью воды, превратившись в острова.
Наличие высоких горных гряд и холмов в западной и южной частях озера определило его глубины. В этих частях идет резкий перепад глубин, и уже на расстоянии 100—150 метров от берега они достигают 15—20-метровой отметки. Такие же глубины в курьях Долгая и Кордонная. Наибольшая глубина (31 м) — в центральной части озера, между островами Донец, Высокий, Седловатый.
Резкие перепады глубин озера, наличие островов и большого количества гольцов не способствуют значительному перемешиванию водной массы озера. В связи с этим в летнее время разница температур воды у дна и на поверхности достигает 10—13 градусов. Вдоль мелководной части берега и в курьях, особенно в Окропиловой, буйно разрастаются водоросли, камыш, тростник, осоки. В то же время зарастаемость озера незначительна (не превышает 8,2% от общей площади озера).
Озеро расположено на Зауральской равнине, в междуречье Миасса и Уя, относится к Еткульскому району, на западном его берегу находится село Белоусово.
По своим размерам озеро является довольно крупным водоемом (площадь 5,2 км2). Средняя глубина — три-четыре, максимальная — около пяти метров. Озеро имеет правильную овальную форму, несколько вытянутую с севера на юг. Длина его — около трех, а средняя ширина — 1,8 километра. Западный берег высокий, террасированный, высота его — 30—35 метров. На этом берегу раскинулся роскошный сосновый бор. К северу и югу берега понижаются.
Озеро Большой Шантропай относится к бессточным водоемам. На долю осадков приходится 70—80 процентов поступающей в озеро влаги. Поверхностный приток с водосборной площади невелик, в связи с недостаточным увлажнением, равнинностью и небольшими размерами водосборной площади. Еще менее существенно подземное питание. Водоносный горизонт, питающий озеро, представлен отдельными линзами с ограниченными запасами грунтовых вод.
Наличие засоленных почвогрунтов и бессточность озера способствовали повышению минерализации озерных вод, которая в настоящее время достигает почти 15 граммов на литр. Вода относится к хлоридно-натриевому типу, щелочность ее повышена.