Стоит добавить, что на Черемшанском бугре расположены знаменитые с начала прошлого века копи циркона, роговой обманки, пирохлора, эшинита, сфена и молибденового блеска.
Ручей Обманный. О значительном разрушении Ильменского хребта в четвертичное время свидетельствуют мощные песчано-глинистые и каменистые отложения в устьях логов — конусов выноса. Благодаря наличию этих конусов, ручьи, текущие по логам, близ устья меняют свое направление или даже разветвляются на два рукава. На западном склоне Ильменских гор в Аптекарском логу, близ Золотого кордона, есть ручей, который в устье лога разветвляется на два. Крутизна стока этих ручьев настолько разная, что в одном из них, пологом, создается полная иллюзия течения воды вспять, то есть в гору. От этого ручей и получил свое название.
Климат заповедника типично континентальный.
Изрезанность рельефа, большое разнообразие материнских горных пород (граниты, гнейсы, миаскиты, змеевики и другие) обусловили значительное количество почвенных типов. Горному ландшафту заповедника необычайную красоту придают его водоемы. Озера Большой Кисегач и Большое Миассово — самые крупные и глубокие из всех озер заповедника (описание озера Большой Кисегач см. в разделе «Гидрологические памятники».— Прим. ред.).
Озеро Большое Миассово находится в средней части заповедника, среди невысоких увалов и холмов, в которые вдаются большие заливы (курьи): с восточной стороны — Липовый, Круглый, с запада — Штанный, с юга — Няшевский. Эти заливы далеко врезаются в материк и разветвляются, что придает форме озера вид амебы. Длина озера — восемь, ширина — 2,5 километра, максимальная глубина — 23 метра. Ложе озера корытообразное. Вода наиболее глубоких зон заражена сероводородом. В озере много ила. Местами пласты его имеют мощность 17 метров. Среди илов нередко выступают подводные скалы в виде каменных гривок, находящихся на разных глубинах от водной поверхности. Вода в озере просматривается на 10 метров, с берега она кажется зеленовато-синей. В озеро впадают шесть речек, исток его представлен широким проливом (до 300 м) — Проходной курьей, которая соединяет Большое Миассово с мелким (до 6 м глубиной) горно-степным водоемом — Малое Миассово. Живописный вид на озеро Большое Миассово открывается со стороны полуострова Сайма. В ясную летнюю погоду перед наблюдателем предстает величественная картина: обширная серебристая водная гладь, окруженная сосновыми лесами с волнистой поверхностью, а вдали за увалами синеет цепь Ильменского хребта. Невольно хочется сказать, что это самое красивое и неповторимое место в заповеднике.
Второе по красоте озеро — Большой Ишкуль. Оно находится в 30 километрах на север от центральной базы заповедника, у подножий гор Мягкой, Мельничной и Унтау. Длина озера — около трех, ширина — до полутора километров, средняя глубина — 7,6 метра. Форма озера продолговатая, топоровидная. Сжатое среди невысоких гор, оно дважды изгибается почти под прямым углом. Берега его изрезаны заливами и в переводе с башкирского «Ишкуль» означает «много озер», или «пять озер». Крутые склоны берегов скалистые, пологие, заболочены и сильно заросли растительностью. Кажется, что прозрачная холодная вода зеленоватого цвета заполняет весьма глубокую впадину, но глубина ее не превышает 14 метров. Дно весьма неровное, местами среди ила в песке выступают многочисленные подводные гривки скальных пород.
Группа маленьких озер, к которой относится и Ильменское, по циклу своего развития находится в разных стадиях заболачивания. В условиях заповедности, без вмешательства человека, этот процесс естествен и служит основой для научных работ гидрологов.
Заповедник расположен в переходной полосе от горно-лесного Урала к равнинной лесостепи Зауралья и Западно-Сибирской низменности. Он входит в Вишневогорско-Ильменогорский геоботанический округ подзоны сосново-березовых лесов лесной зоны. Заповедная территория в основном покрыта лесами (85%) или возникшими под влиянием интенсивных в прошлом рубок и лесных пожаров лугами, зарослями степных кустарников. Участки коренной луговой, степной и кустарниковой растительности невелики, рассеяны по территории заповедника и везде расположены в окружении лесов. Богата водная растительность озер, занимающих значительную площадь в заповеднике. Участки безлесных болот довольно многочисленны, но невелики по размерам.
Лесная древесная флора в видовом отношении довольно бедна. Если общее число видов деревьев и кустарников равно 50, то лишь немногие из них, такие, как например, сосна, береза, осина, лиственница, ольха, ива, являются лесообразующими породами. К преобладающим типам можно отнести сосняки (51% лесной территории), разнотравно-злаковые, ягодниковые, брусничные, бруснично-злаковые. Березняки являются вторичными лесами, но занимают 44 процента лесной площади. Преобладают березняк разнотравно-вейниковый и березняк разнотравно-орляковый. И только пять процентов площади лесов приходится на лиственничник разнотравно-злаковый и бруснично-злаковый, осинник широкотравный и разнотравный, сероольшаник и черноольшаник высокотравный, липняк остепненный.