Площадь, занимаемая горными степями и лугами невелика—восемь процентов территории заповедника. Группировки степной растительности встречаются на крутых склонах южных экспозиций и вершинах гор. Большинство степных участков обязаны своим возникновением лесным пожарам, уничтожавшим древостой сосны и лиственницы и резко усилившим процессы разрушения почв и горных пород. Об этом говорят сохранившиеся повсеместно остатки обгоревшей древесины. Лишь небольшая часть горных степей может быть признана коренною.
В заповеднике два основных типа степей. Каменистая степь небольшими участками встречается по наиболее крутым сильно разрушенным склонам. Горные породы лишь частично прикрыты тонким слоем темноцветных почв. Травяной покров редкий, здесь обычны растения-ксерофиты, хорошо переносящие засуху: гвоздика иглолистная, полыни, молочай, очиток и другие поселяются в местах скопления мелкозема, вблизи камней, старых пней, по трещинам в горных породах и не формируют сомкнутого покрова. Восстановление древостоев на таких участках чрезвычайно затруднено. Появление и закрепление подроста возможно только при повторении нескольких дождливых лет.
Типчаково-разнотравная степь встречается довольно часто на менее крутых склонах гор. Небольшой слой почвы иногда прерывается выходами горных пород. Растительный покров довольно густой и разнообразный, покрывает 80 процентов поверхности почвы. Появление здесь древесных пород препятствует значительному задернению почвы, сильному иссушению ее травами. Первой появляется осина, которая, отмирая в засушливые годы, периодически обмерзая зимой и повреждаясь лосями, вновь дает отпрыски и стойко удерживает за собой площадь. Под ее пологом поселяется сосновый подрост. На вогнутых перегибах рельефа, куда водными потоками сносится и откладывается мелкозем, или в местах выхода по трещинам горных пород грунтовой воды группируются степные кустарники: вишарники, кизильники и изредка спирейники, ракитник, иногда ивы.
Луга в заповеднике довольно разнообразны. Выделяются следующие основные типы лугов: 1) сухие (остепненные) разнотравно-злаковые луга, приурочены к горным склонам, соседствуя с каменистой степью и зарослями кустарников; 2) свежие широкотравные и разнотравные луга, встречаются на лесных полянах. Достаточное увлажнение обеспечивает хорошую урожайность этих лугов; 3) влажные и высокотравные луга распространены в долинах ручьев, у подошв гор и сопок; 4) горно-ключевые луга приурочены к горным седловинам и пологим склонам с грунтовым увлажнением и слабозаболоченными почвами. Отличаются от высокотравных лугов повышенным влаголюбивым разнотравьем; 5) сырые, заболоченные луга располагаются в понижениях рельефа, по окраинам болот. Обширных площадей не занимают, чаще всего попадают небольшие участки.
В последнее пятилетие флора цветковых и сосудистых споровых растений дополнена девятью новыми для заповедника видами (Русяева, 1984) и насчитывает 833 вида, принадлежащих к 85 семействам. Наибольшим числом видов представлены семейства: сложноцветных — 11,5 процента, злаков — 9,3, осоковых — 7,8, розоцветных — 6,0, бобовых — 5,1, гвоздичных — 4,7, крестоцветных — 4,3, норичниковых — 3,6, лютиковых — 3,2, зонтичных и губоцветных — по 2,8 процента. Около 40 процентов цветковых произрастают в лесах, из них 120 видов тесно связаны с древесной растительностью и обитают только в лесу, другие (около 200 видов) распространены в лесных, луговых, болотных и степных ассоциациях.
Состав микофлоры заповедника полностью не изучен. Н. Т. Картавенко (1961) отмечала 173 вида грибов, принадлежащих к 28 семействам и 89 родам. А. В. Сирко (1978) исследовал представителей класса сумчатых грибов и выявил 177 видов и 92 рода, 30 семейств.
Фитопланктон заповедника представлен 270 видами. В них входят диатомовые водоросли, сине-зеленые, зеленые, жгутиковые.
Почему флора и растительность Ильменского заповедника интересна в научном отношении? Благодаря тому, что он находится на границе гор и степей, здесь соседствуют представители степной, лугово-степной, луговой, лесной и болотной флоры. Таким образом, в экологическом отношении флора заповедника довольно разнообразна, что позволяет работать в нем специалистам самых различных направлений. Небольшая площадь ИГЗ и наличие на ней 833 видов сосудистых растений ставит его по количеству видов на единицу площади впереди многих заповедников нашей страны. Например, соседний Башкирский заповедник, по площади в два раза превосходящий Ильменский, имеет видовой состав высших растений из 750 представителей.