Черную страницу в летопись Троицкого заповедника-заказника вписало отторжение в 1969 году от его территории 300 гектаров степей. Они были переданы Троицкому плодопитомническому совхозу под кормовую базу кумысной фермы. Целесообразность данной меры обосновывалась потребностью в целинных степных пастбищах для выпаса кобылиц, поскольку нераспаханных земель в Челябинской области к этому времени уже практически не осталось. Урон, нанесенный природе лесостепи, несомненно, был бы меньшим, если бы отрезанные земли действительно использовались как пастбища. Вскоре, однако, они отошли колхозу «Заря» и были распаханы.
Вопреки сказанному выше, роль Троицкого заказника в деле охраны природы не только не уменьшилась, а, напротив, неизмеримо возросла и, очевидно, будет возрастать и впредь. В южной части лесостепного Зауралья он остался единственным очагом естественной растительности среди преобразованного человеком ландшафта. Именно здесь в относительно малоизмененном виде сохранилась зауральская березовая лесостепь.
Что она собой представляет? Как природное явление она развивается в условиях обширных, лишенных развитой речной и балочной сети, равнин, свойственных Западно-Сибирской низменности. В пределах этой низменности, вблизи ее западных границ, и лежит Троицкий заказник. В нем нет ни рек, ни ручьев, имеются лишь заросшие озера. Самое крупное озеро — Кукай. Название оно, вероятно, получило за своеобразную форму («кукай» означает «яйцо»).
Поверхность заказника плоская, ровная, с крайне незначительным перепадом высот. На общем равнинном фоне слабо выделяются небольшие повышения рельефа — гривы и понижения — ложбины, по которым стекают вешние воды. Весьма обычны в заказнике неглубокие, замкнутые понижения овальной или округлой формы — западины, или «блюдца», представляющие собой характернейшую особенность рельефа Западно-Сибирской низменности.
В состав березовой лесостепи входят участки степей и остепненных лугов, небольшие осиново-березовые колки, а также осоковые и тростниковые болота. Все эти компоненты тесно связаны между собой и образуют единое целое. И все же можно сказать о их неодинаковой ценности с точки зрения охраны природы. Особое значение имеют разнотравно-ковыльные (черноземно-ковыльные) степи, формирующиеся на черноземах обыкновенных. Черноземы — почвы с высоким плодородием. Вполне закономерно, что при сельскохозяйственном освоении края они распахивались в первую очередь, а следовательно, в первую очередь уничтожалась и свойственная им растительность.
Господствующими растениями разнотравно-ковыльных степей считаются ковыли. Ботаники относят их к так называемым дерновинным злакам: плотно друг к другу прижатые побеги формируют довольно крупный куст — дерновину. Узкие жесткие листья обладают интересной особенностью — свертываться в трубочку при недостатке влаги в почве. В заказнике растет семь видов ковылей, но широко распространены только два: ковыль перистый, обычный также и в европейских степях, и ковыль красный (или Залесского) — вид сибирского происхождения.
Внешний облик ковыльной степи за вегетационный сезон неоднократно изменяется. Ранней весной она нежно зеленеет от массы молодых всходов. Такой вид имеют, однако, только ежегодно выкашиваемые участки. При отсутствии или нерегулярном сенокошении накапливается большое количество мертвых растительных остатков — ветоши, которая очень долго маскирует общий зеленый фон и придает степи буроватый оттенок. С конца мая и до конца июня внешне степь представляет собой ковыльное море. Перистые ости в это время образуют над ней полупрозрачную беловатую дымку. Колеблясь от малейшего дуновения ветра, они создают обманчивое впечатление легких перекатывающихся по степи волн. Наши житейские представления о ковыльной степи связаны как раз с тем временем года, когда цветут и плодоносят ковыли.
Во второй половине лета, после облетания зерновок (роль летательного аппарата выполняет перистая ость), ковыли уже не так бросаются в глаза. На первый план выступает степное разнотравье, радующее богатством красок: цветут желтый подмаренник, сине-голубая вероника, розовый эспарцет. К осени цветущих растений становится все меньше и меньше, и степь приобретает желтоватобурую окраску.
Характерная особенность Троицкого заказника — его засоленность. Солонцы, например, занимают 589 гектаров (43,7%) площади заказника. Строение почвенного профиля солонцов довольно своеобразно. Верхняя его часть носит название надсолонцового горизонта, который обладает рыхлым строением, богат питательными веществами и не содержит вредных для растений солей. Именно в нем сосредоточены корни растений. Надсолонцовый горизонт резко переходит в очень плотный солонцовый или столбчатый, который разбит сетью вертикальных трещин на призмы или столбики с округлыми верхушками (отсюда и его название). Во влажном состоянии столбчатый горизонт вязкий, в сухом — твердый, как камень. Плодородие солонцов тем выше, чем глубже залегает столбчатый горизонт и чем, стало быть, больше мощность надсолонцового горизонта.