Сюжет роману «Пані Боварі» взято із життя, що загалом характерно для реалістичної літератури, котра відмовилася від користування арсеналом «готових сюжетів», до якого широко вдавалася література попередніх епох. За фабульну основу Флобер взяв історію сімейного життя руанського лікаря Ежена Деламара, яку розповів йому друг, постпарнасець Луї Бульє, не вносячи в цю драматичну історію істотних змін. Але інтерпретує він її вільно, наповняючи глибоким і складним загальнолюдським змістом. Давався роман авторові тяжко, його листи того часу повні скарг на труднощі, що без кінця поставали під час роботи над ним. Коли була написана десь третина твору, Флобер влаштував його читання друзям-літераторам, і ті одноголосно порадили кинути роман, заявивши: «сюжет тебе згубить». І для цього у них були серйозні підстави.
І річ тут не у фабульній основі сюжету, а в його характері й способі його трактування. Флобер по-новому розумів сюжет, він вважав, що не має сюжетів гарних і поганих, цікавих і нецікавих, все залежить від його розробки, від глибини проникнення в предмет і досконалості його художнього вираження. Він відмовляється від інтригуючої фабули, від будь-яких загострень і перебільшень, від усього, що викликає «зовнішній інтерес» читачів до твору (чим не гребували його попередники, зокрема Бальзак). «Про що завгодно можна написати гарно й можна написати погано», — такого принципу дотримувався Флобер у своїй зрілій творчості.
В романі «Пані Боварі» він писав про те, що не викликало у нього ні симпатії, ні тим більше захоплення. Навпаки, зображуваний у творі світ провінційного міщанства пробуджував у нього глибоку відразу, на що він теж постійно скаржився в листах. Автор «Пані Боварі» ставив перед собою завдання із «людської гнилі створити твір мистецтва», зробити цікавим для читачів середовище обмежених і вульгарних провінційних обивателів. До того ж відмовившись при цьому від арсеналу літературних засобів і форм, якими користувались його попередники.
До змалювання буржуазної провінції й до Флобера звертались письменники-реалісти: Бальзак у цілій серії «етюдів провінційного життя» в «Людській комедії», Стендаль в романах «Червоне й чорне» та «Люсьєн Леван». Але Флобер робить це по-іншому, в його романі «Пані Боварі» знаходять перше завершене втілення характерні принципи реалізму другої половини XIX століття.
Реалізм першої половині XIX століття розвивався водночас з романтизмом і в постійному взаємозв'язку та взаємодії з ним. У французькій літературі це стосується як Стендаля, так і Бальзака, в їхній творчості поєднуються, хоча і по-різному, реалістичні і романтичні елементи. Свідоме й цілеспрямоване відмежування реалізму від романтизму розгортається в другій половині XIX століття, письменники-реалісти відмовляються від усього того, що тепер сприймається як романтичні «фантазії» й «перебільшення». Саме в цей час і стає домінуючим відомий реалістичний принцип «зображення життя у формах самого життя», зі збереженням реальних масштабів, пропорцій зображуваної дійсності. Поширюється він на різні рівні й складники твору: на сюжет і композицію, тип нарації, оповідну інтонацію і, звичайно, на змалювання персонажів, де відчувається рух «від героя до людини».
Шанобливо ставлячись до Бальзака (Стендаль тоді ще лишався забутим письменником), Флобер разом з тим закидав йому сюжетні «невірогідності» і «перебільшення» в сюжетах і зображенні персонажів. Його не влаштовувало те, що своїх «скромних» персонажів, у тому числі й провінційних міщан, Бальзак наділяв могутніми пристрастями й незвичайною долею, що вони піднімалися над звичайним людським рівнем і ставали втіленням високих чеснот або — частіше — ницих пороків. Реалісти другої половини минулого століття і найраніше Флобер відмовились від поділу героїв на «позитивних» і «негативних», «носіїв добра» і «носіїв зла», слушно вважаючи цей поділ літературною умовністю. Як і реальні люди, їхні персонажі поєднують позитивні й негативні риси в складному переплетінні, письменники оволодівають мистецтвом світлотіні в змалюванні людських характерів і психології.
Крім прямої полеміки з романтизмом, нерідко загальної в силу причин, про які йшлося, в романах Флобера маємо ще й приховану полеміку з Бальзаком, яка виходить на поверхню в романі «Виховання почуттів».
Працюючи над романом «Пані Боварі», Флобер розробляв свій «об'єктивний метод», який був прийнятий, з різними видозмінами, французькими письменниками другої половині XIX століття — братами Гонкурами й Мопассаном, Золя й натуралістами. Цей «об'єктивний метод» тісно пов'язаний з світоглядно-естетичною позицією щодо «буржуазної сучасності», яка рішуче не приймалася Флобером та його послідовниками. Літературна творчість стає для них передусім художнім дослідженням відчуженої дійсності, від котрої автор принципово відмежовується: він розміщається в стороні, він спостерігає й аналізує зображуване з якоїсь високої об'єктивної точки зору, в принципі уподібнюючись вченому, який проводить експеримент. Звідси твердження Флобера про те, що письменник має брати за взірець вченого-природодослідника і, розтинаючи пером життєві явища й типи, бути таким же безпристрасним, точним і об'єктивним. Виступаючи проти суб'єктивізму романтиків, у яких автор стає центром твору, він ратує за усунення авторської присутності із твору. Він вважає, що автор має бути у творі, як бог у світобудові: всюди і ніде.