Але їй судилося жити в сонному провінційному Йонвілі, в середовищі ситих тілом і душею обивателів, з чоловіком, який щовечора, написавши свої рецепти, «задоволений із самого себе, доїсть рештки печені, погризе шматочок сиру, схрумає яблуко, доп'є графинчик вина, а потім піде в спальню, ляже горілиць і захропе». Але Флобер наділив героїню також невдоволенням навколишнім, душевним неспокоєм, пориванням до іншого життя, тобто й тими рисами, які він найбільше цінував у людині. І вони не тільки виділяють Емму в середовищі самовдоволених обивателів, але й протиставляють її цьому середовищу; в цьому основна драматична колізія твору. Звичайно, ідеал Емми, її мрії й пориви банальні, в чомусь навіть смішні й безглузді, але річ у тому, що вона вкладає в них душу, вона справді страждає, по-своєму протестує проти «життя кольору плісняви» — аж до своєї недоладної смерті.
Але все це не піднімається у неї на рівень свідомості й не осмислюється нею, такою її створила природа, що вона не може задовольнитися тим існуванням, яке їй нав'язує Йонвіль. Жити їй тим нестерпніше, що навколо неї немає жодної людини, здатної хоч якоюсь мірою її зрозуміти. Не може вона розібратися і в тих імпульсах, які наражають її на конфлікт з середовищем і приводять до принижень та смерті. Її доля в сутності трагічна, хоч те середовище, що її оточує і є її антагоністом, безмежно далеке від того, що має бути в трагедії у класичному розумінні слова. Та про все те, що відбувається з Еммою, розповідається в романі так, що нагадує скоріше історію невдалого життя з жорстокою розв'язкою.
Автор роману приголомшив читачів і критиків, заявивши: «Емма Боварі — та це ж я!» В одній паризькій газеті з'явилася карикатура, де Флобер, мужчина майже двометрового росту, з широчезними плечами й могутніми вусами, схожий на древнього вікінга, був зображений в легковажному дамському наряді своєї героїні. Власне, це був не жарт і не містифікація читачів, а зізнання автора в тому, що, створюючи образ Емми Боварі, він спирався й на свій психологічний досвід. Він теж переживав розлад з навколишнім світом, невдоволення життям, бажання іншого, того, що реально не існує, але все це, зрозуміла річ, переживав на іншому, незрівнянно вищому духовному й душевному рівні.
Роман «Пані Боварі» був новаторським твором за своєю художньою структурою, її основними складовими та їхніми співвідношеннями. В епічних жанрах такими складовими як відомо, є оповідь, писання і діалог. Характерною рисою розвитку роману в XIX столітті було те, що в його структурі дедалі більшого значення набував показ, який тіснив оповідь та описання і водночас синтезував їх; свого завершення ця тенденція досягала в флоберівській «Пані Боварі». Розпочинається цей роман в традиційній нараційній манері, ми чуємо голос оповідача, який розповідає про життя Шарля Боварі до одруження з Еммою. Далі ж розповідь стишується, замінюючись неопосередкованим показом, коли дійсність ніби сама себе подає у творі. Одночасно Флобер відмовляється і від докладних описів, враховуючи ту психологічну закономірність, що чим детальніше письменник описує, тим менше читач бачить. Він замінює описання показом, при цьому цей показ розрахований не на суто візуальне сприймання, а на «внутрішній зір» читача.
За своїми жанровими ознаками «Пані Боварі» ближче всього до соціально-психологічного роману, який виходить на перший план в реалістичній літературі другої половини XIX століття. Але психологізм цього твору своєрідній і виявляється він не у формі психологічного аналізу, що здійснюється з зовнішньої позиції і всюдисущим автором, як це маємо у Л. Толстого, сучасника Флобера. В романі «Пані Боварі» психологізм виявляється в інших формах, тут все, що зображається, постає як сприйняте й пережите кимось із персонажів, частіше всього Еммою. Зовнішнє і внутрішнє, фізичне й психологічне тут зливаються й течуть єдиним потоком, психологізмом проймається вся тканина твору.
Найбільш адекватну форму художнього вираження психологізм Флобера знаходить у невласне прямій мові, яку він вперше широко вводить у літературу, що переконливо показав Б. Реїзов у своїй монографії «Творчість Флобера». Це така форма мовлення, де голос автора й голос персонажа переплітаються, причому автор постійно приходить на поміч персонажу, допомагає висловити те, що тому важко або й неможливо оформити словом. В результаті авторське мовлення ніби усувається і слово віддається самому герою — це вже він виражає себе, передає свої потаємні думки й почуття, свою ментальність і психологію.