Формально, як поборник «об'єктивного методу», Флобер займає відсторонену позицію в нарації, але насправді, сповнений амбівалентних емоцій, він втягнутий в дійство, що розгортається в романі. «Звідси його вражаюча проникливість, що виникає із відчуттів відрази й ненависті, до яких домішується співчуття, яке властиве людині. Ця суміш почуттів придає роману «Пані Боварі» вражаючу силу й надзвичайну тонкість» (Н. Саррот).
Наступним твором Флобера був історичний роман «Саламбо», який вийшов 1863 року. Якоюсь мірою цей роман був втечею письменника від міщанської сучасності в глибину віків — аж у III століття до нової ери. Разом з тим, у цьому зверненні до історичного сюжету з глибини віків шукав вихід, можливо й неусвідомлюваний самим письменником, його неподоланий романтизм. Там, у глибині віків, його вабили сильні й цілісні характери, могутні пристрасті, потужна динаміка і яскраві барви, занурені в світ загадкової давньосхідної культури, оповитої містичною таємничістю. Варто ще сказати, що на відміну від більшості романтиків, які облюбували в минулому середньовіччя, а окремі, як то Гельдерлін чи Кіте, — античність, Флобер тягнувся до стародавнього Сходу, точніше — Близького Сходу. Він зізнався у листі до Жорж Санд: «Я до такої міри напоєний красотами стародавнього світу, що німий подив перед тим, що тільки що народжується, тільки що виникає, чужий мені. Мене з такою силою приваблює щось загадкове в глибинах історії, що ніби я сам присутній при його звершенні. Я міг би вести бесіди зі східними жрецями».
Дія роману «Саламбо», над яким Флобер працював чотири роки, відбувається в стародавньому Карфагені, між першою і другою Пунічними війнами, тобто війнами цієї купецької республіки з Римом. В основі сюжету — повстання вояків-найманців, яких карфагенські купці ошукали й не виплатили належну їм винагороду. Головним джерелом для письменника послужила книга давньоримського історика Полібія, в якій досить докладно описане це повстання і його жорстоке придушення.
Цей твір Флобера був історичним романом нового типу, що поривав з моделлю жанру, яка була витворена Вальтер Скоттом і домінувала в європейських літературах першої половини XIX століття. У французькій літературі цей «вольтерскоттівський роман» виродився ще в 30—40-і роки і з історичного перетворився, власне, в пригодницький роман, розрахований на «середнього» невибагливого читача (такими, зокрема, були численні романи О. Дюма). Флобер ставив перед собою завдання створити історичний роман нового типу, який він називав «натуралістичним», роман, що засновується на відкриттях та методах сучасної науки, і не тільки історичної, на ґрунтовному вивченні минулого, і прагне до його достовірної реконструкції. Але в творі він відступав від цих «наукових» принципів і давав волю своїй інтуїції та уяві.
В романі «Саламбо» маемо дві сюжетні лінії, що непросто співвідносяться між собою. Перша з них — це повстання найманців, яке переростає в масштабну й криваву «внутрішню війну» Карфагена, поразку повстанців і жорстоку розправу над ними. Розробляючи цю лінію, автор дотримувався історичної канви подій, розповіді Полібія, зайнятий він тут головним чином сумлінною «реставрацією історії». Ця лінія вільно вписується в реалістичний дискурс. Друга сюжетна лінія, кохання лівійця Мато, вождя найманців-повстанців, і молодої дівчини Саламбо, дочки карфагенського полководця Гамількара й жриці богині Таніт, є витвором уяви автора, романічним вимислом, що має яскраво виражений романтичний характер, хоч автор ставив перед собою й інші завдання. Вона також була його спробою проникнути в таємничий світ давньосхідної культури, в загадкову ментальність і психологію її носіїв. Іншими словами, це було «наукове завдання» по реконструкції далекого минулого, але мало хто наважиться сказати, що воно було здійснене письменником. Натомість йому справді вдалося вкласти містичну одухотвореність і своєрідний шарм «в ці чудові й далекі образи, що майже втрачають людські риси».
Третій роман Флобера, «Виховання почуттів» (1869), був поверненням до «буржуазної сучасності». Щоправда, його дія відсунута в недалеке минуле, в 30—40-і роки, в часи молодості письменника; він змальовує в ньому «романтичне покоління», до якого належав сам, і виносить йому суворий вирок. Входить у роман і найзначніша історична подія того часу, революція 1848 року, але зображена вона без героїчного ореолу, в знижено-буденному плані, з відвертим наміром дезавуювати те, що називають «романтикою революцій».