Он не таил своего презрения к галеновской медицине, своих революционных воззрений в области врачебной науки; наоборот, он стремился к открытому бою с противниками, чтобы сделать свои мысли достоянием гласности. Вскоре он выступил на открытом диспуте с доктором Венделином Хок — писателем, популярным во врачебных кругах.
Исход этого диспута нам неизвестен.
Возможно, что обе стороны разошлись, убежденные в правоте своих взглядов и победе своей точки зрения, как это неоднократно было и будет в диспутах. В галеновских кругах Хока называли: «Венделин, превосходящий Теофраста». Возможно, что Парацельс действительно понес поражение, благодаря своей молодости и малой искушенности в дискуссировании. Он не был первоклассным оратором, его легко было вывести из себя, и тогда он либо молчал, либо сменял тонкую диалектическую игру доводов и возражений, к которым привычны были ученые того времени, резкими и грубыми словами. Об одном из своих других диспутов он сам говорил, что «…он-де не удостаивал ответа своих крикливых противников, а они зато его презирали, что он будто бы на язык был не боек и на нападки слету отвечать не умел».
Но больные судили о Теофрасте по практическим результатам его лечения и их мало интересовали его неудачи в ученых дискуссиях.
Популярность Теофраста-врача росла, его приглашали к знатным людям и в самом Страсбурге и даже в других городах. Он вылечил тяжело заболевшего дизентерией маркграфа Филиппа Баденского. Однако маркграф оказался неблагодарным пациентом и отказал врачу в обещанной оплате. Галеновские доктора злорадствовали по поводу этой неудачи Теофраста. Впоследствии в одном из своих произведений он заклеймил резкими словами этого князя-обманщика.
И вот однажды Парацельса вызвали в Базель к Иоганну Фробену — знаменитому книгоиздателю и другу гуманистов. Фробен болел уже давно, но летом 1526 года у него сделались невыносимые боли в правой ноге. Лечение галеновских докторов только усилило страдания. Казалось, что единственным спасением больного была ампутация ноги, — так говорили врачи.
Тогда у постели больного появился Парацельс и удивительным образом в короткий срок вылечил Фробена, который не только смог приступить к своим делам, но даже дважды в этом году предпринял путешествие на книжную ярмарку во Франкфурте-на-Майне.
О замечательном молодом враче заговорили в Базеле. Вскоре Теофраст получил официальное предложение магистрата: занять должность городского врача в Базеле и профессорскую кафедру в университете.
Парацельс не размышлял и не колебался. В ноябре 1526 года, раньше чем оформилось его гражданство в Страсбурге, он уже переселился в Базель, где прошли его лучшие дни и где постигли его горчайшие разочарования.
Базельские заправилы поступили крайне неосмотрительно, призвав в свой город этого беспокойного человека, который подобно «греческому огню» мог воспламенить даже воду.
А время было бурное, и Базель уже был вовлечен в круговорот политических событий.
В это время жизнь Германии была полна тяжелых потрясений и борьбы. Взрыв подготовлялся давно, общественные противоречия накапливались и отлагались веками.
Когда 31 октября 1517 года Лютер, в то время никому неизвестный монах, прибил свои тезисы против индульгенций на дверях виттенбергской церкви, он и сам не думал, что дело зайдет так далеко. Эти тезисы послужили сигналом к открытому возмущению против Рима, против католической церкви, веками грабившей Германию и поддерживавшей дряхлую постройку феодализма. Борьба началась как объединенное движение разнообразных групп германского населения против общего врага — папства.
Однако классовая рознь этих групп быстро разорвала их на два лагеря: буржуазно-реформаторский и плебейско-революционный. Против них были все силы, стоявшие за исконный феодальный порядок, сплотившиеся в единый консервативно-католический лагерь.
Германские княжества, города и деревни — все оказались вовлеченными в борьбу.
Кто бы ни вышел из нее победителем, было ясно, что к старому возврата нет, что в результате потрясений мир будет выглядеть по-новому. Это заставило низшее дворянство первым взяться за оружие, чтобы сделать попытку повернуть колесо истории назад, восстановить разрушенную начавшимся буржуазным развитием мощь феодального низшего дворянства. Осенью 1522 года вспыхнуло рыцарское восстание, возглавленное Зиккингеном и Гуттеном и бесславно погибшее под мечом князей при полном равнодушии городов и крестьянства.
Крестьяне шли своим путем, знаменем их восстания были «двенадцать статей», они требовали: уничтожения крепостничества, отмены лежавших на крестьянстве оброков и повинностей, возвращения отгороженных помещиками в свою пользу общинных угодий. Городская беднота и горнорабочие внесли в борьбу крестьян коммунистические лозунги. Это движение, получившее имя Великой крестьянской войны, вызвало ужас привилегированных классов. Восстание низов длилось 1525 и 1526 годы и после жестокого кровопролития было подавлено.