В Базеле помимо преподавательской деятельности он взялся за исправление плачевной ситуации в местных аптеках. Проверяя деятельность аптекарей, контролируя правильность выписки рецептов, устраивая визитации, регулируя таксы и проценты в обоюдной прибыли врачей и аптекарей, он пытался устранить недостатки в работе базельских аптек. Среди его знаменитых пациентов кроме Фробена были известнейший гуманист эпохи Эразм Роттердамский, а позже настоятель собора Корнелиус фон Лихтенфельс, Корнелиус фонЛихтенфельс. Между тем зыбкость положения Гогенгейма как преподавателя усугубилась судебной тяжбой с Лихтенфельсом по поводу гонорара за лечение. Все это привело его к преждевременному и опрометчивому решению покинуть Базель.
Неурядицы в Базеле, а также неудачная попытка опубликовать свои медицинские сочинения в Нюрнберге (1530) были для Гогенгейма, человека, намеревавшегося реформировать медицинскую науку, настоящим ударом. При этом представляется исторически неверным рассматривать научные споры Парацельса (гуманистический псевдоним Гогенгейма, взятый им в 1529 году) с его оппонентами исключительно как борьбу света и добра с силами тьмы. В бурных спорах, которые в зависимости от ситуации могли закончиться сожжением книг брызжущего слюной визави, в ожесточенной даже по представлениям того неспокойного и грубого времени полемике, вызывающей к жизни образ современника Парацельса Михаила Колхаса и связанной с трепетным отношением к получению и сохранению прав, отразился дух эпохи со всеми его важными сторонами, пристрастиями и возможностями. Следуя традиции, заложенной Гиппократом, Гогенгейм видел во врачебной деятельности в большей мере искусство, чем науку, притом самое высокое и благородное, которому, однако, угрожает опасность возможных злоупотреблений со стороны людей. Лейб-медики и врачи, по мнению Парацельса, придерживались устаревшей догматики, все больше прилепляясь к деньгам, чем служа искусству. «Самая кроткая горлинка воскипит гневом, слушая их непотребные рассуждения» (XI, 153), – заявил он в своей шестой апологетической речи в Каринтии, «чтобы оправдать свое удивление и возмущение» (XI, 152). Гнев горлинки может служить символом жизни, полной непрестанной борьбы и одновременно целительной нежности, проросшей из семени жертвенной любви.
До посещения Базеля и в постбазельский период Парацельс вел преимущественно странствующий образ жизни. Это был типичный бродяга XVI века, который в поиске философского алхимического камня и тайного эзотерического знания, в желании овладеть целительными силами природы был вынужден «истреблять шляпы и ботинки» (XI, 145), как голодающий старатель из фильма Чарли Чаплина «Золотая лихорадка». Второй кульминационный период в жизни и творчестве Парацельса приходится на время его непродолжительного пребывания в Санкт-Галлене, маленьком городке на востоке Швейцарии, где благодаря широко развернувшемуся текстильному производству стремительно развивались экономика и образование. Никогда еще врачебное призвание и непреодолимое стремление Гогенгейма пророчествовать и вести за собой души людей не проявлялись так согласованно, как в те полные драматизма недели между появлением кометы, названной в честь Эдмунда Галлея, и сокрушительным поражением сторонников Ульриха Цвингли во Второй Каппельской войне 1531 года.
Примерно в эти годы вышло сочинение светского богослова Теофраста Парацельса, которое до сегодняшнего дня остается предметом исследований. 1530-е годы были временем, когда слава Парацельса как мага и предсказателя достигла своего апогея. Многие высказанные им мысли пережили своего автора и во многом повлияли на модные эзотерические течения последующих эпох. В сочинениях Парацельса, из которых на сегодняшний день издано около 10 000 страниц, читателю открывается своеобразная смесь из медицины, космологии, психопатологии, магических воззрений и политической критики, представленная в виде захватывающей системы знаков и символов. При этом многие естественнонаучные наблюдения знаменитого медика необходимо заново пересмотреть в ближайшем будущем, но уже в более сдержанной манере и с учетом их этической составляющей. [3]