Можно ли упрекать Мечникова в том, что, открыв явление фагоцитоза, он не поднял сразу вопрос об иммунитете, а ставил его в связь с достаточно туманным представлением о "системе целебного, медицинского или терапевтического пищеварения"? Нет, прямую зависимость между иммунитетом и поглощением лейкоцитами микробов ученый усмотрел несколько позже, но разительно, что у самых истоков зарождения новой науки он необычайно развитым чутьем естествоиспытателя угадал наличие именно системы органов защиты. "Можно высказать в виде предположения, — говорил Мечников в том же докладе, — что центральным органом целебной пищеварительной системы является селезенка... Кроме селезенки, к системе целебных органов позвоночных нужно еще отнести лимфатические железы и костный мозг". Сказано это было 100 лет назад, в то время, когда врачи всерьез считали, что организм освобождается от бактерий только с помощью разных экскретов — мочи, пота, желчи и кишечного содержимого, а лейкоциты лишь разносят заразу по телу.
Позже Мечников назовет этот доклад "первым зачатком теории фагоцитов", которая, по признанию его в последующем, "потребовала целого периода жизни автора".
В 1887 г. Мечников уже описывает разветвленную систему клеток, способных противодействовать вторжению микробов в организм. "Роль фагоцитов, — пишет он, — распределена между двумя видами клеток. Меньшие из них, с дольчатым ядром или многоядерные лейкоциты, ... рассеяны во всех тканях (подвижные клетки) и сосредоточены в лимфатической и кровеносной системах; они эмигрируют оттуда в случае надобности в любую часть тела, зараженную паразитами. Эти клетки я назвал микрофагами. Я присвоил, наоборот, название макрофагов неподвижным клеткам соединительной ткани, эпителиальным клеткам легочных альвеол и всем вообще элементам, обладающим способностью поглощать твердые тела и содержащим одно большое ядро". Здесь уже Мечников недвусмысленно говорит, что "теория фагоцитов... может облегчить также понимание изумительных явлений естественного и приобретенного иммунитета" (рис. 2).
Рис. 2. Схема фагоцитоза
С этого момента Мечников начинает закладывать фундамент будущей клеточной теории иммунитета, однако каждый шаг в разработке этой проблемы наталкивался на противодействия. Первые научные публикации Мечникова не обратили на себя внимания медицинской аудитории, если не считать единичных возражений отечественных оппонентов, вызванных скорее недопониманием дела. В те же годы, рекомендуя избрать Мечникова в члены-корреспонденты Российской академии наук, выдающиеся русские ученые того времени оценили теорию фагоцитоза "как новую эру в деле исследования патологических процессов".
Шквал научных обвинений разразился, когда в борьбу против клеточной теории включился весь отряд немецкой школы бактериологов, руководимых Р. Кохом. Борьба эта длилась почти четверть века, но нет худа без добра, не будь этой ярой оппозиции, возможно, Мечникову и недостало бы сил построить на основании первоначальных единичных фактов и наблюдений теорию, объяснявшую сами интимные процессы невосприимчивости человека к заразным болезням. Ничто так не подхлестывает творческую энергию и воображение исследователя, как массированная атака на редуты его научного мировоззрения.
Немецкий ученый Баумгартен в своих статьях не признает ни единого положения, ни одного вывода из опытов Мечникова. В ответ тот ставит эксперименты, доказывающие роль фагоцитов при рожистом воспалении и возвратном тифе. Немецкие патологи Циглер и Вейгерт утверждают, что фагоцитоз не является важной защитной реакцией, это лишь уничтожение уже мертвых бацилл, а с живыми паразитами лейкоциты не взаимодействуют. Для доказательства своей правоты Мечников вводит животным живых бацилл и убитых кипячением. Защитная реакция при введении мертвых микробов оказывается значительно слабее, чем при инъекции живых бацилл.
В 1887 г. по приглашению самого Коха Мечников приезжает в руководимый им Гигиенический институт в Берлине, чтобы показать некоторые итоги работы по фагоцитозу при возвратном тифе. Накануне встречи Мечникову удается убедить в своих выводах всех ассистентов неверующего шефа. Далее Мечников вспоминает: "Приведенный первым ассистентом Коха в его кабинет, я увидел сидящим за столом еще не пожилого человека (Коху тогда было 44 года), но уже с порядочной лысиной, смотрящего в микроскоп. Не повернувшись к нам лицом и не подав руки, Кох спросил в чем дело и на ответ ассистента о моем приходе с препаратами он прежде всего напал на него за то, что что-то не было приготовлено к его предстоящей лекции, и затем с очень недовольным выражением лица заявил мне, что у него очень мало времени и чтобы я показал препараты как можно скорее. Бегло взглянув в некоторые из них, Кох сухо и резко сказал, что считает эти препараты совершенно недоказательными, и быстро вышел из комнаты".