В конце XVI в. русский Патриарх Иов (1591) и великий князь Федор Иванович (1592) разрешают сбор пожертвований в России в пользу монастыря.
Период турецкого владычества подверг русский монастырь серьёзным испытаниям, иногда обитель оказывалась полностью заброшенной. В 1574–1584 гг. монахи были вынуждены покинуть монастырь и помощь в размере 500 руб., посланная Иваном Грозным, не нашла получателя. Великий русский князь возложил на себя заботу не только о русском, но и обо всех афонских монастырях. Это была забота об осколке византийской империи, на наследство которой он претендовал.
Но и в последующие годы ситуация не изменилась к лучшему. В письме Вселенского Патриарха Кирилла I Лукариса (1620) отмечается, что «…монастырь находится в тяжелом положении, долги растут, и по этой причине монахов сажают в тюрьму. Церковь и стены, окружающие монастырь, разрушены. Отцы лишены даже самого необходимого». Все вышесказанное вынудило Священный Кинот в конце XVII в. взять русский монастырь под свою опеку.
Положительные изменения намечаються в 1708 г., когда валашский господарь Михаил Рогович передал русскому монастырю находящуюся в Валахии обитель Нтошаны. Однако очень скоро, в 1730 г., щедрый жест валашского господаря был сведён на нет: монастырь Нтошаны был захвачен турками, а его церковь превращена в мечеть.
Усиливающиеся противоречия между Россией и Турцией в нач.
XVIII в. имели отрицательные последствия и для русского монастыря на Афоне. Турецкие власти начали всячески препятствовать доступу русских монахов на Святую Гору, что привело к упадку русской обители. Известный русский монах-путешественник Василий Барский, посетивший монастырь Св. Пантелеймона в 1744 г., отмечает, что «… у монастыря только название русское, в обители подвизаются греческие, сербские и болгарские иноки». В. Барский сообщает также, что «монастырь очень бедствует, сильно разрушен и придерживается идиоритмического устройства».
От полного разрушения русскую обитель спасает молдавский господарь Иоанн Каллимах (1758–1761). Он передаёт ей одну из часовен своего дворца — Богдан-серай. а также монастырь Иоанна Предтечи. Благодаря Иоанну Каллимаху в русском монастыре ведутся восстановительные работы, которые продолжает его преемник Скарлат Каллимах (1773–1821) — до начала греческой национально-освободительной революции 1821 г. Помощь этой греческой семьи, происходящей из Константинопольского квартала Фанар, была настолько значительной, что побудила Вселенского Патриарха Каллиника специальным указом (1806) переименовать русский монастырь Св. Пантелеймона в Каллимахидон (монастырь Каллимахов).
Всему этому, однако, предшествовал переход русского братства из обители Фессалоникийца в третий центр, в прибрежную зону, там, где сегодня находится нынешний монастырь Св. Пантелеймона. Фессалоникиец получает название Старый Русик и становится в дальнейшем зависимым от монастыря Св. Пантелеймона.
Свою историю на новом месте русская обитель берёт с 1760 г. Основана она там, где ещё в конце XVII в. монах Христофор построил келью, небольшую церковь и причал (арсану).
Монастырь Св. Пантелеймона в первые годы своего основания придерживался идиоритмического устройства, но в 1803 г. специальной грамотой Вселенского Патриарха Каллиника был объявлен киновией. Патриарх Каллиник, предвидя в будущем процветание русской обители, решительно отверг предложение Священного Кинота упразднить русский монастырь, а его имущество передать другим монастырям за неуплаченные долги. Своё мнение он мотивировал тем, «что неприлично и неполитично было бы упразднить русскую афонскую обитель в такое время, когда Россия своими последними войнами с Турцией приобрела столь решительное влияние на судьбу восточных христиан».
Первые русские иноки стали прибывать сюда в 1835 г. Среди них были видные люди России, в т. ч. князь Ширинский-Шихматов. Иеромонах Аникита (имя князя после пострижения) много содействовал благоустройству русского монастыря Св. Пантелеймона, выделив для этих целей значительную часть своего большого состояния.
Наплыв русских монахов особенно усилился с 1840 г. Их прибытию содействовала не только Русская Церковь, но и вся государственная машина. В 1845 г. русский монастырь посещает великий князь Константин Николаевич, в 1869 г. — великий князь Алексей Александрович, а в 1881 г. — великий князь Константин Константинович вместе с великой княжной Александрой Петровной.