Представительница царского двора не сошла, конечно, с корабля и довольствовалась созерцанием красот Афона с палубы.
В 1850 г. численность русских монахов становится равной численности греческих, а в дальнейшем стремительно растёт и начинает значительно превосходить её. Этот факт вызвал трения между русскими и греками, последние боялись, и не без основания, полного численного превосходства русских на Святой Горе.
Тем временем умер старейший из монахов игумен монастыря Герасим. Новым игуменом русского монастыря Св. Пантелеймона в 1875 г. становится Макарий (Сушкин) и пребывает на этом посту до 1889 г. При нем монастырь укрепил своё материальное положение, значительно расширился и выдвинулся на ведущие позиции среди афонских монастырей. Русские монахи с присущей им щедростью каждое воскресенье организовали раздачу продовольствия, одежды и денег малоимущим монахам и мирянам. Монастырь вёл активную научную и просветительскую деятельность, издавал журнал «Собеседник» и имел собственную типографию. О размахе и организации работы свидетельствует тот факт, что только для вышеуказанных целей в монастыре было задействовано 30 человек.
Все это, конечно, не было бы возможным без щедрой поддержки со стороны Священного Синода и правительства России. На нужды монастыря выделялось ежегодно 100 тыс. золотых руб. Субсидия была отменена в 1917 г. правительством Керенского. Весьма распространенную практику получили и «милостынные сборы» в России в пользу монастыря. Особенно обильным был сбор в 1863–1867 гг., когда иеросхимонах Арсений путешествовал по России со святыней. В Одессе, Санкт-Петербурге и Константинополе у монастыря были подворья, откуда поступала экономическая помощь. Кроме того, нужно отметить и многочисленные пожертвования со стороны частных лиц.
В конце XIX — начале XX вв. на Афон для поклонения чудодейственным мощам св. Пантелеймона прибывало огромное количество русских паломников. Ежегодно через Одессу, где проходил сбор паломников, в русский монастырь приезжало до 30 тыс. человек. Все они находили приют в монастыре, размещались в странноприимном доме (фондарике) и получали бесплатное питание. По древней традиции, монастырь предоставляет каждому, кто постучится в его ворота, ночлег, бесплатную миску супа и стакан вина. Благочестивые русские христиане, конечно же. не оставались в долгу, делая щедрые пожертвования на нужды монастыря.
Октябрьская революция 1917 г. имела трагические последствия и для русского монашества на Афоне. Отныне сюда перестала поступать всяческая помощь из России, а русские монахи оказались отрезанными от своей родины. Положение усугублялось и подозрительным отношением ко всем новоприбывающим её монахам из России. Опасаясь проникновения коммунистической идеологии на Святую Гору, страны — гаранты международного статуса Афона, закрывали практически все двери для пополнения русской монашеской общины из России. Впредь её незначительное увеличение будет идти только за счёт русских эмигрантов, проживающих в Западной Европе. Вот что пишет по этому поводу русский писатель Б. Зайцев: «Однако приток всё-таки есть. Он идёт теперь не из России, а из эмиграции. Русский Париж, русская Сербия дают пополнение Афону. Многое меняется на наших глазах. Если прежде на Афон шли преимущественно из купечества, мещан, крестьянства, то теперь я вижу молодого иеромонаха — офицера Добровольческой Армии, вижу бывшего художника, сына министра, знаю инженера и т. д.»
Русская Православная Церковь, сама находившаяся в тяжёлом положении, была не в состоянии оказывать помощь монастырю. Лишь в 1948 г. Патриарху Алексию I, в рамках празднования 500- летия со дня провозглашения Патриаршества в России, удалось установить контакты с представителями Греческой Церкви, приглашёнными на юбилейные торжества. Вопрос, интересовавший, в первую очередь, русского Патриарха, касался разрешения на прибытие на Афон русских монахов.
Конец «холодной войны» и вхождение Русской Церкви во Всемирный Совет Церквей (1961) ослабили прежние противоречия. В 1965 г. правительство Греции предоставило греческое гражданство (обязательное условие для подвижничества на Святой Горе) пяти монахам из Советского Союза и разрешило им прибыть на Афон.
Из пяти монахов двое не смогли приехать на Афон по причине плохого состояния здоровья, а третий попросил политическое убежище на Западе. После столь необычного поворота дела только в 1970 г. два оставшихся монаха, архим. Авель и монах Виссарион, получают разрешение советских властей прибыть на Афон. Архимандрит Авель сумел не только завоевать доверие и уважение греческой монашеской братии (дело для того времени непростое), но и стать в 1975 г. после довольно долгого перерыва, игуменом монастыря Св. Пантелеймона.