Вскоре после этого обер-фискал Нестеров был изобличен во взяточничестве и казнен.
Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Подьячий Василий Деревнин, служивший у царицы Прасковьи Фёдоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича, брата Петра I, нашел оброненное фаворитом царицы и ее главноуправляющим Юшковым письмо. Разобрать в нем он ничего не мог, так как оно было писано специальным цифровым шифром. Но то, что писала его царица, — знал доподлинно. Будучи человеком нечистым на руку, он решил выторговать себе из этого случая максимум выгоды (ведь можно написать донос государю!), поэтому письмо припрятал. Пропажа письма весьма обеспокоила царицу, и Юшков получил от нее хороший нагоняй. Удрученный разносом фаворит в исчезновении письма заподозрил Деревнина, за которым и раньше замечал воровство. Он схватил его и посадил в свою домашнюю тюрьму, но когда подьячего хватились — выпустил, так и не дознавшись о письме. Чтобы не искушать судьбу, Деревнин решил скрыться, но его быстро отыскали и отправили в Тайную канцелярию. Там ему учинили допрос с пристрастием, но безрезультатно — подьячий оказался крепким орешком. Тогда царица Прасковья Фёдоровна решила лично допросить арестанта. Поздно вечером под видом раздачи милостыни колодникам она вместе со своими слугами прибыла в московскую контору Тайной канцелярии в конце Мясницкой улицы. Зловещие, пугающие жителей Москвы железные ворота Тайной выходили прямо на Лубянскую площадь.
По требованию царицы немедленно доставили Деревнина. Он по-прежнему юлил и выкручивался. Прасковья Фёдоровна стала нещадно лупить подьячего тяжелой тростью. Затем ее слуги, числом около дюжины, схватили Деревнина и принялись жечь свечами ему нос, уши, глаза, бороду. После этого, связав и положив на козлы, всего исполосовали. Деревнин хоть и орал, но ничего не говорил. Тогда по приказу царицы слуги облили ему голову «крепкой водкой» и подожгли. Подьячий завопил благим матом, караульщики едва сумели сбить с него пламя, однако царица на этом не успокоилась.
Дежуривший в Тайной канцелярии каптенармус Бобровский, видя, что дело приобретает плохой оборот, и понимая, что ответственность за содеянное царицей ляжет на него, срочно направил своего человека с письмом к генерал-прокурору Ягужинскому. Тот немедленно прибыл, отобрал у царицы едва живого колодника и под караулом отправил в свой дом. И когда Прасковья Фёдоровна потребовала от Ягужинского, чтобы он отдал ей провинившегося подьячего, генерал-прокурор как можно спокойнее произнес: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам? Без именного указа отдать невозможно». Царица, бросая гневные взгляды на Ягужинского, вынуждена была покинуть Тайную канцелярию. На следующий день Ягужинский вернул изувеченного подьячего в Тайную канцелярию, ведь дело его не было закончено. О происшествии было доложено императору. Слуги царицы, которые по ее указанию истязали Деревнина, были от даны под суд и биты батогами. Главноуправляющего Юшкова сослали на жительство в Новгород.
Генерал-прокурор Ягужинский всегда жил на широкую ногу и тратил огромные суммы на обстановку, слуг, экипажи. У него были лучшие в столице кареты — даже Пётр I частенько одалживал их для своих выездов. Государь любил бывать в доме Ягужинского — там было всегда весело. Возможно, именно поэтому царь, прививая российским дворянам европейский «политес», возложил на Ягужинского еще одну обязанность — надзор за проведением так называемых ассамблей.
Необходимо отметить, что генерал-прокурор проявлял здесь явную неумеренность. Так, современники отмечали, что Ягужинский заставлял гостей пить, хотя бы количество тостов и обязательного за ними опустошения бокалов превышало все допустимые нормы. Но таковы уж были нравы того времени.
По-разному характеризовали Ягужинского его современники. Но, пожалуй, более точно о нем сказала жена английского посланника леди Рондо. Она писала, что Ягужинский — «весьма красивый мужчина; лицо его хотя не отличается правильностью, но исполнено величия, живости и выражения. В обхождении свободен, даже небрежен, и что в другом показалось бы недостатком воспитания, то в нем весьма естественно, так что никто не может быть им недоволен. Владея такою свободой в обращении, что каждое действие его кажется как будто случайным, но имеет преимущество привлекать к себе взоры всех, и как бы ни велико было собрание, он кажется первою особою, одарен умом высоким, рассудительностью и живостью, которая так ясно выражается во всем, что кажется исключительно составляет его характер… Если кто просит у него покровительства, то отказывает прямо, если не может оказать его: „Я не могу вам служить, — отвечает он, — потому и потому“; если не может решиться вдруг, то назначает просителю время для ответа и тогда отвечает: „Я буду стараться по такой и по такой причине“. Но если он уже обещает что-нибудь принять на себя, то скорее умрет, нежели нарушит обещание… Если первый сановник империи поступает несправедливо, то он порицает его с такою же свободою, как и низшего чиновника… Теперь его особенно боятся высшие чиновники, потому что его приговоры хотя справедливы, но весьма строги и всех приводят в страх. Весьма к немногим он питал дружество, хотя весьма многим оказывает услуги. Но к тому, кто однажды приобрел его расположение, он всегда остается верным другом».