После смерти императора прокуратура как государственный орган утратила свои позиции. Тем не менее генерал-прокуpop во многом благодаря своему уму и ловкости сумел сохранить благосклонность Екатерины I. Он одним из первых сановников представил ей записку «О состоянии России», в которой проявил себя истинно государственным человеком, в частности, предлагал ряд мер для «внутренней и внешней целостности государства». Однако прокуратура императрицу волновала мало, сенат также оказался в тени. На первое место в государстве выдвинулся так называемый Верховный тайный совет, образованный 8 февраля 1726 года, — он-то и управлял всеми делами.
В августе 1726 года Ягужинский назначается полномочным министром при польском Сейме в Гродно. Обязанности генерал-прокурора стал выполнять обер-прокурор Бибиков, а затем его сменил Воейков.
При вступлении на престол в 1730 году Анны Иоанновны Ягужинский пережил несколько неприятных моментов. Дело в том, что ряд сановников («верховники») вздумали ограничить власть императрицы. Вначале Ягужинский примкнул к ним и также высказывался за ограничение самодержавной власти монарха. Но затем политическое чутье подсказало ему иной путь, и он решил предупредить Анну Иоанновну о заговоре «верховников». В Митаву, где находилась императрица, было послано доверенное лицо — камер-юнкер Сумароков с письмом и устными наставлениями. Ягужинский писал, что идею ограничения власти монарха предлагает лишь небольшая кучка людей, и давал совет Анне Иоанновне, как ей надобно поступить, когда к ней прибудут посланники от Верховного тайного совета. Однако на обратном пути Сумароков был арестован.
Второго февраля 1730 года на совместном заседании Верховного тайного совета, Синода и генералитета Ягужинский был обвинен в измене, арестован и посажен в Кремлевский каземат. У него отобрали шпагу, ордена, а все бумаги опечатали. Генерал-прокурора подвергли интенсивным допросам. Арест ближайшего сподвижника Петра I наделал много шума в Москве.
Жителям столицы с барабанным боем было объявлено, что Ягужинский арестован за письмо к императрице, содержание которого «противно благу Отечества и ее величества». Со дня на день ожидали, что Ягужинский будет казнен. Однако заговор «верховников» провалился, последовали казни и ссылки, а Ягужинский вновь возвысился.
Именным указом от 2 октября 1730 года Анна Иоанновна восстановила органы прокуратуры в полной силе. «Ныне небезызвестно нам есть, — говорилось в указе, — что в коллегиях и канцеляриях в государственных делах слабое чинится управление и челобитчики по делам своим справедливого и скорого решения получить не могут, и бедные от сильных утесняемы, обиды и притеснения претерпевают». При Петре I же, отмечалось далее, «для отвращения всего этого был учрежден чин генерал-прокурора и ему помощника обер-прокурора при сенате, а в коллегиях — прокуроров». В указе определялось: «Быть при сенате генерал- и обер-прокурорам, а при коллегиях и других судебных местах — прокурорам и действовать по данной им должности».
Не забыла императрица и Ягужинского. В указе отмечалось: