Впоследствии Мюллер проводил репрессии против коммунистов на своем посту в «коммунистическом» 6-м отделе штаба мюнхенской полиции. Но они совпали с затеянной в Москве чисткой сотрудников органов госбезопасности, когда сотни ведущих агентов под разными предлогами вызвали в столицу, где они предстали перед расстрельными командами. Так у Мюллера появилась отличная возможность — убедительно продемонстрировать нацистам свое усердие, избавившись от коммунистов, которые в любом случае были бы уничтожены. Он стал неутомимым врагом коммунизма. Его отчеты содержали мельчайшие подробности работы всех структур советских разведывательных, карательных и следственных органов — от малых ячеек до московской милиции. Гейдриха столь впечатлила активность Мюллера, что он назначил его ответственным за ликвидацию неугодных лиц, подделку документов и за прочие «грязные» вещи. С советской точки зрения, жизни нескольких тысяч товарищей вполне могли быть принесены в жертву ради сохранения доверия к такому крайне важному агенту как Мюллер.
В Великобритании похожее представление устроил Ким Филби, который присоединился к англо-немецкому объединению, чтобы доказать начальникам свои антикоммунистические настроения. Вскоре он стал самым высокопоставленным советским агентом в Великобритании. Как неистовый гестаповец Мюллер, так и непримиримый антикоммунист Филби, смогли таким образом занять посты, на которых они отвечали за тайные операции. Филби имел хорошие отношения с немецкими промышленниками и не возражал против национал-социалистической философии. В испанской Гражданской войне он участвовал на стороне фашистов и получил от Франко крест «Орден военных заслуг».
Спецслужбы, как и любая порядочная разведка, не раскрывают ничего, если их не вынудить это сделать, либо когда они надеются что-то получить взамен. Это было очевидно, когда варшавское правительство попросило покинуть Польшу Леопольда Треппера, известного как «советский мастер шпионажа» в гитлеровской Германии. Казалось, от него Сталин узнавал о событиях в окружении Гитлера. На самом деле «Красную капеллу» Треппера уничтожили в самом разгаре войны с Россией. Если Треппер действительно оказал коммунистам такие огромные услуги, то почему его держали в заключении до 1973 года? Он был стар, очень болен, и по нормальным меркам его верная служба позволяла выполнить его последнее желание — отправиться в Израиль, чтобы умереть там в окружении родственников.
«Он все еще был способен наговорить лишнего, — сказали Стивенсону. — Его поймали в 1942 году, и его шпионская сеть оказалась разрушенной к зиме того же года». Выдал «Капеллу» бывший участник французского Сопротивления, который после войны работал в контрразведке в Париже. «Из Треппера сделали советского героя, чтобы отвлечь всеобщее внимание от реального источника, откуда Сталин получал информацию. Но Сталин продолжал ее получать и после того, как «Красная капелла» была полностью уничтожена».
Тайная деятельность Мюллера объясняет и странную судьбу бывшего заместителя фюрера — Рудольфа Гесса. Даже в 1973 году его держали в одиночной камере в тюрьме Шпандау — одного посреди 599 пустых камер. Его по очереди охраняли русские, французы, американцы и британцы. Гесс оставался в заключении на крохотном островке в восемь акров, в Берлине, окруженном постами с автоматчиками и забором из проволоки под напряжением. Этого семидесятивосьмилетнего больного старика, жертву ненасытности Бормана, не выпускали по настоянию русских, несмотря на призывы к гуманности со стороны других правительств. Уинстон Черчилль, не отличавшийся добротой по отношению к нацистам, писал: «Я рад, что не несу ответственности за то, как содержат Гесса. Какой бы ни была моральная вина немца, приближенного к Гитлеру, Гесс искупил ее своим фанатичным поступком доброй воли».
Русские выпустили на свободу всех военных преступников, заключенных в Шпандау, кроме Гесса. Старику позволяли видеть свою семью только на Рождество всего полчаса. Русские настаивали, несмотря на возражения трех других стран, ответственных за Шпандау, что Гесса следует держать на расстоянии от жены или сына и что за его семьей необходимо постоянно наблюдать и записывать все, что происходило во время их кратких свиданий.
Если бы генерал-майор Никитченко, советский член трибунала, добился своего, Гесс был бы уже давно мертв. Что же такое он знал, чего так боялись русские? Во время своего заключения в Великобритании Гесс рассказал о тайном договоре Гитлера и Сталина, которые делили сферы влияния на случай войны. Речь шла не о нацистско-советском пакте августа 1939 года, но о соглашении, подписанном в то же самое время. Бесславный заговор между Советским Союзом и его классовыми врагами о разделе малых государств подтвердил Риббентроп в Нюрнберге после перекрестного допроса со стороны адвоката Гесса — Альфреда Зайдла. Но советский обвинитель генерал Роман Руденко успешно протестовал против создания копии протокола.