«Шумиха вокруг Кронштадта» включала ещё один важный аспект — указание на личную ответственность Троцкого, якобы возглавлявшего подавление мятежа. Некоторые бывшие троцкисты признавали контрреволюционный характер восстания, но заявляли, что Троцкий не должен был после подавления мятежа осуществлять беспощадные репрессии над его участниками. Утверждая, что Троцкий в автобиографии сознательно умолчал о своей роли в усмирении Кронштадта, Суварин иронически замечал: «Есть подвиги, которыми не гордятся».
Приведя наиболее одиозные высказывания такого рода, Троцкий писал, что в предыдущих статьях о Кронштадте он не касался своей роли в этих событиях «не потому, что мне нужно было что-то скрывать, а как раз наоборот, потому что мне нечего было сказать». Он подчёркивал, что не снимает с себя ответственность за усмирение Кронштадта, поскольку он вместе с другими членами Центрального Комитета партии голосовал за подавление восстания силой в том случае, если не удастся побудить крепость к сдаче путём мирных переговоров. Но когда критики начинают обвинять его лично в чрезмерной жестокости, не вызванной обстоятельствами, продолжал Троцкий, он считает себя вправе сказать: «Господа моралисты, вы немножко привираете» [892].
14 ноября 1938 года в письме своим парижским корреспондентам Троцкий замечал, что 5 марта он как председатель Реввоенсовета подписал приказ о подавлении мятежа [893]. В этом приказе, намечавшем ряд оперативных мероприятий, содержалось предупреждение мятежникам: если в течение 24 часов мятеж не будет прекращён, против крепости будут открыты военные действия регулярными частями Красной Армии. В тот же день Троцкий выпустил обращение «К гарнизону и населению Кронштадта и мятежных фортов», в котором предлагалось «всем поднявшим руку против Социалистического Отечества немедленно сложить оружие». Здесь же Троцкий сообщал: «одновременно мною отдается распоряжение подготовить всё для разгрома мятежа и мятежников вооружённой рукой» [894].
Вспоминая об этом, Троцкий высказывал предположение, что после публикации этих документов в Петрограде сознательно были пущены слухи о его руководстве действиями Красной Армии — с тем, чтобы запугать мятежников. Однако и первое, неудачное наступление на Кронштадт, начавшееся 8 марта, и новый штурм, начавшийся в ночь на 17 марта, в результате которого крепость на следующий день оказалась в руках Красной Армии, происходили без его малейшего участия [895].
Говоря о своём полном и демонстративном отстранении от прямого и косвенного участия в военных операциях и последующих репрессиях, Троцкий указывал, что причины такого его поведения носили политический характер. За несколько недель до восстания он посетил Петроград и Кронштадт, где выступал на партийных собраниях с изложением своей позиции в дискуссии о профсоюзах. Подавляющее большинство коммунистов Кронштадта проголосовало тогда за платформу, защищавшуюся Зиновьевым, которая была противоположна платформе Троцкого. После получения известий о мятеже Троцкий заявил на заседании Политбюро, что его участие в военных действиях может быть истолковано кронштадтцами как намерение мстить им за то, что они голосовали против него в только что завершившейся дискуссии. Поэтому он предложил, чтобы переговоры с восставшими, а в случае необходимости — и их усмирение осуществлялись теми партийными деятелями, которые недавно пользовались доверием моряков. Никто из членов Политбюро не возражал против этих соображений. Что же касается репрессий по отношению к восставшим, то руководство ими было поручено Дзержинскому [896].
Уже 17 марта «вожди» восстания, бросив моряков, сбежали в Финляндию. Туда же направилась и значительная часть рядовых мятежников, но уже спустя несколько дней началось обратное движение моряков из Финляндии в Советскую Россию. К середине мая на родину вернулось несколько сот человек. Спустя полгода после разгрома мятежа Президиум ВЦИК в ознаменование четвёртой годовщины Октябрьской революции объявил полную амнистию всем рядовым участникам восстания и предоставил им возможность вернуться в Советскую Россию.
Конечно, после подавления мятежа имели место репрессии по отношению к его активным участникам. С 20 марта по 15 апреля 1921 года было арестовано 3 тысячи человек, из которых 40 % были приговорены к высшей мере наказания, 25 % — к пяти годам принудительных работ и 35 % освобождены [897].