В 1532 году обстановка в Европе заметно осложнилась — султан Сулейман захватил Будапешт и угрожал Вене. Для того чтобы отвлечь турецкие войска от центра Европы, была предпринята операция по нанесению удара по турецким владениям в Греции.
К Дориа присоединилась венецианская эскадра Капелло из шестидесяти галер. Турецкий флот, находящийся в районе Пелопоннесса, боя не принял и бежал. Цель операции — крепость Корон пала. На следующий год произошла еще одна встреча противников. Турецкий командующий Люфти Пасция во главе флота из шестидесяти галер и тридцати транспортов был отправлен для освобождения крепости Корон.
Дориа располагал примерно таким же флотом. Столкновение кончилось ничем — после ряда нерешительных маневров и робких атак турки снова отступили. После этих неудач султан Сулейман пригласил Барбароссу командовать флотом. Первое, что сделал новый адмирал — увеличил число галер до восьмидесяти четырех и предпринял опустошительную крейсерскую операцию по всему побережью Италии, Корсики и Сардинии.
На следующий год огромный флот под командованием Дориа блокировал Тунис, основную базу Барбаросса, чтобы раз и навсегда покончить с этим пиратским гнездом. Флот, в основном состоявший из галер, насчитывал 290 вымпелов. Однако Барбаросса сумел спрятать лучшие галеры, а сам бежал в Бона Некоторое время спустя он совершил рейд на Минорку, захватив до 5500 пленных. (В Стамбуле он был встречен как герой.)
Через три года противники вновь встретились в районе Пелопоннесса. У Барбароссы было 122 галеры, у Дориа — 195 кораблей, в том числе и несколько больших галеонов (эти корабли все чаше входили в состав флотов, особенно европейских). Встреча закончилась безрезультатно.
Последней операцией Дориа против пиратов была попытка захватить Алжир. Время операции было выбрано неудачно — наступили осенние шторма, и она закончилась провалом. (Несмотря на все достоинства галер, этот класс кораблей был все же маломореходным, и частая гибель от дурной погоды вынудила морские державы переходить на более мореходные, высокобортные корабли.)
Сильнейший удар по алжирским пиратам, находящимся под покровительством Османской империи, нанесли объединенные силы Испании, Венеции и флота папы римского в 1571 году. Это было одно из самых кровопролитных морских сражений за всю эпоху войн. После неудачной операции против Алжира в течение тридцати лет турки вели активные действия против владений Венеции и захватывали один остров за другим В 1570 году они высадились на Кипре. Союзники, располагая флотом из 197 галер с 1300 орудиями (пушки уже прочно завоевали место, как один из основных видов вооружения) и более чем 50 тыс. солдат и матросов, не оказали туркам достойного сопротивления, если не считать нескольких незначительных стычек между отдельными группами галер. Нужно было принимать решительные меры, и в 1571 году была организована «Священная лига». Командовать флотом «лиги» поручили дону Хуану Австрийскому. Тем временем турки продолжали активные действия. В марте к Родосу подошли 30 турецких галер. В мае их число возросло до 250, а армия насчитывала более 80 тыс. человек. Располагая такими силами, турки продолжали набеговые операции на соседние острова, в том числе и на Крит. Наконец командующий турецким флотом Али-паша получил приказ атаковать и уничтожить союзный флот.
Дон Хуан тщательно готовился к предстоящему бою. При этом он уделял главное внимание сохранению строя и активному использованию огнестрельного оружия. Для этого впереди сомкнутого строя галер он расположил 6 галеасов со 100 аркебузирами на каждом Большое внимание он уделил также разведке. На переходе передовые разведочные корабли днем находились на дистанции в 20 миль, ночью — на дистанции в 8 миль. Расстояния весьма значительные для удаления разведчиков от основных сил и для более поздних времен. Это было нововведение, сыгравшее огромную роль в последующих боях на море. Иной раз грамотно организованная разведка решала исход всего боя, а ее отсутствие приводило к катастрофе. 26 сентября флот «лиги» пришел на Корфу. Качество разведки у союзников было на высоком уровне, и они получили сведения о том, что часть турецкого флота отделилась, но атаковать эти 60 галер не представлялось возможным — нужно было пополнить запасы провианта и, главное, воды. Расставив разведочные корабли в пределах дальней видимости, дон Хуан распорядился о пополнении запасов. Пока шла погрузка запасов, часть кораблей была готова встретить неожиданно появившиеся корабли противника. 3 октября 1571 года союзный флот вышел из Каменицы и на следующий день пришел в порт Петала.
Турецкий флот, в свою очередь, перешел от Лепанто в бухту Галата. Таким образом, противники сближались. В отличие от дона Хуана разведка турок была не на уровне, и Кара-Джали плохо ее выполнил, неправильно оценив и значительно уменьшив силы противника. Наконец утром 7 октября противники встретились. Союзники имели 203 галеры и 6 галеасов. Дон Хуан возглавил центр из 53 галер.
Левым флангом из 53 галер командовал венецианец Бартарелло, правым — 50 галер — генуэзец Д. Дориа (возможно, родственник Андреа). На кораблях находилось до 80 тыс. человек, из них 25 тыс., вооруженных аркебузами. В резерве находилось еще 38 галер. Передовой отряд состоял из галеасов. Турецкий флот состоял из 230 галер и 16 галиотов. В центре находилась 91 галера и 5 галиотов, за ними расположился резерв из 5 галер и 25 галиотов. Левый фланг турецкого флота возглавил алжирский пират Улудж-Али (61 галера и 33 галиота), правый — Мехмет-Сирок-бей (53 галеры и 3 галиота). На турецких кораблях было только 2500 аркебузиров, остальные воины имели луки. Как видно, построение обоих флотов было практически одинаковым
Сражение началось в полдень. Огонь с передовых кораблей союзников на некоторое время привел в замешательство корабли Али-паши, но порядок скоро был восстановлен, и турки решительно двинулись на противника. В начале боя союзники совершили ошибку, несколько сместив правый фланг, а за ним и центр, вправо. В результате образовался некоторый разрыв между центром и левым флангом, куда и устремились легкие корабли турок. В результате корабли Барбарелло оказались почти окруженными. Положение исправили корабли резерва, решительным ударом прикрывшие разрыв и отбросившие турецкий правый фланг. Казалось, намечавшаяся победа обернулась поражением: множество турецких галер оказалось прижатым к берегу и было вынуждено на него выброситься. Из них 30 досталось союзникам. На противоположном фланге турецкие корабли сделали попытку обойти корабли Дориа, но совместными усилиями (подошли во время на помощь корабли центра) они были отброшены. В центре корабли Али-паши попали в тяжелое положение. Сам адмирал был убит, а его корабль взял дон Хуан и поднял на нем свой флаг, а голову капитан-паши вздел на копье. Поражение турок было полным. Только Улудж-Али сумел оторваться от союзников с частью своего отряда.
Всего турки потеряли 225 кораблей. Из них 94 были сожжены, а остальные стали добычей союзников. Им досталось еще 673 пушки, из которых 117 крупных калибров. Сколько было убито турок, точно не известно, но число это было огромным. В плен попало 3600 человек. Кроме того, было освобождено около 15 тыс. христиан из турецкой неволи. Потери союзников были немалыми — 8000 человек только убитых. В кораблях же потери были минимальными — всего 15 вымпелов. Гегемония турок на Средиземном море если и не пала окончательно, то была значительно поколеблена. Пираты же хоть и пострадали, но все же выжили и продолжали разбойничать до начала XIX века, пока север Африки не был захвачен Францией.
Битва при Лепанто довольно четко отделила эпоху весельных крейсерских кораблей и пришедших им на смену парусных. Считается, что эта битва стала последней, где основную роль играли корабли с весельным движителем. Однако это неверно. Весла продолжали честно служить на кораблях пусть и не в крейсерских операциях, а в основном прибрежных, еще долго, до начала XIX века. Достаточно вспомнить осаду Очакова и штурм Измаила в Русско-турецкую войну 1787 — 1791 годов, в которых с успехом применялись гребные суда. Но это было на реках или в лимане.
Но первая русская победа с использованием галер при Гангуте в 1714 году была на море. Что касается Русско-шведской войны 1788 — 1790 годов, то число боевых столкновений, в которых участвовали гребные корабли, было существенно больше, чем с участием чисто парусных кораблей. Наиболее кровопролитным и одним из самых неудачных морских сражений, проигранных русским флотом, было сражение у Роченсальма 28 июня 1797 года. В этом бою русские потеряли 52 корабля (из них 16 галер) и свыше 7370 человек убитыми и взятыми в плен.