Подпольные организации, созданные коммунистами и комсомольцами, составили сеть коммунистического подполья, которое включало в себя и патриотические подпольные организации. В большинстве своем подпольные патриотические организации возникали в правобережных районах республики и, прежде всего, там, где в годы господства румынских бояр были очаги нелегальной деятельности коммунистов и комсомольцев Бессарабии, где живы были и хранились в народе традиции революционной борьбы. В создании антифашистских подпольных патриотических организаций важную роль играли бывшие члены Бессарабской коммунистической организации, которые имели опыт подпольной работы. Вместе с коммунистами и комсомольцами они составляли ядро подполья, вокруг которого сплачивались патриотические силы на борьбу с фашистскими оккупантами.
Большое значение для подполья имела организаторская деятельность ЦК КП(б) Молдавии, который проводил специальные ежедневные радиопередачи для населения, партизан и подпольщиков оккупированной территории Молдавии, выпускал и забрасывал на ее территорию листовки, воззвания. Пользуясь различными средствами, подпольные организации разоблачали лживую фашистскую пропаганду, пытавшуюся опорочить Советскую власть, Коммунистическую партию, подорвать дружбу советских народов, вселяли трудящимся веру в победу над фашизмом. Подпольщиками решалась важная задача противопоставить лживой фашистской пропаганде советскую информацию о событиях на фронте. Подпольные организации различными путями приобретали радиоприемники, а ряд организаций — технические средства для выпуска листовок.
Большую работу проводили подпольные организации по мобилизации трудящихся на срыв военных, политических и хозяйственных мероприятий оккупантов. Они организовали массовый саботаж в промышленности, сельском хозяйстве, железнодорожном транспорте, строительстве дорог и других военных объектов. Они призывали трудящихся не выходить на работу, прятать или уничтожать материальные ценности, оборудование, препятствовать восстановлению промышленности, транспорта и сельского хозяйства. На промышленных предприятиях рабочие не выполняли нормы выработки, выводили из строя оборудование, поджигали сырье и готовую продукцию. В первом полугодии 1942 года только на тираспольском маслозаводе дважды бездействовали прессы. Крестьяне уклонялись от уплаты налогов, от сдачи сельскохозяйственных продуктов, от выхода на работу в помещичьи и «общинные» хозяйства, от выполнения военных работ. Значительная часть урожая 1941 года осталась неубранной, а в 1942 году в Транснистрии была засеяна только одна треть пахотных земель. Оккупационные власти вынуждены были признаться, что «проблема отправки людей на выполнение сельскохозяйственных работ является одной из важнейших». «Трактористы расхищают различные части тракторов с целью срыва посевной кампании». Пытаясь уклониться от принудительных работ на оккупантов, крестьяне уничтожали рабочий скот, поэтому 6 феврале 1942 года губернатор Бессарабии запретил крестьянам продавать или резать рабочий скот под страхом суровой ответственности.
В конце 1941 — начале 1942 года большое значение для оккупантов приобретают коммуникации, проходящие по южным районам оккупированной советской территории, в том числе и коммуникации, проходящие по территории Молдавии. По железным и шоссейным дорогам республики фашистские захватчики перебрасывали на фронт войска, технику и большое количество горючего из нефтеносных районов Румынии. В феврале 1942 года на станции Бендеры подпольщики взорвали крупный склад горючего. Пожар уничтожил сотни бочек и 30 цистерн с горючим, вывел из строя путевое хозяйство станции. Через несколько дней здесь же был подожжен вагон со смазочным маслом. В начале августа 1942 года на станциях Этулия и Унгены советские патриоты направили воинские эшелоны на занятые пути. В результате было разбито несколько вагонов, убиты десятки фашистских солдат, а станции выведены из строя. В августе-сентябре было организовано крушение эшелонов на станциях Вулканешты и Корнешты. В конце августа сожжен двенадцатиметровый деревянный железнодорожный мост между станциями Вулканешты и Этулия. Через два дня на перегоне между станциями Хаджимус — Киркаешты патриоты подожгли воинский эшелон с фуражом, оружием и снаряжением. Засыпали песок и шлак в буксы вагонов, резали воздушные шланги тормозных устройств, задерживая продвижение составов. Подпольщики Бендер забрасывали в тендеры паровозов вместе с углем запалы от гранат: было выведено из строя несколько паровозов. 15 сентября 1942 года бессарабский областной инспектор полиции писал: «Террористические элементы стараются совершить такие акты, которые парализовали бы или по крайней мере помешали бы транспортировкам по железным дорогам».